主人公鑢七花是“虚刀流”的第七代掌门人，和姐姐鑢七实二十年一起在不承岛生活。有一天他被专门造访的奇策士咎说服离岛，开始寻找传说的刀匠“四季崎记纪”所打造的最好的十二把刀。

完成形变体刀

传说对于四季崎记纪而言，1000把变体刀中只有12把刀是已完成，也就是其余988把变体刀只是为了这12把完成形变体刀而试作的“习作”。

绝刀－‘铇’（ゼットウ?カンナ）

持有者：真庭蝙蝠

招式：报复绝刀

以"坚硬"为特点的一把刀，外观是一把没有弧度的直刀，传说连大象践踏在上面也不会弯曲一丝一毫。

斩刀－‘钝’（ザントウ?ナマクラ）

持有者：宇练银阁

招式：斩刀狩

以"锋利"为特色的一把刀，因为‘钝’锻造出来的时间较‘铇’晚，咎推测若两刀互砍的话‘钝’将可以把‘铇’砍断。

千刀－‘铩’（セントウ?ツルギ）

持有者：敦贺迷彩

招式：千刀巡

以"数量"为特色的刀，"铩"以一为千；千为一，虽然有成千把的"铩"，但每把无论锋利度、重量、长度及薄厚都相同，是以熟悉它的剑士无论拾起哪把"铩"皆可运用自如。

薄刀－‘针’（ハクトウ?ハリ）

持有者：锖白兵

招式：薄刀开眼

以"轻巧"、"脆弱"为特色的一把刀，刀身不但薄且脆，放在太阳下甚至可以使光线透过刀身，是一把以美丽闻名的刀。

贼刀－‘铠’（ゾクトウ?ヨロイ）

持有者：校仓必

招式：刀贼鸥

以"坚固"为特色的刀，是四季崎仿造西洋铠甲所锻造出的刀，铠甲的接缝处皆为锋利的刀刃。

‘铠’本身为"绝对防御"的象征，不但无法以蛮力击碎，就连专门对付铠甲的"破甲术"也无法伤害刀内部的使用者。

双刀－‘锤’（ソウトウ?カナヅチ）

持有者：冻空粉雪

招式：双刀之犬

以"沉重"为特色的刀，与薄刀完全相反，模样原始、浑厚、坚硬的铁锤，实际重量不明。但七花的力气也无法丝毫移动，可见十分重。唯有冻空一族特有的怪力体质或是真庭蝶蝶的“忍法?足轻”，才可无视重量运用自如。

此外虽然称为"双刀"，但"锤"本身只有一把，称之为"双刀"的原因是"锤"的两端皆可做为刀的握柄(模样分别为刀及狼牙棒)，无论握住哪一边皆可做为武器使用，故称之为"双刀"。

悪刀－‘鐚’（アクトウ?ビタ）

持有者：鑢七实

招式：恶刀七实

以"活性化"为特点的刀，十二把完全形变体刀中最凶恶的刀。外型像似忍者的苦无，经常带电气。把"恶刀"当电极插进胸口，能强制身体活性化或沉静化借此让生命延续。也就是一种延命装置。

微刀－‘钗’（ビトウ?カンザシ）

持有者：日和号

以"人性"为特点的刀。是四季崎记纪仿照机关人偶所锻造的刀。

身都是金属。手臂和脚各有四条。头上装有眼鼻嘴耳五官，植入了像头发的毛，穿着破旧的衣服。刀如人偶；人偶如刀。日和号能够自行使出不属于人类只属于人偶的招式。

日语微刀与“美刀”发音相同，日和号是以四季崎生前最爱的女性样貌所制成的，可看出记纪的人性所在。

王刀－‘锯’（ァˇトウ?ノコギリ）

持有者：汽口惭愧

招式：王刀乐土

以"无毒"为特点的刀。唯一于完全形变体刀中没有刀毒的一把。

外型为木刀。因为没有刀毒，相对能解刀毒和破邪念。被赋予"王之证明"，因此称之为"王刀"。与毒刀成完全对比。

诚刀－‘铨’（セイトウ?ハカリ）

持有者：彼我木轮回

招式: 诚刀防卫

以"诚实"为特点的刀。无刀刃的刀，只有柄和把手。

有试验人心的能力，试已之刀、斩已之刀、知已之刀的意思，为完全型变体刀的后期作。

毒刀－‘镀’（ドクトウ?メッキ）

持有者：真庭凤凰

招式：猛毒刀与

以"猛毒"为特点的刀。千把变体刀中有着最强刀毒的漆黑之刀，跟绝刀一样是无鞘刀刃，但为了封印毒刀而特别制作了刀鞘。

刀内藏有四季崎记纪的人格与记忆，能将握刀者的人格占据并让四季崎记纪重生，跟真庭狂犬的忍法很相似。

炎刀－‘铳’（エントウ?ジュウ）

持有者：左右田右卫门左卫门

招式: 断罪炎刀

以"连射性"、"速射性"及"精密性"为特点的刀。外型为一把连发式回转手枪及一把自动式连发手枪。连发式回转手枪装弹数六发；自动式连发手枪装弹数十一发。是一把与刀完全相反的“刀”。

完了形变体刀

虚刀－‘鑢’（キョトウ?ヤスリ）

持有者：咎

即为虚刀流，鑢一根的血统（血刀）和四季崎的遗作。四季崎记纪以12把完全型变体刀为参考，与鑢一根协力合作的最后一把“刀”。

全刀－‘锖’（ゼントウ?サビ）

持有者：咎

四季崎记纪所作与虚刀“鑢”共同完成的“完了形变体刀”候补。四季崎记纪到最后的最后为止都为决定哪个作为“完了形变体刀”而苦恼。

所有的事情都可以使用刀完成，与可以不使用刀的虚刀流极对。全刀流为锖一族所有。

最后七花为了复仇，再加上否定姬的推波助澜，被选择成为“完结形变体刀”的是虚刀“鑢”，成为真正的“完了形变体刀”。

每集列表

话数	标题	剧本	分镜	执行导演	作画监督
第一话	绝刀・铇	上江洲诚	元永庆太郎		板垣敦 又贺大介
第二话	斩刀・钝		则座诚		中村和久 吉田伊久雄
第三话	千刀・铩	长津晴子	小林智树		森山雄治 二宫壮史
第四话	薄刀・针	待田堂子	佐藤真二		池上太郎 佐藤天昭
第五话	贼刀・铠	上江洲诚	まつもとよしひさ	元永庆太郎	板垣敦 又贺大介
第六话	双刀・锤	长津晴子	元永庆太郎		中村和久 吉田伊久雄
第七话	恶刀・鐚	上江洲诚	田中基树
第八话	微刀・钗	待田堂子	小林智树		中田正彦 佐藤天昭
第九话	王刀・锯		佐藤真二		池上太郎 二宫壮
第十话	诚刀・铨	长津晴子	小松田大全	元永庆太郎	中村和久 黒石崇裕
第十一话	毒刀・镀	上江洲诚	小寺胜之 元永庆太郎		中田正彦 佐藤天昭
第十二话	炎刀・铳		元永庆太郎		池上太郎 又贺大介 板垣敦 中村和久 中田正彦

本作的故事发生在游戏发售后一年的2010年，背景为现代日本，舞台从涩谷转移至秋叶原。其世界观与前作CHAOS;HEAD共通，但两部作品之间并无直接关系。

故事开始于2010年7月28日，“未来道具研究所”社团的两人，冈部伦太郎和椎名真由理去秋叶原广播会馆参加中钵博士的时间旅行理论发表会，见到了年仅18岁就在《科学》杂志上发表学术论文的天才少女牧濑红莉栖。发表会结束不久后，在会馆8楼深处，冈部发现了身上满是鲜血的红莉栖。惊慌失措的他带着真由理立刻离开会馆，给社团另一成员桥田至发送一条电子邮件告知这一事件。然而发送后的瞬间，冈部愕然发现街道人群消失，广播会馆及周围早已因不明人造卫星坠落缘故被封锁，没有人记得他所经历的事件。

数小时后，冈部和阿至在大学讲习现场再次遇见红莉栖，引发一阵骚乱。对冈部所说的话感到兴趣而至“未来道具研究所”的红莉栖偶然见到了冈部他们进行的实验，一连串研究发现冈部发送的电子邮件在一周前被收到!“未来道具研究所”研制的未来道具8号“电话微波炉(暂名)”竟然具备着将电子邮件发送到过去这一时间机器的功能。此时，冈部他们还不知道，这一发明，和他那封送到过去的电子邮件，已经影响了整个世界的未来……

作品中从架空的事物到实际存在的企业、大学、商品都以真名登场，现实中流传的都市传说、阴谋论、网络语言等话题也有提及。故事的核心由自称为未来人、实际上存在的网络人物约翰·提托所流传的话语、通过主人公的言行和手机进行操纵的游戏系统、网络上流传的“la jodaso stiana(食堂之男)”等为主题的小故事等构成，并借此虚实结合地展开故事。其开始时稍难理解，过半时突然展开。其中多有伏笔，结尾一气呵成。有评论称本作品“通关后还想消除记忆再来一次”。