地球上所有的法则都是由被称为“共存均衡”的巨大力量所支配着，而“元神灵”是拥有超越人类能力并守护着这个均衡的存在。拥有相同外表和共同命运的三个灵魂所组成的“三位一体”，等待在他们面前的，是残酷而壮烈的战斗……。

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某一天，在一直孤单地一人生活的男主角丹童子有马面前，突然出现一位带领著执事和女仆的少女蓝羽瑠璃。蓝羽的目的是希望能借用丹童子那寄宿在他身上的Sacred Seven力量。但是，在过去因曾经使用了那力量而伤害其他人的丹童子理所当然地把瑠璃她们赶走。另一方面，这个平稳的城市中突然出现了石之魔物“恶石”，并同样为了丹童子身上的力量而来。原来，瑠璃是能够把丹童子身上的Sacred Seven力量真正地解放出来，并练成宝石，使丹童子能够击退“恶石”。本篇的男主角丹童子由于过去力量的暴走，使他变得会避开周围的人，并因此过著孤单的学园生活，但会因为瑠璃的出现，而使他开始正视Sacred Seven的力量。

丹童子有马（寺岛拓笃 配音）是一名高中二年级的学生，看似沉默寡言严肃内向的他，其实有着一段不堪回首的过去。为了避免再伤害周围的人，有马选择了形单影只的孤独生活。某日，一位名叫蓝羽琉璃（中岛爱 配音）的少女带着执事镜诚（入野自由 配音）出现在了有马的面前，提出了希望利用有马身上“恶石”的力量。

恶石的力量虽然强大但难以控制，有马曾因此而犯下令他追悔莫及的错误。而蓝羽琉璃则拥有“善石”的力量，能够牵制和压抑有马的暴走，在蓝羽琉璃的不断恳求下，有马终于决定走出过去的阴影敞开心扉，两人共同要面对的，是因为恶石力量而幻化而成的魔物。

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战后，日本国内政府及财政动荡不安、人心惶惶，侦探职业正值没落，被称为“无冠之王”的海胜麟六，掌握有海量的通讯设备与情报，并且可以迅速的整理庞大的讯息作出推理分析，仅凭此就解决了相当数量的难题事件。

以“最后的名侦探”自称的结城新十郎与其助手因果，实际上挖掘出了事件的真相，事后海胜麟六却以顾全大局为考虑发表不同的结论，世人以此嘲讽新十郎为“战败侦探”。而此同时，各式各样的事件正在这时局不安的社会接连不断发生，结城新十郎与因果将挑战并解决这些曲折又奇妙的事件。

用语

结城侦探事务所（結城探偵事務所（ゆうきたんていじむしょ））

结城新十郎的侦探事务所。

日本正义网络集团企业（ジャパンジャスティスネットワークシステムホールディングス，JAPAN JUSTICE NETWORK SYSTEM HOLDINGS）

简称JJ系统集团，由海胜麟六创立的企业，以在战后垄断日本的通信基础而著名。

检察厅联合调整部（検察庁連合調整部（けんさつちょうれんごうちょうせいぶ））

虎山泉所属的部门，在战后日本面对各国压力而建立的特殊部门，拥有独立的行政执行权力。

御魂（御魂（みだま））

据因果所说，来自人心中真实的想法的呐喊。在作品中以紫蝶来表现，因果以此为食。

失去一小部分御魂并不会对人体造成太大影响，只会稍微虚弱一段时间。但是如果丧失过多就会死亡。

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