舞台是2011年的美国佛罗里达州，空条承太郎的女儿空条徐伦因为谋杀罪而被囚入州立监狱“水族馆”。她得到从父亲那里取来的护身符，并获得了替身能力。她在监狱里结交了伙伴艾梅斯。徐伦的父亲承太郎前来探监，告知徐伦她的入狱是DIO的部下约翰格里‧A所陷害，但他们并不知道这事实上这是监狱内的神父──普奇神父的阴谋，普奇神父用他的替身白蛇偷袭徐伦，承太郎为了救女儿而失去替身和记忆、陷入假死。徐伦在寻找真凶的途中结识了伙伴：为报杀姊之仇而刻意入狱的艾梅斯、由女囚生下的小孩安波里欧、有感情与意志的浮游生物F‧F、杀人犯安那苏和失去记忆的天气预报。

随着故事的进展，普奇神父的目标也更为明确。在第三部的故事之前，普奇与DIO相遇了，DIO对普奇提到了“上天堂”的概念，他认为精神的力量会不断进化，最后所抵达的境界就是天堂，并写下具体做法。而在第三部故事之后，普奇按照DIO的方法进行计划，他首先取得了DIO的遗骨并因此获得了DIO的力量、接着他在新月的夜晚前往一个指定地点。由于DIO与乔斯达家的血脉相连，间接使得徐伦知道他的目的地是卡纳维尔角。

徐伦、艾梅斯和安波里欧逃狱后成功“复活”了承太郎，而安纳苏与天气预报也跟随在后。徐伦与她的伙伴对抗DIO的三个儿子，这导致天气预报取回了自己的记忆并战败被杀。徐伦等人最终追上了普奇神父并试图与他抗衡，但普奇神父已经完成了DIO的指示，进而让自己的替身进化成“天堂制造”。天堂制造可以让时间加速，在加速期间，普奇杀死了徐伦、承太郎、艾梅斯、安纳苏。当时间到达宇宙的尽头后产生了新的平行世界，在这个世界中所有幸存的人类都能预先了解自己的命运，进而对此觉悟，而这也是普奇神父所坚信的幸福。在平行世界中，安波里欧也借着天气预报的能力杀死了普奇，只有安波里欧一个人成功活到新世界，新的故事也即将展开。