故事以未曾经历统一、战乱不止的中国战国时代为舞台，主人公李信是一位秦国的少年，他因为战乱而失去双亲，并在收留自己的里长家里过着奴隶一样的生活。里长家里收留了两名战争孤儿信和漂。然而，身为孤儿的信和漂并没有因为身份的卑贱而失去志向，反而这战事频繁的乱世中，立志要成为大将军，两人一同苦练武功。他们以成为名震天下的大将军为目标，每日磨练自己，等待机会建功立业。某天，漂被带入宫中任官。及后濒死的漂回到家中，信在漂指引下，见到了因为政变而被追杀的秦国大王嬴政，他戎马天下的人生便由此拉开了序幕。
用语解释
马酒兵
秦穆公在位时，军马被山之民吃掉，秦穆公不仅没有生气，还将酒分给那些山之民。后秦晋两国发生泛舟之役，在秦国节节败退、身处劣势之际，山之民为了报答秦穆公的酒肉之恩，共有300人向晋军发动攻击并生擒晋王。其战斗方式甚至让秦军士兵都毛骨悚然，是非常恐怖的战斗民族。而马酒兵一词也因此而来。
六大将军
即王骑、白起、摎、王龁、司马错、胡伤。而王骑是六大将军中最后一个辞世的。
六大将军制度是基于“绝对效忠秦国”的条件下所建立的，而建立这个制度的就是秦昭王。
这六位将军被赋予“战争的自由”，拥有可以自行对任何国家发动战争的特殊权限。
六大将军的命名由来自于秦国人所崇拜的象征动物-玄鸟的六片羽翼
助魏攻楚之战结束后，赢政为加快统一六国的脚步，进而将此制度再次复活，并聘请锻造师打造黄金玄鸟雕像，配置在上头的六片金色羽翼即是新生六大将军的身份象征。
被封为新生六大将军的分别为第一将蒙武、第二将腾、第三将王翦、第四将杨端和、第五将桓骑，而第六将暂时从缺。
飞信队
李信初次以百人将的身份出战时，王骑所赋予的部队的名字。
初期是由一百名农民出身的民兵所组成。至屯留叛乱事件为止部队已扩大成五千人的规模。
副队长由羌瘣(初成军时由信指名;后成为千人将)、渕(初成军时由信指名)、楚水(成为千人队后加入)担任，军师由河了貂(成为千人队后加入)担任。
赵国三大天
赵国之中，能与秦六将相抗衡的3位大将军，其所带领的军队中都会有一面“大天旗”。
原本的三大天有廉颇、蔺相如、赵奢等3人。后唯一还存在的廉颇离开赵国后，由李牧和庞煖组成。目前剩下一席尚未确定人选。
战国四公子(战国四君)
即齐国孟尝君、赵国平原君、魏国信陵君、楚国春申君。而春申君为四人之中的最后一人之后也于楚考烈王死后被李园暗杀。
魄领之禁
蚩尤一族的人，凭借巫舞使精神下沉的深度所存在的界限称为“魄领”。巫舞的曲调不仅在下沉过程中起催眠作用，同时也是做为从深处上升的“路标”，一旦下沉到魄领之后便难以恢复意识。除了羌象，蚩尤一族中很多人因为侵入“魄领之禁”后没有恢复意识而死去。
魏火龙
魏国之中，安釐王时期的七大将军，即吴庆、灵凤、凯孟、紫伯、太吕慈、晶仙、马统，与秦六将、赵三大天并称。其中太吕慈、晶仙、马统已在与灵凤、凯孟和紫伯的斗争中死于紫伯之手，吴庆在蛇甘平原之战被麃公击杀，而灵凤和紫伯也于著雍之战身亡，目前仅凯孟一人尚存。
中原十弓
其起源于过去赵武灵王招集了中原各地自认弓术良好的弓箭手举办了一场弓术大会，获得前十名的弓箭手便被誉为中原十弓。
目前出现过的十弓有黄离弦、魏加、姜燕、白丽、苍源、马朱离、仙手备、青华云、白公。
求道者
求道者是一群忧国忧民的一群人，他们是比长达500的春秋战国时代还要早存在，认为只要有人超越人类，到达神的境界，全体人类就会蜕变成比人类更上一阶的存在。
但是他们拥有这么深层的对人的爱，却不拥有凡人之爱，因为他们心中只有“道”，其中有人冥想直到归于尘土，有人向往飞翔而跳入深谷，而武神庞煖选择的是成为武神的这一条“道”。
在世代交换之时，据说会有一个造成世间动乱的“霸者之首”。这个东西从秦代以来流传下来，并且让想要争夺霸权的人们不停争斗着。
时间来到了动乱的幕末。位于正在吹起异国风潮的横滨之地，出现一个剑士。他的名字叫作秋月耀次郎。手上握有灵剑“月泪刀”，也是以封印霸者之首为使命而被叫作“永远的刺客”的人。过去他曾担任坂本龙马的保镖，但对于未能拯救他而感到深深懊悔的秋月，为了治愈心伤而一个人寻找在幕末苏醒的“霸者之首”。
他在一场争斗中因为救了一对孩子，而和以“报仇”为目的而到处旅行的剧团一座相遇。一座的仇敌－中居屋重兵卫正握有“霸者之首”。于是为了找到首级的耀次郎和剧团们因此卷入了阴谋的漩涡之中。
用语
霸者之首（覇者の首）
在历史转换时必会出现，并且造成人间骚动和混乱的存在。另外也能让拥有者能取得“天下”的力量。如名称所示是一个“首级”，是被秦朝秦始皇所斩首的男人，用他的怨念化为力量寄宿于首级之上。由初代“永远的刺客”封印后，被徐福带来日本。
月泪刀（月涙刀）
徐福为了封印“霸者之首”而加入咒语打造的灵刀，一共两把。受到秦始皇的命令，此刀要传给由徐福和他带来的三千童男童女以及他们子孙中，能力最优秀者（不过由于秋月不是出身于高丽之里，所以中居屋的这个说明可能也不正确）。此刀能够用来找寻“霸者之首”，而且在“首级”面前，会从刀尖上流下像是泪滴的水珠。
不过并不是由“永远的刺客”对“霸者之首”加以砍击就能封印它，除此之外似乎还需要一些条件，但秋月并未说明。
另外这两把刀分为封印首级的“阴之大太刀”和防止封印解除的“阳之小太刀”，但如果阳之小太刀与霸者之首接触则会让使用人成为首级的护卫。作中则是由耀次郎和赫乃丈分别持有。
永远的刺客（永遠の刺客）
使用灵刀?月泪刀来封印“霸者之首”的力量为宿命的人。以“永远的刺客”和“霸者之首”间的对立为中心，常会造成历史的变革（也正是本作标题“历史机关说”的概念）。
德川家康也是永远的刺客，所以在本作中日光东照宫就是拿来作为放置大坂之役中被封印的首级的场所。
獬豕纹徐福之器（獬豕紋徐福之器（がいちもんじょふくのうつわ））
受到秦始皇命令封印“霸者之首”的方士?徐福为了能顺利将“首级”带到蓬莱国（日本）加以丢弃，而用来搬运的容器。制造方法在现在的“高丽之里”依然留存着。受到茨木苍铁的请求，而在高丽之里再度制造（另外，窑工人们对于苍铁的请求却没感到惊呀，似乎不是所有高丽之里的居民们对于“霸者之首”都有全部的认识）。
幻影士兵（幻影兵士）
从壶中出现的烟雾状士兵。在海和水井中出现。虽然不能用现实的方法打倒，但能用火打败他们。
手球歌（手毬歌）
赫乃丈常唱的手球歌。（从第21话开始） 内容是被舍弃的孩子的心情。耀次郎也知道这首歌，所以这首歌和月泪刀就成为两个人的共通点。另外这两人会知道这首歌的原因，是因为他们在小时候都住在高丽之里。
