在年号“平成”二十几年21世纪的日本，延续著由江户时代开始的德川幕府，第25代将军德川庆康统治的盛世日本。而距离首都百公里的圣峰富士山山麓之上建立的巨大学园“武应学园”。在由德川家组成的学生会，执行对反抗的丰臣派的“丰臣狩猎”，在学园中掀起的巨大风暴。

就读“武应学园”亦身为柳生道场代理教练职务的柳生宗朗，对学生会的“丰臣狩猎”行动抱持疑惑，在道场中独自进行练习时，一名全身赤裸带着大小两把日本刀的少女穿过道场屋顶从天而降， 少女自称柳生十兵卫三严，并且使用华丽的剑术，击退带领风纪委员会来犯的服部半藏。之后一群拥有历史上有名武将之名的少女们也相继出现在宗朗面前……

每集列表

本作品是包含生命值、魔力值、等级、魔法技能等数值化后能够确认的异世界故事。在斯坦尼亚王国，每当国家被瘴气覆盖、魔物大量产生时，圣女就会拯救国家。因为这次圣女没有出现，所以用过去的魔导书召唤了圣女，小鸟游圣和御园爱良两人从现代日本转移过来。王国的第一王子问爱良“你是圣女吗?”，只把她当作圣女对待。

被无视的圣愤怒地离开了王宫，成为了药用植物研究所的研究员。召唤三个月后，王国的第三骑士团因讨伐魔物而受到了破坏，但是用圣制作的药水团长艾尔伯特·霍克等人恢复了。召唤七个月后，探望再次讨伐魔物而负伤的骑士们，用恢复魔法使他们痊愈。并且受到正规魔法指导的圣在召唤的9个月后作为恢复要员参加了霍克团长率领的魔物讨伐，通过突然发动的圣女的术将魔物涌出的黑沼和周围的魔物净化并消灭。第一王子在讨伐中的活跃被传开之后，说圣不是圣女，因而被要求反省思过。召唤1年后，圣和霍克团长以及第三骑士团一起远征被称为药师圣地的克劳斯纳领，讨伐魔物。在这次远征中，圣意识到“想起团长”是圣女之术的必要条件，从而可以自由地发动术。

高町奈叶(田村由香里 配音)是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺(水桥香织 配音)相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。

某日，一位名叫菲特(水树奈奈 配音)的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗?对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢?