主人公日高佐菜是一位正在就读公立高中的的16岁少年。他在小学五年级以前一直生活在小镇，后来因为父母的工作关系而搬家到东京。然后，他在高中二年时再次回到这个小镇，故事就在那里开始。

经过5年的岁月，依旧的东西跟已经变化的东西，毫不客气地出现在他面前－在小时候经常冲去的小山丘所看到的风景，还有在海边被感受着海风吹着口哨，小学的校庭的铁栏的高度，在晴朗的夜晚可以见到很多的星星，然后是曾经是损友的健康的少年，还有曾经是初恋对象的少女，过去那闪亮的瞳孔。记忆跟现实的之间，或许就是一个鸿沟，各种各样的东西不断地在他面前出现，然后消失。各种各样的变化，如同尖刺一样刺向他的心。

出现在少年的眼中的人，物，事件，回忆…… 在已经过去的时间里，在新的学园生活中，他失去了什么，得到了什么。我本身，你本身原来的我，原来的你我还是我，你还是你生活在这个世界，当发觉谁跟自己很相符，他的人生踏进了新的一步。

故事便由一个误会的一个巴掌所展开－

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殴打了书法界的名宿，作为惩罚而开始在日本西端的岛屿上独自生活的年轻帅哥书法家·半田清舟。

在成长于都市、神经质的“半田老师”面前出现的，尽是些自由奔放个性丰富的岛民……！？

接受着尚未习惯的乡间生活洗礼的同时，作为一名书法家、作为一个人，逐渐成长的青年的热情日常岛屿物语！！

公元2021年，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，被驱逐至狭窄的领土，带着恐惧与绝望苟且偷生。

至此过了十年，人类在能控制原肠动物病毒的少女们“受诅之子”力量下得以找到对抗怪物的最后希望，然而过去的伤痛却使两者之间出现难以填平的代沟，看似得到和平的人类社会正悄悄变质，暗潮越见汹涌。

居住于东京的高中生少年里见莲太郎，是一位专门对抗原肠动物的“民警”中其中一分子，与自己的搭挡蓝原延珠一起从事许多危险的工作，就在某天接获政府的特别命令，内容竟是避免东京毁灭的高度机密任务……