上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

小糸侑憧憬少女漫画中的爱情，但某天因为同班三年的男生朋友的初次告白，却因没有那种特别的悸动而踌躇不决。在侑高中入学后的某天，于前往学生会室的途中意外见到灯子婉拒他者告白，发现灯子因没有心动的感觉而拒绝告白，这也让侑决定向灯子询问到底该如何拒绝那位男生。询问之后，侑理解自己了踌躇的原因，在灯子的加持下拒绝了该男生，同时灯子却发现自己对侑心动，突如其来向侑告白。

在灯子的请求下侑成为了灯子的选举负责人，并在助选演说上表示自己想加入学生会成为灯子的助力。灯子当选后，侑成为学生会干部。在学生会室时，灯子提议要让学生会在文化祭时表演的舞台剧传统复活，会中止舞台剧的原因是灯子的姐姐(曾是学生会长)在七年前发生车祸导致其死亡而中止。虽然一开始并没有受到侑的支持，但经过了多次商讨终于被侑给接受。

侑则请托其想当作家的友人叶历为剧本执笔。暑假时全体学生会成员外宿集训来练习戏剧。在集训中指导的老师-市之谷(曾是学生会干部，认识灯子的姐姐)指出灯子与其姐姐并不相像。这使得自姐姐死亡以来就一直努力模仿姐姐的灯子因此大为动摇。侑为了让灯子不再这么累的生活下去，与小历一同修改了剧本的内容，不过也因此让两人之间的关系降温。所幸在后来两人将话给讲开，灯子也稍微打开了心结并且更加愿意去相信侑为她所做的一切。

侑在帮助灯子的过程中渐渐有心动的感觉，无法压抑，最后决定向灯子坦白自己打破了当初“不会喜欢上灯子学姐”的约定。灯子不知如何是好，两人因此疏离。在2年级生的修学期间，佐伯向灯子告白，但灯子无法答应，并意识起自己对侑的真心。灯子约侑在学生会办见面，两人确认了真心，发展成真正情投意合的恋人关系，并在灯子演完戏不久后在她家发生性行为。几年后，侑与灯子持续交往，并接纳彼此在选择出路时的决定。侑的手上套著戒指，两人在星空下携手迈向今后的人生。

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IDOLiSH7是由七位背景各不相同的少年组成的团体，主要角色为主唱七濑陆。七濑陆为了找寻哥哥的真相而成为偶像，其余六位成员也各有着想成为偶像的原因与苦衷。随着IDOLiSH7的成长，七位少年共同经历过了各种阻碍，而产生了坚强的羁绊。