上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

位于东京西部的巨大“学园都市”。

在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。

在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。

最强而最凶的“恶”——一方通行，

扫平学园都市的“黑暗”!!

用语

某科学的势力

兵器

Numbers（ナンバーズ）

为埃斯特尔一家使用的拟似魂魄。名称取自中国神话的传说生物，除祸斗外来自四凶。

祸斗（禍斗（かと），Kato，声：渡部纱弓）

参见： § 人皮狭美

梼杌（檮杌（とうこつ），Toukotsu，声：真野步）

参见： § 菱形蛭魅

穷奇（窮奇（きゅうき），Kyuuki，声：小针彩希）

青色猎犬型机器人，公式强化后可与饕餮“视觉共享”。

饕餮（饕餮（とうてつ），Toutetsu）

紫色四足桌子型机器人，能力是“转移物质”。

浑沌（渾沌（こんとん），Konton）

土黄色球形外壳机器人，能力是“感知弱化”。

组织

DA（DA（ディーエー））

正式名称为Disciplinary Action。警备员的黑暗面，仅占学园都市一成的警备员人口力量里面最大的偏激武装秘密结社，自称“正义组织”，曾经扮成医疗人员和现役警备员向一般市民面前出现搜集可利用的实验材料，但是他们与警备员不同，警备员绝对不会举枪对着手无寸铁的学生和背后对学生采取暴力对待（人皮狭美气绝于他们手上），采取融尸灭迹手段龌龊。

组成成员基本都是在警备员队伍里面因为犯错或者心存报复辞退的原警备员和科学家组成，拥有和现役甚至超越现役警备员武装水平的设备武器，最强的武器是搭载格斗林机枪和回旋飞镖的多足重型兵器（需要有人在里面操作），因为背后有统括理事会成员亡本里藏背后支持。

与理事侧和警备员侧为敌。亡本后来因为觉得他们做的太过火，派出食尸部队清除。因埃斯特通风报信与一方通行，回收最后之作任务失败。转而抓获御坂妹妹10046号作为人质，后来菱形需要御坂妹妹脑内10031次死亡记录，被多方势力（警备员、食尸部队、一方通行）找上前阻止。

食尸部队（屍食部隊（スカベンジャー），Scavenger）

统括理事会直属部队，成员数四人。在《死灵术师篇》中，被派遣消灭DA并回收御坂10046号，被乱入的一方通行打得落花流水，任务后遭到降级。

其后在《某科学的超电磁炮》的《天赋梦路篇》中接受委托回收“分身”，结尾因功（与首领的强硬态度）而回复原阶级。

每集列表

设定

因着繁星引导，或者是其他人为原因，会有来自日本的“迷途人”误闯至异世界。这些迷途人在转移至异世界时，会有“纯粹概念”固定在其灵魂，让他们获得异于常人的力量。远古时期的迷途人曾经以其特殊力量建立过先进文明，以致于全世界文化统一，连语言都统一为日语。然而，那时因迷途人力量失控，引发大型灾难，导致文明毁灭之余，影响持续至千年之后的现今。其中以“四大人灾”（Human Error）最为严重，包括让整片西方大陆化成白盐，溶化于海的“盐之剑”、让白雾笼盖南方诸岛的“雾魔殿”（Pandemonium）、支配东方未开发区域的“络缲世间”和使北大陆中央部漂浮在空中的“星骸”。

自此之后，为免重蹈覆辙，教会将“迷途人”视为禁忌。教会人士位属“第一身份”（Faust），贵族阶层为“第二身份”（Nobless），而世上其他大部分人都是“第三身份”（Commons）。第一身份监察，第二身份管理，第三身份劳动，故第一身份的地位最高。也因为第一身份权力甚高，故必须由未婚女性担任，并终身不能成立家庭，以消除世袭风险。除了迷途人、纯粹概念外，还有“发动原罪魔导”、“持有三原色宝石”等禁忌。

这个异世界存在伟大的“力”，又称为“导力”。人们可使用“导力”经由不同纹章和素材来发动“魔导”。如神官能够以结构复杂的“教典”作为媒介来使用魔导，也能将纹章刻在武器上来发动简单魔导。魔导除了可以攻击（如教典·第三章第一节：“来袭的敌人听见了，响彻四方的钟声”）和防御（如教典·第二章第五节：“是的，你们应当知道保护虔诚羊群的墙壁不会崩塌”）之外，也能作通讯（如教典·第一章第四节：“主的意志通达天地，直到千里的彼方”）、记录（如教典·第一章第一节：“应将映照在这双眼中的奇迹留存下来，誊写于书中”）等战斗以外的用途。

剧情

玛瑙是隶属于教会的神官“处刑人”，有着消除禁忌的职责，其中就包括杀死迷途人。教会得知位属第二身份的王国召唤了异世界人，为此派遣玛瑙解决事件。玛瑙虽然找到了来自日本的灯里，却发现自己无法杀死她。为了寻找杀死灯里的方法，二人踏上旅途。