故事发生在日本虚构城市“友枝市”。木之本樱某天将父亲的古书籍打开，意外把封印在书中的卡牌释出。它们是由魔法师库洛·里多创造的称之为“库洛牌”的魔法卡牌，每张卡牌都有不同的能力和自我意识，卡牌的随意行动能够对世界造成灾难。为了防止灾难发生，樱受封印书之守护者“可洛贝洛斯”的委托下，将四散的卡牌回收至书中。卡牌在成功回收后，樱也能将卡牌的能力解放给自身使用，以方便回收下一张卡牌。

回收卡牌不久后，来了一位转校生，他是库洛·里多的母亲家族“李家”的后人——李小狼。李小狼在得知库洛牌的封印解除后，便来到日本打算回收卡牌。起初李小狼认为木之本樱无法胜任卡牌回收，故常和木之本樱争夺卡牌回收，但最后认同木之本樱回收卡牌的能力。在所有卡牌回收并写上名字后，封印书之另一守护者“月”便会进行审判，判断持有卡牌之人是否能成为卡牌的新主人。木之本樱在审判中改变原有的封印杖，创造出星封印杖，最终通过了审判者月的审判。

在通过审判后的第二学期，班中转入一位从英国来的留学生——柊泽艾力欧。与此同时，木之本樱所持有的库洛封印书变成为樱封印书，以及木之本樱受到不明的攻击。在应对攻击时，却发现审判过程中转变而成的星封印杖与库洛牌无法使用，而令木之本樱、守护者与大道寺知世遭遇危险，最后木之本樱使用新魔法阵并将库洛牌转变成樱之卡，解决当前危险。

【咒纹】。那是，通过装填每人固有的物质“Trigger”来启动，使被称为“印者”的操纵者的身体能力飞跃性提升，并引发超常现象的超古代兵器——。

赤冢正义(Justice)，通称正义，他的掌心有着一个能扭曲时空、创造出“无”并给予周围一带毁灭性伤害的刺青--“咒纹”。正义决定帮助特务少女.伊姬完成回收咒纹的任务，但却被卷入各国的阴谋之中。

“这个咒纹，你是在何处得到的?”次日，在放学回家的路上，被身穿不合季节的大衣的少女“伊姬”突然袭击的正义，使用祖父传授的柔术反击，却被压倒性的力量差压制，遭遇性命攸关的危机……。

以偶然得到“咒纹”的赤冢正义为中心，各种各样人们的心思风起云涌的争斗，现在开幕。

皇历2017年，超级大国“不列颠帝国”(Britannia)朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%的大战……

第一章《飞龙降临》

2017年，超级大国“不列颠尼亚帝国”(Britannia)朝着称霸世界的目标，征服了世界近三分之一的版图。此时，2010年被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠尼亚帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%、生还率为0的大战……

第二章《折翼飞龙》

皇历2017年(革命历228年)、不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争还在持续。身处劣势的E.U.军将11区――在不列颠尼亚占领之下亡国的日本人――集结起来设定特殊部队、“wZERO队”

E.U.军向wZERO队发出了新的命令——让他们空降敌阵诈攻。这项命令太过残酷，队长蕾拉之下包括这几位队员：身为wZERO的驾驶员，同时也是在之前的战役中唯一的存活者日向瑛斗。从11区的管制区逃出，在社会阴影下生活过来的佐山流。成濑幸也，以及香坂绫乃，共计四人。这四个队员各怀心事，作战就在这样的情况下开始了。

另一边，不列颠尼亚。曾使用GEASS的力量让自己的长官自尽的真·日向·夏英格被如愿任命为圣米迦勒骑士团的总帅。他为了实在自己的野心而一步一步地推进计划。信·修加与其属下阿修罗队接到了出动命令。

为了战斗而生存下去的人，为了生存而战斗下去的人。在残酷的前线，日向瑛斗发挥出了自己令人恐惧的潜在力量，赶赴战场的真·日向·夏英格感觉到了日向瑛斗的存在。

第三章《辉芒陨落》

革命历228年，不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争进入白热化阶段。EU本土因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

长久以来，埋伏于暗处的真·日向·夏英格，如愿走向血腥舞台的最中间。

第四章《憎恨记忆》

革命历228年，欧洲共和国联盟(E.U.)因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

为阻止不列颠尼亚的进攻，阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭不列颠尼亚的飞行兵器，并在当中与无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此，与阿基德、佐山流等发生战斗，最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时，幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是，在这个时候，安排在飞行兵器中的定时炸弹，也倒计时结束了…… 

夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。

最终章《致我所爱》

信暴走的Geass。阿基德决心和哥哥进行最后的战斗。由于成濑幸也放出了的炸弹，不列颠军减少到了三分之一，不过包围了的wZERO部队处于压倒性地不利的状况的事实不变。在那里身为敌人的阿修雷作为新的朋友加入。在最后一场战斗之前，阿基德把自己的头发剪掉交给了蕾拉。

「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」

レイラはアキトを见つめる。

「私はもっとアキトと话したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一绪にここへ帰ってきてください」

人的心结合在一起的时候，命运的秘密就会展现。

真相所示的未来究竟是希望还是绝望?命运的斗争终于迎来了结局