为对抗残暴罪犯，存在着警察无法应对的治安危机的世界之中，出现了一种弥补警察不足的武装侦探，在法律限制内解决个人或组织的委托，通称“武侦”。2009年，东京武侦高中是专门培育武侦的特殊学校，学生的义务是必须携带枪械与刀剑，在这所学校侦探科二年级的男主角远山金次，被自己所拥有的某种特殊体质(一种会在某种契机之下使大脑细胞高度活性化，并且附带某种奇怪的副作用)所深深困扰著，对于这一点他始终希望对其他人保密，只祈求能过平凡的校园生活…

可惜事与愿违，二年级的远山金次在某天上学途中被卷入一起“武侦杀手”的炸弹魔攻击，在身处绝境时，一位美少女从天而降，从此金次与强袭科的超精英─S级武侦神崎·H·亚里亚相遇(外表可爱、身材娇小却非常有能力，同时也是个狂暴并富有攻击性的女孩)，就这样，被迫与最强武侦亚里亚组队的金次，开始了面对凶恶罪犯的日常生活，而他冀望的平凡生活也逐渐远去…

武侦相关

武侦(武装侦探)

为了对抗凶恶化犯罪而新设的国家资格。

武侦等级由低到高为E级、D级、C级、B级、A级、S级以及R级。

S级的评定标准是可以单人对战一个特种部队中队。而R级则可以对战整个大队，甚至可以单人灭掉一个极小国的全部军队。

S级的人数极少，R级更是全世界仅有七名的强者(取Royal字的头字R，代表其实力足以单独保护国家元首或王室)。

E级之下，还有一般不会用到的F级。

超侦

泛指使用超能力进行搜查及作战的武侦。

超侦以G为等级，G后面会有带有数字，数字越大代表能力越强。

双武者

会使用双刀、双枪或是任何双手同时使用武器技巧的武侦通称。

亚鲁卡达

在武侦之间广泛流传的一种近身格斗技的通称。

在防弹技术长足进步的时代，多数的手枪弹药已经无法打穿武侦所穿着的防弹衣，而两名穿着防弹衣的武侦之间发生近距离格斗战时，手枪不是一种贯穿杀伤性武器，而是作为一种重击武器被使用(被击中虽然打不死，但还是会很痛)，这种战斗就被称为亚鲁卡达。熟练的武侦甚至能利用手枪的冲击力加速或是改变身体轨迹。

不只是手枪，多数拥有双武者称号的武侦也会交替使用小刀或是匕首等近身武器作战。

武侦宪章：

武侦宪章第一条：相信同伴，帮助同伴。

武侦宪章第二条：与委托人订下的契约，必须确实遵守。

武侦宪章第三条：要有实力，不过在那之前，必须先走在正道上。

武侦宪章第四条：武侦应当自立自强，对方没求援就不该出手干涉。

武侦宪章第五条：行动快速。武侦必须以先发制人为第一宗旨。

武侦宪章第六条：自我思考，独立行动。

武侦宪章第七条：凡事要做最坏的打算，乐观去行动。

武侦宪章第八条：任务必须彻底完成。

武侦宪章第九条：放眼世界。展翅高飞，不分国籍人种，共同奋战。

武侦宪章第十条：不要放弃，武侦绝不放弃。

(此宪章是以作者在高中时的母校校训为蓝本，并加以修改而成。)

注意：此为作品中国际武侦联盟创立的宪章，与日本武侦法不同，勿混淆。

性格懦弱、没有朋友但擅长玩游戏的少年武藤游戏从爷爷手上得到了名为千年积木的古埃及神秘古董，他在拼好了千年积木后，寄宿在积木中的灵魂暗游戏进入他的身体之中。暗游戏是一个有高超游戏技术、自信而且大胆的人格，他是正义的守门人，会以黑暗游戏(暗のゲーム)来挑战伤害了游戏和他朋友的人，并对失败者以惩罚游戏来进行制裁。

M&W的创造者贝卡斯‧J‧克罗佛多邀请了游戏以及其他的玩家来到他的岛上，进行决斗大赛，为了夺回被贝卡斯夺走的爷爷的灵魂，游戏来到岛上接受挑战，而他的朋友也偷渡前往。游戏和城之内在岛上击败众多决斗者后打入决赛，而游戏也在最后击败贝卡斯。

埃及考古局长伊西丝来到日本，举办古埃及特展并将神之卡交给海马，希望他能以搜集“神之卡”为由、召开战斗城市大赛。整个童实野市都成为决斗的舞台，游戏和城之内在参赛过程中遭遇了猎卡集团“古鲁斯”与其首领马利克，他是企图找游戏复仇的守墓者一族。在最后、游戏、城之内、海马和马利克进入了决赛，就在大赛迈入终盘时，马利克体内邪恶的人格苏醒了。在准决赛和决赛中，游戏击倒海马和马利克，集齐三张神之卡。

顺利取得七个千年古物和三张神之卡的暗游戏来到埃及，他的灵魂回到了古埃及并取得自己的记忆，也取回了自己真正的名字“亚图姆”。为了回到冥界，必须在荷鲁斯之眼前进行决斗仪式，武藤游戏和已经取回记忆的亚图姆在此对决。最后，武藤游戏击倒了亚图姆，让他能安然回到冥界。

设定

《游戏王》的世界里盛行一种集换卡牌游戏，而故事中期起的主题都是卡片决斗。决斗(デュエル)是《游戏王》系列的主题，也是该作品世界观里的主流文化。卡片决斗为回合制，进行决斗的人称为决斗者。在这种决斗中，双方决斗者会配戴名为“决斗盘”的便携式牌桌，透过从预备好的牌组中抽出卡片，发动卡片上的效果，召唤卡片上的怪兽攻击对手，借着将对手的生命值降低至零以取得胜利。对《游戏王》世界而言、卡牌决斗不仅是一种风行的游戏，更与整个世界的存亡息息相关。在该世界中，有着大量与卡片决斗相关的训练学校、提供高额奖金的决斗竞赛、当然也有窃取或伪造卡片的犯罪集团。在漫画、动画中的决斗所采取的规则和其改编集换纸牌游戏的规则有若干差异，实体游戏规则请见游戏王集换纸牌游戏。

故事中具有各种超自然力量，其中之一是“千年神器”，这是古埃及守护法老王的七件器具。神器会选择持有者，持有者可以发动“黑暗游戏”，指的是有着残酷规则的游戏，而黑暗游戏的输家通常会受到“惩罚游戏”的惩罚。在黑暗游戏里、卡片上的怪兽会实体化，而这个实体化与决斗盘的“虚拟影像系统”毫无关联，是由决斗者的精神力产生。主角武藤游戏拥有千年神器之一的千年积木。

《游戏王》的故事背景主要是位于日本的虚构都市童实野市，是主角居住的城市。该城市有高中、医院、港口、水族馆、商店街等各式设施