五年前，因为大冢村发生瘟疫，为了防止瘟疫扩散，将大冢村全部烧毁。而在此事件幸存只有信乃、庄介、滨路等人。他们在事件过后被教会收养，只是其它村庄的人无法理解教会所为，故而排斥被收养的犬冢村幸存者。某日信乃收到教会的传票要他去帝都一趟，甚至是不惜派出五狐诱拐滨路，而所有的迹象都显示那跟下落不明的村雨，以及从那天起不曾长大的信乃有关。

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首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。

重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……

《薄樱鬼》是以日本幕末时期的史实为背景改编的故事，作为奇谭的本作以独自的新要素为中心描述，因此会有和史实不一致的地方。

故事开端是幕末文久三年。

主人公雪村千鹤是在江户生长的兰学医（西方医学）之女。其父纲道因工作而离开江户前往京都。一开始千鹤与父亲有定期的书信往来，但很突然的，父亲不再来信，而自己写的信也得不到回应。千鹤因担心父亲而穿上男装来到京都，却没想到在那里遭遇到了冲击性的场面，并且与新选组的各位邂逅，一起寻找父亲的下落。

围绕着她的是与新选组的队士之间发生的事、自己的身世、新选组隐藏着的秘密，以及幕末的男子为了生存的战斗历程。