本作设置在一个人类与机器人共同生活的时代，以七位“世界上最优秀机器人”之一——瑞士的“蒙布朗”在一场森林大火中被破坏为开端。同时，在德国声援《机器人保护法》之团体的干部兰肯也遭杀害。两人的尸体头上都插著形状类似“角”的物体。凶手疑似是机器人，但机器人都被规范不能杀害人类，因而引发骚动。以高性能著称的机器人刑警——德国的“盖吉特”开始调查这一连串看似相关的案子，结果却意外发现包括自己在内的七位“世界上最优秀机器人”都被凶手列入杀害的目标。

盖吉特至日本与那里的七大机器人之一“阿童木”交换情报，而后阿童木在下一起命案的现场发现，数年前第39次中亚冲突中联合国派去调查波斯王国的毁灭性机器人的“波拉调查团”也被盯上了。与此同时，又有两位七大机器人——英国的“诺斯2号”和土耳其的“伯朗德”相继不敌凶手而遇害，盖吉特的记忆也开始出现异状。随着第39次中亚冲突的背后逐渐揭露，众人发现凶手是为了报复战争中波斯王国被推翻、破坏之仇，憎恨的漩涡也开始席卷众人。

与此同时，今波斯共和国的亚伯拉博士来到日本，暗地里操控著一台长著双角的机器人“布鲁图”，要他去杀了阿童木。阿童木为了保护家人而迎战布鲁图，遭到击败而陷入昏死。与此同时，反机器人的激进团体“KR团”的成员阿道夫认定盖吉特是杀害他哥哥的凶手，于是决定暗杀盖吉特，却反遭组织追杀，负责保护他的盖吉特从他持有的资料中发现目前入狱的波斯王国国王大利乌十四世知道此次事件的秘密。

剩下的七大机器人之一——希腊的“海格力斯”单独迎战凶手，不敌身亡。阿童木的制作者天马博士亲自对阿童木进行修复，但即便机体修好也因为电子脑陷入混沌而无法醒来。另一方面，与阿道夫同行期间，盖吉特被人工窜改的记忆逐渐恢复，想起自己的确因为机器人养子被阿道夫之兄杀害，出于憎恨而杀死了他。盖吉特到监狱找大利乌十四世会谈，得知了敌人是大规模毁灭性机器人的情报，以及一个名为布鲁图的存在。盖吉特前往今波斯共和国找线索，查到了一个神秘男子萨哈多的信息，随后循线找到荷兰地下的秘密空间，发现布鲁图就在那里。盖吉特用火力压制布鲁图，并向警方报告这一切事件的幕后凶手是亚伯拉博士，是他利用家人死于战争的恨意，唆使附身在布鲁图体内的儿子萨哈多所犯下的。

然而，就在盖吉特已经找到真相之时，亚伯拉操控盖吉特认识的卖花机器人阿里袭击他。在盖吉特眼中阿里的身影化为养子的身影，他不由得泪流满面，随后腹部被炮弹击穿而重伤死去。阿童木的创造者天马博士为了让阿童木从昏死状态中醒来，将盖吉特遗留下来的存储芯片植入阿童木的脑，注入偏差的情感——恨意，让脑中的混沌统一。这时仅存的七大机器人——澳洲的“艾普希伦”决定和布鲁图做个了断。艾普希伦在打斗中凭着“光子力”占上风，但始终没有给予对方最后一击，企图将萨哈多从仇恨中解放，最后反被杀害。

阿童木怀着对杀死大家的布鲁图的恨意醒来，写出了一组毁灭地球的反阳子炸弹方程式，平复后拥有了真正人类的心。透过盖吉特的芯片，阿童木已经知道了真相和亚伯拉的真正目的——毁灭地球。亚伯拉算准伊甸公园底下的火山濒临喷发，在伊甸公园底下埋了搭载反阳子炸弹的行星改造机器人“波拉”，引发的爆炸威力足以让大部分的人类灭绝，但机器人可以活得下来。阿童木前去伊甸公园迎战布鲁图，成功压制对方，恨意上冲就要杀死布鲁图时，盖吉特的意识告诉他：“仇恨是不会创造出任何改变的”。阿童木因而停下了手，而萨哈多也终于从恨意中解脱。最后萨哈多牺牲自己拆除反阳子炸弹，世界免于毁灭。闪现的记忆残片中，盖吉特将养子取名为罗比达，看着他的身影，终于了解到活着的意义。因为这一切的事件都起因于憎恨，阿童木于是许愿道：“祈愿有一天世界上会……不再有任何仇恨……”。

每集列表

开端

花垣武道看到前女友橘日向及其弟直人卷入“东京卍会（东卍）”斗争丧命的新闻，接着他因事故穿越回中二时，他借机告诉直人未来之事，谁知讲完话后双方握手，武道就回到现代，而原应死亡的直人成为刑警出现。直人拜托武道回2005年，阻止使东卍从暴走族壮大为黑帮的“佐野万次郎”与“稀咲铁太”相遇以拯救日向。武道再穿越，认识了东卍总长万次郎与二把手龙宫寺坚，他发现两人都非恶人，与后来无恶不作的东卍迥异，遂回现代寻找线索得知龙宫寺当年死于东卍内斗。

8.3斗争

武道至2005年，此时东卍为了复仇与“爱美爱主”开战，虽胜利告终，也有一成员自首，万次郎与龙宫寺却因此龃龉。虽然在武道干涉下两人和好，但想趁机生事的爱美爱主余党及东卍叛徒，仍在8月3日袭击龙宫寺，不过龙宫寺因武道等人的努力而获救。回到现代历史已变，日向也存活，但没多久日向又因东卍策划的车祸死亡。武道后来得知龙宫寺成为死刑犯，而一切恶行皆是稀咲指使。

血之万圣节

武道至过去碰上“芭流霸罗”下战帖，东卍为添势力任命原爱美爱主的稀咲为参番队队长。壹番队队长场地圭介叛变至芭流霸罗，副队长松野千冬向武道表示，场地是去卧底找寻稀咲为幕后黑手之证据。武道因穿越得知此次大战：东卍旧成员羽宫一虎将刺杀场地，万次郎会打死一虎，稀咲则藉善后之机掌权。2005年10月31日，他力阻命案发生，最终场地仍身亡，但一虎未死。尔后武道成为壹番队队长，他再回现代已成东卍高级干部。总长代理稀咲指武道、千冬为内鬼，枪决千冬，武道被一虎救走。武道发现东卍因稀咲与原黑龙组的加入导致变质，甚至过去的自己竟遭稀咲利用谋杀日向，他再度穿越至2005年。

圣夜决战

武道发现要退出东卍的柴八戒，就是将杀死其兄黑龙总长柴大寿并带黑龙加入东卍者。他对千冬坦白穿越一事，而对八戒欲弑兄以救被家暴的姐姐柚叶，他们碍于跟黑龙之和平协议，只能私下阻止。2005年12月25日，稀咲与半间假意帮助实则作梗，使武道等人与黑龙起冲突，真正的行刺者柚叶趁机下手未遂，最后万次郎到场摆平大寿。黑龙认输，继承者干、九井宣布加入东卍，稀咲终于因怂恿柚叶行刺被除名。新年后武道回到现代，却发现不单日向车祸死亡，东卍成员也陆续遇害，而嫌犯竟是万次郎。万次郎要武道杀了他，两人僵持中直人从旁击毙万次郎。武道再度穿越至过去。

关东事变

2006年初横滨的帮派“天竺”攻击东卍，武道听闻他在天竺的友人鹤蝶说总长黑川伊佐那被稀咲利用。武道回现代找寻情报时巧遇柴大寿，他对武道和直人说明当年“关东事变”的结局为天竺与东卍抗争后合并，总长为万次郎，其之下是稀咲、伊佐那，之后东卍成了犯罪集团。谈话间东卍人马现身要抓武道与直人，两人遭枪击，武道与重伤的直人握手后穿越。定于初代黑龙成立之日的2月22日当晚一决胜负，另一边稀咲却对艾玛痛下杀手，此等不幸使万次郎、龙宫寺斗志全失，再加上之前东卍两名队长遭偷袭受伤、伍番队叛离，其他人本不欲应战，但经过武道和千冬的激励，众人昂然赴会。日向对万次郎与龙宫寺揭露武道穿越一事后，三人便至决斗现场，最终伊佐那于打斗中输给了万次郎，并且为救鹤蝶而被稀咲枪杀身亡，稀咲则遭遇车祸而死。

大正年间，豆狸小豆从乡下到大城市大阪办事，在以幻术戏弄人类时，于春来亭遇见知名落语家大黑亭文狐，见到她以落语让人类沉醉不已。小豆深受感动，立志成为落语家，并求文狐收自己为徒。身为上方落语四天王之一的文狐原先无意收徒，但在见到小豆的诚意后，允许她偷师。小豆寄于文狐篱下，除了学习有关落语的一切，也精进自身的幻术，并认识文狐以外的落语界的人士，包括四天王之一的椿白团治和他的弟子椿白良。

文狐曾与上一代大黑亭约好不收弟子。为了避免小豆遭业界封杀，文狐便按照白团治的建议，将她逐出师门，并让她接受四天王的考验，以证明她有能耐继承“大黑亭”之名。在通过考验后，小豆成功回到文狐门下。在一次演出后，小豆发现自己的变身术失灵，正逐渐变回原形。为了避免失去法力，小豆在天神的帮助下进入地狱，向传说中的狸猫左卫门讨教。