舞台设置

故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。

剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。

本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。

本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。

魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。

魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。

使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。

在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。

情节展开

出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。

当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……

本作以12页的独立单元式短篇开展故事。

作者在每一集中、大量渗入对日本的社会现象及自我的嘲讽、并基于作者本身的学识、使用自行创作或特定的词汇、带出有关事件、以及有关的笑点。因此作品内隐藏（或不明显）的物件及文字、让知情者会心微笑的时事材料、诙谐式模仿及笑话的内容另外、近代文学的复古风格、成为作品的最大特色。

风格方面有继承前作《改造新人类》之处、但题材的演绎则大为收敛、话题方面亦转趋社会化、因此作品更易令一般人接受。与过往作品一样、作者有让以前绘画过的人物、在本作出现；但碍于小学馆拥有旧作的版权、因此只能以暧昧的方式让他们出场。

作者持有教师执照（教員免許）。因此大众认为、这是作者选用老师（先生）身份作主角的原因。

此作的年份号并没有使用日本现行的年号“平成”、而是延续“昭和”的年号。因此故事开始的年份（2005年）是昭和80年。

倒数第二回中曾经用一个格子表示出实际上故事年份依然是平成，但是故意使用昭和的年号。

值得注意的是，每一回的篇名皆是改自文学著作的名称或是内文的摘录。

高中

依照男主角的说法、这是一间旧学校。校名由学校的赞助业者来命名、时常会变更（第90话时为铃木商店高校、第93话时被更改为山田乌冬面下井草店高中）。

学校内的班级依照伊吕波顺排序、故此2年へ组为二年级的第六班、而2年ほ组则是二年级的第五班。

2年へ组

班内的32名学生被称为“绝望的学生”、亦被主角称为“绝望教室”、但班上的气氛并不死寂。

班主任是糸色望。

这班离奇地没有副班主任（暗示其他班别都有副班主任）。

在“空降事件”（第25话）后、一直没有明示课室名牌（之前一直都有的）、因此暗示有可能本班实际上已变成“1年へ组”。其后在第28话‘本想证明、今年的新年’中、木津千里的学生证上的“第2学年”字样被改成“第1学年”。而后来也有短暂的变成“三年へ组”。

昭和80年度(2005)与昭和81年度(2006)的点名簿有些不同、可能这一班曾经换班过。

学生编号的安排方面、初见混乱、故此起初见不到学生们的编号。在日文版初版第一集中、部分女生的学号误记了（详情请参阅2年へ组学生的介绍）。中文版则继承了日文初版的错误、而未有更正。

东立中文版是叫2年29班、因为‘へ’在日文50音中排列数为第29个（一般的日本学校班级是按50音表次序排列；原文则是用伊吕波顺以いろはにほへ为编班顺序）。

在连载大约过了两年之后、漫画曾表示2年へ组全班被留级。

见泷原市的魔法少女晓美焰为改变好友鹿目圆终将迎接的悲惨命运，使用自己的“时间操作”魔法，反复在相同的时间中作战。某天，一名神秘的少女突然邂逅小焰，她声称“如果想要改变命运，就到神滨市吧。因为此地的魔法少女都将得救”。面对这未曾发生的事态，小焰心中相当动摇，但也从中感觉到拯救小圆的可能性。