首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。

重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……

在十五年之后其中一个可能的将来﹐拉克利马时空界(ラクリマ時空界)和香格里拉时空界(シャングリラ時空界)之间发生了一场残酷的斗争。拉克利马时空界是我们当前所处时空十五年后未来的可能性之一。在拉克利马时空界中地面荒废﹐人们不可避免地转入地下生活。香格里拉时空界则是旨在摧毁所有时空的十五年后的另一个未来。虽然拉克利马时空界的龙骑兵们具有超常的战斗力﹐把从香格里拉送来的兵器游击艇击破。但拉克利马时空界明显处于劣势。因此拉克利马的龙骑兵奉命寻找一种被称为“龙之转矩”(龍のトルク)的神秘物件﹐而“龙之转矩”是可以制止香格里拉入侵的关键。

现在是夏天。住在函馆的小学6年生上乃木遥享受着和朋友一起的剩余时间不多的小学生活，她唯一放心不下的是准备中学试验被母亲强制督促在家学习，精神承受压力的幼年伙伴后藤优的事情。然而就在遥的面前出现了几名身披黑色斗篷的人，他们是来自拉克利马的龙骑兵。他们称遥为“龙之转矩”并且以她为目标。其中的一个人叫鸦，是15年后在拉克利马时空界的优。

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私立樱才学园，原本是传统的女子高中，但因少子化问题影响，不得不改制为男女合校。作为改制后第一年入学的28名男性新生之一的津田隆利，偶然之下被拉入了学生会。在外人看来，学生会是美女如云的天堂。但是津田身边的三位学生会女干部：会长天草篠、书记七条天空和会计萩村铃性格都非常独特，尤其是会长和书记常常在正经事上突然开黄腔，甚至还无意间教坏了其他清纯的女学生。于是津田开始了他每天在学生会的吐槽生活……