2013年，居住在理想都市“NO.6”的少年紫苑，在9月7日迎接自己的第12个生日。不过，这同时也是改变他命运的一天。他和从“矫正设施”中逃出来、身为重大犯罪者的谜之少年老鼠相遇了。他窝藏老鼠的行为被治安局发现，令他和家人从高级住宅区“克洛诺斯”被驱逐至“下城”。四年后，由于谜之事件的影响，被卷入各种各样的事件中，和很多人相遇。然后知道了理想都市背面的现实，及理想都市NO.6所隐藏的本质与意图……

作中用语

NO.6（ナンバーシックス）

有理想都市、神圣都市等称号。医疗、教育非常发达，是世界仅存的6个理想都市之一，详细地点不明。边界以高墙围住，完全与外部隔离。NO.6的外侧分为东南西北四个区域。北部是广大的自然山林，完全受到保护；南部及东部是为NO.6提供大半食物的农地和牧地。西区参见下方。

市庁舎/月の雫（しちょうしゃ）

市中央的一个从地下5层至地上10层的圆顶建筑。被称“月の雫”。市庁舎周围有个超大的森林公园，占市内面积的1/6。

治安局

表面上是守护市民的警察。实际上是把反派的市民逮捕、抹杀、当爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）研究用的政府机关。

保健卫生局

管辖市立中央医院，公园管理事务所和老人设施“黄昏之家”。每年选拔2岁的天才幼童。

负责爱丽乌丽亚斯研究（实验样本从矫正施设运来）。研究寄生蜂的成长。

市立中央病院

保健卫生局管辖的最高设备医院。参与爱丽乌丽亚斯的研究。

黄昏之家

表面上为NO.6最先端的老人安治设施，实际上是使无工作能力的老人安乐死。

中央管理局

NO.6的市庁舎的中枢机关，负责管理市民个人情报。

克洛诺斯/黑色巢穴（クロノス）

为NO.6的高级住宅区，只有被认定为智能最高级别的人以及其家属才可以入住。

下城/失落之镇（ロストタウン）

低阶市民居住的地方

矫正施设（きょうせいしせつ）

远离西区的空旷土地，以监禁、感化NO.6的罪犯。

只有一条路可通。非常巨大的建筑物，以不规则的长方体组成。

NO.6没有审判制度，以治安局负责逮捕、监禁嫌犯，并安置在此。但No.6的犯罪率几乎为0，所以主要监禁西区的人民。入监服刑时，为防止逃走会在人体内植入VC（Violence-Chip）芯片。刑期以年齢、前科、罪名而定，从1年至无期不等。

实际设施内负责研究爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）的行动。需要使用人脑，除了犯罪者以外，也透过每年的“大扫除”获得。

西区

位于NO.6外部。矫正施设附近的特别警戒地域。是NO.6以外有市民的地方。沿着No.6外壁的密集建物。有许多旅店和餐厅，有着繁荣的商业。但是大多数的房子都很破烂，比失落之镇还糟，而且没有警察，治安极差。市民需要特别许可证明才能进入，且申请特别许可证明的考察非常严格。

爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）（声优：大地真央）

与森之民生活，并拥有比人类高的智慧。寄身在有大脑的生物中（人类最好），有着像蜂的外观。被森之民以“神”称之。因为她的力量引发了NO.6的“大虐杀”。矫正施设也为了做实验而成立。

每集列表

竹原明之是一名被油泥海包围的小岛－尖端岛上的普通学生，本应拥有平凡的生活，却被卷入巴士爆炸事件，成为数名寄生了‘蛭子’的人类之一，并以‘亡念之扎姆德’的身份苏醒出现在世人面前。为了拯救因为暴走而逐渐失去自我的‘扎姆德’，‘特希克’族红发少女娜琪亚美把明之带到她寄住的赞巴尼（ザンバニ）号上，通过和各种各样的船员共同生活和工作来教授明之与‘扎姆德’共存的方式.....

每集标题

“这个世界脱序了。啊啊，这是受到诅咒的因果报应。而我，竟被生下来去改正它！”

——莎士比亚《哈姆雷特》

某日，一位身为魔法师的公主被关在一座无人岛上。并为了脱离无人岛，而与少年结缔了契约，条件是：用魔法找到当初杀害妹妹的凶手。于是、前所未闻的现代魔法战斗即将开始！然而，在这些战斗背后的，则是有着攸关世界存亡的“起始之树”、“绝园之树”。

故事中许多剧情引述了莎士比亚的《哈姆雷特》和《暴风雨》中的名言，故事中的女主角之——不破爱花——亦十分喜爱莎士比亚的作品。