五百年前世界黑暗与光明之间的平衡由两大势力-安柏拉魔女(Umbra Witches)与流明贤者(Lumen Sages)-维系，双方亦各管有一颗能监察时间流逝之宝石“世界之眼”(Eyes of the World，亦称“左眼”与“右眼”)。两派后期爆发冲突，虽然安柏拉魔女取得优势但于人们的猎巫行动中被大量杀害，直至只剩下最后一人。

于现世中，持有“左眼”之魔女贝优妮塔(Bayonetta)于二十年前从湖底苏醒但失去记忆，平时利用运送遗体到墓园的工作猎杀天使。在情报贩子恩佐(Enzo)提示下，贝优妮塔前往欧洲城市维格利德(Vigrid)打听“右眼”下落。沿途上贝优妮塔分别遇上一名与她战斗方式相近之白发女子贞德(Jeanne)，一名因认为她杀死了父亲而致力追踪她的男记者路卡(Luka)，以及四元德成员勇气(Fortitudo)。贝优妮塔其后于一斗技场击败勇气，其死前道出“愿创造主祝福你”(May Jubileus the Creator grace you)之语句。

在经过弯月谷(Crescent Valley)与日出谷(Sunrise Valley)后，贝优妮塔再次遇上贞德并发现她与四元德成员节制(Temperantia)有所关连。贝优妮塔击败贞德后继续旅程，遇上一名视她为母亲之迷途女孩瑟蕾莎(Cereza)，贝优妮塔把她交予路卡照顾后击败节制并前往Isla del Sol小岛，沿途上亦击败余下两名四元德成员正义(Iustitia)与智慧(Sapientia)，三名四元德死前亦向贝优妮塔表示“愿创造主祝福你”。

贝优妮塔于岛上再遇上贞德，贞德表示贝优妮塔乃流明贤者之父与安柏拉魔女之母诞下之子(此举被双方视为禁忌，贝优妮塔亦因此被放逐)。贝优妮塔战胜贞德后获悉自己真名为瑟蕾莎，与贞德本为好友：贞德于多年前封印了贝优妮塔并把“左眼”交予她作为保护。

贝优妮塔其后与瑟蕾莎及路卡进入位于小岛上的最高大楼与巴尔德神父(Father Balder)会面，发现他是流明贤者最后一人亦是自己父亲，其计划使创造主复活使天堂、地狱与人界统一，但由于贝优妮塔失去记忆而把瑟蕾莎(小时候之贝优妮塔)送到现今时空而帮助她回复记忆，以此使贝优妮塔自身成为“左眼”。巴尔德于表示路卡父亲乃死于他手上后把路卡掷出大楼外，其后吸收瑟蕾莎并与贝优妮塔展开战斗，贝优妮塔击败他后救回路卡与瑟蕾莎。

贝优妮塔把瑟蕾莎送回过去后不久即因回复记忆而昏倒，毫发未伤的巴尔德随即把自己与贝优妮塔送进大楼顶部之创造主石雕像双眼。大楼顶部变为火箭把石像送上太空之际，贞德赶上火箭并救出贝优妮塔，石雕像随即成为创造主并把巴尔德杀死，贝优妮塔于击败祂后与贞德击毁变回石雕像的创造主并返回地球，继续进行猎杀天使之工作。

以大学中辍的家里蹲青年与为了拯救他为目的的少女为轴心，夸张地描写了家里蹲的“冒险”过程。作品标题的“NHK”并非公共媒体日本放送协会（罗马字：Nippon Hōsō Kyōkai）的简称，而是日本家里蹲协会（日语：日本ひきこもり協会，罗马字：Nihon Hikikomori Kyōkai）的简称。据说是作者根据本人所经历的真实体验所创作出的作品。漫画版极受欢迎，第四集限定版曾登上日本亚马逊总贩售排名的第三名。

被大学退学后第二年的春天，身为家里蹲废材的主角佐藤达广在一事无成下，妄想认为自己的退学跟无职是“NHK”的全国性阴谋。就在这个时候，在他面前出现了之前遇到过叫做中原岬的神秘美少女，并坚持达广一定要加入计划治好只会窝在家里的毛病……

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庆长十九年（1614年），取得天下的德川家康为继承问题堪忧，他不想牺牲自己麾下的武士，便令相互仇视的伊贺和甲贺两大忍术宗家相争，进行十人对十人的忍术生死战，以解决继承问题。甲贺隶属国千代派（德川忠长），伊贺隶属竹千代派（德川家光），双方宗长在卷轴写上门下十个忍者的姓名，并在缔下战约后相杀，双双身亡。这些姓名中包括双方继承人甲贺弦之介和伊贺胧，他们分处两个阵营却彼此相爱，原本要论及婚嫁，但这场战事破坏了他们的姻缘。

卷轴传回甲贺卍谷和伊贺锷隐谷的边界，伊贺锷隐众读过卷轴后，隐瞒双方开战的消息并杀掉甲贺忍众中的三人，后朝甲贺卍谷出击，但他们的行动失败，只捉住甲贺的胡夷便撤退。甲贺忍众得知开战的消息后，杀死伊贺中的一人，并赶往锷隐谷营救弦之介。

双方首领都得知了开战的消息，弦之介靠着强大的眼术压制伊贺忍众，撤回甲贺卍谷。珑不愿意见到双方兵戎相见可能为锷隐造成的崩坏，使用秘药封住双眼及自己的眼术。弦之介打算率甲贺众到骏府城想向德川家康询问原委，伊贺众趁他们露宿时追击，封住了弦之介的双眼。双方在路途中持续激斗，各剩三人。

伊贺众遇见竹千代的乳娘阿福（春日局），与她一同前去骏府城，在阿福的协力下，双方厮杀之后，演变成仅剩弦之介和胧的局面。双方的决斗由服部半藏担任裁判，决斗开始后，珑自杀，弦之介在卷轴上写下珑的名字后也投海殉情。德川家光继任德川三代将军。

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