外星人的祖先在三亿年前生活在地球上，后来因为环境恶化而被逼迁往另一星球，但那里的环境原来比地球更糟，他们想返回地球，却无能为力，现在他们当中有几个人来到地球，打算消灭人类，让同胞迁回地球。“猫猫咖啡屋”的主人白金棱和友人赤坂圭一郎为了阻止外星人的行动，展开“猫猫计划”，把Red Data Animals的DNA注入五个女孩体内，使得她们在变身后有神奇的力量对抗外星人。五个女孩组成“东京猫猫”，跟外星人战斗，为地球的未来而努力。猫猫咖啡屋是棱和圭一郎的基地，以咖啡屋作掩饰，东京猫猫的女孩平日在那里兼职侍应，等待棱和圭一郎的命令出动。最后“东京猫猫”成功保卫了地球，外星人也找到改善自己星球环境的方法。

故事以现代学园为背景，星奏学院是一所分有普通科和音乐科的高中。两个学部有着极大的分别，无论校舍、校服、课程都各自为政。修读普通科的日野香穗子是个平凡的女孩子，充满阳光气息，无论遇到事情也会率直面对。一日她意外的看见音乐精灵利利，任性的利利便趁香穗子迷迷糊糊时把魔法小提琴强行送予她，并软硬兼施逼使她参加学校的音乐演奏会。这个小提琴的特点是使用者不需任何技术都可以演奏出美妙的音乐，但使用者的心情需与小提琴共鸣才能弹奏。而一起参加比赛的其他五位成员都是来自音乐科的精英，其他无法参赛的音乐科学生对于香穗子这个普通科学生的加入也大感不忿。而同时要保守魔法小提琴的秘密对坦率的香穗子亦十分困扰烦恼。

漫画版的剧情中，在只学了小提琴七天的情况下，香穗子意外揭穿临时的钢琴伴奏想要蓄意失踪的计谋，香穗子只好硬著头皮没有伴奏的情况下表演，最后幸运地得到土浦的帮助才没有失礼于人前，但因为只是临时组合表演水准差强人意。不过可幸的是音乐科的同学开始接受她，也使得土浦成为第七位参赛者。

游戏初代的主要过程是要玩家在每回比赛前的期间，限时内于校园中找寻乐谱跟诠释方法的音乐精灵，并加强练习以增进自己的小提琴能力，渡过为期共四轮的音乐比赛。在这段期间，玩家过程中可以跟参加比赛的成员等角色萌生恋爱和友情的种子。练习过程、角色之间的相处互动、比赛结果等都是影响亲密度与对手值的极大要素。

到了二代，游戏则进化成要与过去的比赛敌手一同合奏让演奏会成功。故事舞台是在一代比赛结束后的秋～冬天，玩家要与原本是敌手的男性角色一同练曲，以完成各项演奏会的目标。比起前作，二代加入了更多日常校园生活之描述，以及友情恋爱方面的要素。除了要提升自身的熟习度外，与合奏伙伴的练习在二代成为非常重要的关键。二代也加入了两个新角色：转学生加地葵&理事长吉罗晓彦。

各话列表

第一季：金色琴弦～primo passo～

无法置信的前奏曲(ありえないプレリュード)

前途多难的嘉禾舞曲(前途多難なガヴォット)

匿名希望的萧邦(匿名希望のショパン)

心情迷惘的华尔滋(迷い心のワルツ)

赤脚的颤音(裸足のヴィブラート)

忐忑不安的波卡舞曲(胸騒ぎのポルカ)

秘密的二重奏(秘めやかなデュエット)

心连心的卡农(こころ紡ぐカノン)

安祥的协奏曲(安らぎのコンチェルト)

孤高的演奏名家(孤高のヴィルトゥオーソ)

白与黑的慢板(白と黒のアダージョ)

内疚的极弱音(後ろめたさのピアニッシモ)

无法替代的旋律(かけがえなきメロディ)

少女情怀的奇想曲(乙女心のカプリチオ)

心动的咏叹调(高鳴る胸のアリア)

骗人的小提琴(うそつきなヴァイァ￡ン)

焦躁的渐强(焦躁のクレッシェンド)

伤心的组曲(傷心のパルティータ)

失落的帕望舞曲(失くした心のパヴァーヌ)

欲哭的回旋曲(涙色のロンド)

再次,行板(もう一度、アンダンテ)

为你而奏的号声(君のためのファンファーレ)

我们的装饰奏(俺たちのカデンツァ)

满足的和声(心満たすハーモニー)

爱的圣母颂(愛しのアヴェ?マリア)

SP < 特别编 > . 夏的安可曲(ひと夏のアンコール)

第二季：金色琴弦～secondo passo～

第一集 第一乐章 于2009年3月26日放送

第二集 第二乐章 于2009年6月5日放送

故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。

出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。

在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。

领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。

Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。

可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。

领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。