故事以来自月球苏菲亚王国的公主菲娜·法姆·阿修莱特为中心。菲娜为了能够学习更多关于地球的知识，给继任苏菲亚王国的王位作准备，来到地球留学，并寄宿在主角家中。

彼时，人类早已经开始向月球移居，然而，移居到月球上的人类，和留在地球上的人类之间产生了无法调解的矛盾最终爆发了激烈的战争，最终，在月球上生活的人类同地球彻底划清了界限，建立的自己的国家，两颗星球之间完全属于断联的状态。

一晃眼几百年过去，月球和地球之间的关系好不容易得到了缓和，两者之间建立了“满弦崎中央联络港市”作为联络的渠道。朝雾达哉（千叶进步 配音）是一名平凡的青年，就读于满弦崎大学附属的卡特琳娜学院，达哉自幼失去了父亲，和姐姐沙也加（本山美奈 配音）、妹妹麻衣（安玖深音 配音）一起过着相依为命的生活。一天，沙也加告诉达哉，月球的公主要来地球拜访，而他们的家则成为了公主的暂住地。

游戏

游戏本传共有六名可攻略女角色，PS2版本传追加为八名可攻略女角色。

玩家刚开始游戏时，仅有菲娜剧情线处于开启状态，通关后始可攻略米亚、麻衣、菜月、沙耶香（PS2版追加远山翠和艾斯蒂尔）的剧情线，完成前述女角色剧情线后，开启莉斯莉特剧情线。所有女角色剧情线通关后，将开启名为“夜明前的琉璃色”的真结局剧情线，该剧情线亦为菲娜的第二条剧情线。

史雷(木村良平 配音)虽然身为人类，却在天族的养育下长大。人类无法感知到天族的存在，可史雷却因为其拥有的强大灵力而让这两个格格不入的种族产生了交集。为了解开遗迹崩塌的谜团，为了推进历史的前进，史雷踏上了旅途，并且在误打误撞之中拔起了石缝中的圣剑，成为了净化凭魔的导师。

成熟冷静的米库里欧(逢坂良太 配音)、善良正义的少女艾利夏(茅野爱衣 配音)、开朗热情的罗洁(小松未可子 配音)、外表成熟个性却略显天真的莱拉(下屋则子 配音)、独来独往对人类缺乏信任的埃德娜(福圆美里 配音)，一路上，史雷结识了一位又一位个性迥异的同伴，会有怎样的答案在终点等待着他们呢?

公元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。

2198年，地球接收了来自异星人行星的“次元波动引擎”技术供应，并开启了星际航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。

2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”(アマテラス)的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。

回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身份受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”(イズモ計画)，但实际上发动的，却是以前往异星人行星接收污染净化系统为目的的“大和计划”(ヤマト計画)。

于地球拔锚的大和号，成功于太阳系内突破光速。带着人类最后的一线希望，踏上了这场以一年为限的33万6千光年旅程，前往大麦哲伦银河星球。