2040年，医学高材生水原怜人罹患一种无法医治的罕见疾病“细胞硬化症”，他听从医生的建议进入冷冻睡眠五年，以便届时解药开发成功而得到治疗。不料这五年间，被称为“MK病毒”(Male Killer，男性杀手病毒)的病毒席卷了全世界，人类感染就会全身肤色变成紫色，三天内致死，病毒能透过空气传染，传染力相当强，瞬间就在全球爆发大规模疫情，导致全世界包括怜人在内只剩五个男人生存。
虽然怜人因为患上细胞硬化症而存活下来、产生抗体治愈了MK病毒，且细胞硬化症也在之后由解药完全治愈，但苏醒后的他却必须肩负与大量女性交配、让人类得以延续的使命。
由于流失大量科学家与技术人员的世界，许多科学技术因此失传，人类面临很大的存亡危机，虽然幸存下来的女性在UW女性临时政府的控制下保持着最低限度的生活。因此男性成为世界最重要的资源，幸存的男性都被安排了防护官，尽管担任怜人防护官的周防美来不断告诫他自己的使命，但怜人因对行踪不明的青梅竹马橘绘理沙仍抱有感情，选择暂时拒绝与众女性交配，想要先用一个月的时间先寻找绘理沙。
数次突发事件后，在意识到还有为数百万的男性进入冷冻睡眠暂缓死亡和自己的男性亲人还生存时，他发现绘理沙留下讯息告知MK病毒是人造病毒，于是他争取可以自交配设施外出、进入MK病毒的研究设施的权利并选择投入医学研究寻找病毒的解方，以解除人类的绝种危机并逃避交配。
与此同时，UW日本支部的领导层持续监视男性，并推行着机密计划，而第三名男性，原是男高中生的土井翔太也在此时苏醒，他在他的专属防护官神谷花莲的诱导下开始与众女性交配，而满意的领导层因此决定解职周防美来，更替怜人的专属防护官。
2049年，幸存的男性于疫苗开发成功5年后陆续回归社会，此时日本的男女比率约为1:10000(男性5000人，女性5000万人)。病毒的后遗症造成男性丧失了性欲与生殖能力...
故事发生在前传故事《鹫尾须美是勇者》两年后，神世纪300年。主要讲述初中二年级学生结城友奈，天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系。本作正是以友奈等人的“勇者部”的活动为主线进行相关叙述的。
表面看来，结城友奈(照井春佳 配音)是一个平凡的初中二年级女生，个性开朗热情的她是校园中的活跃分子，深受老师和朋友们的喜爱。可实际上，放课后的她还有着另一重身份——勇者部的部员。
友奈的邻居兼好友，沉默寡言却意外的温柔的东乡美森(三森铃子 配音)、个性大大咧咧果断直率，却意外的擅长做家务的犬吠埼风(内山夕实 配音)、风的妹妹，像小动物一样惹人怜爱的犬吠埼树(黑泽朋世 配音)、看似桀骜不驯难以接近，实际上非常害羞傲娇的三好夏凛(长妻树里 配音)，除了友奈，活跃在勇者部的是这些性格迥异的女孩们，她们所要面对的，是名为巴提克的强大敌人。