堇川奈奈子（雪野五月 配音）是一名十三岁的天才作家，某日，她来到中国香港参加签售会，却意外遇到了恐怖袭击活动，在导游米歇尔（菊地祥子 配音）和玛姬（平田宏美 配音）的保护下，奈奈子幸运的捡回了一条命。

然而，事件并没有就此结束，奈奈子一行人发现，这场看似偶然的恐怖袭击活动，竟然是针对奈奈子而来。与此同时，奈奈子亦收到了恐吓信，信中人预言将攻击奈奈子的签售会现场，誓要让奈奈子魂断中国香港。米歇尔、玛姬和她们的妹妹阿尼（斋藤千和 配音）成为了奈奈子的保护者，在保护奈奈子的同时，三人亦要查出谁才是幕后真凶，以及他们的真实目的究竟为何。

比现代稍微未来一些。伟人军团“人类淘汰作战”事件发生数年后。中国香港某条街上有一家侦探事务所。其名为“三姐妹侦探社”。在那里的三个姐妹为了解决与书有关的事件而日夜活动着。她们的名字是阿妮达、玛姬和米雪儿。除了无比喜欢书的长女米雪儿、次女玛姬之外，连最讨厌书的末妹阿妮达，实际上都拥有“纸使”的特殊能力。降临到她们身上的事件是……？
每集列表

故事的主角是萊因布安王国被遗弃的公主帕希菲卡。第5111个圣格林德预言说她是“毁灭世界的猛毒”，时间是当她满16周岁时。因为这样，当帕希菲卡还是婴儿时就被人从山崖上丢弃。直到她15岁时，无人知道她依然还活着。帕希菲卡被一位巫师所救并且被卡斯爾家族收养。卡斯爾家族的长男夏農和长女拉克維爾更成为了她的保护者。夏農是一位剑客，拉克維爾是位魔法师。他们的能力都很强。

在整个故事中，他们一直跟着帕希菲卡，保护她免于遭到那些害怕预言结果的人杀害。另一方面，帕希菲卡却没有什么能力可以保护自己。随着故事的发展，预言的真相渐渐地浮上了水面。帕希菲卡将要毁灭世界的说法好像是谎言，而帕希菲卡则必须意识到她潜在的命运。原来自从5000年前以来，人类世界就一直受秩序守护者所控制。人类文明也被局限在中世纪的发展阶段。而帕希菲卡是唯一一个可以改变这个局面的人。因此帕希菲卡被称为律法破坏者，这才是她被追杀的根本原因。

时间线

这个故事发生在公元7000年至7500年之间。故事中说中世纪发生在6000年前。如果我们认为中世纪大约为公元500年到1500年，我们可以加上6000年得出故事发生的时间。

2040年代的虚构日本城市新滨市，经过第三次和第四次世界大战洗礼的近未来科技已可将人类除大脑外的所有身体器官用生化电子的义体代替，并将人类大脑改装成与具有互联网功能的电子脑。上层社会和有经济条件的中产阶级人类纷纷进行义体手术，加装先进的电子脑，并用性能更高的人造义肢替换原有的身体器官——赛博格（生化人）已然渐渐成为社会常态。

人类社会的全面义体化（电子化）虽然带来了巨大的便利，却也不可避免地催生出了一种新的犯罪方式——电子犯罪。电子化并互联网化的人类开始受到黑客攻击，暴露在大脑被入侵、记忆被篡改等危险之中。日本政府因此专门成立了首相直属的特别情报机构“公安九课”（也就是所谓的“攻壳机动队”），来应对这种新兴的犯罪。故事中女主角草薙素子自幼便全身义体化，装备有最先进的军用义体，并在电子设备中如鱼得水，是出色的黑客。2029年正式加入公安九课，并以她卓越的指挥能力获得了队员们的信赖，被亲切地称为“少佐”。

《攻壳机动队》系列因其赛博朋克并带有反乌托邦性质的世界观著名。作品中对于未来科技有着精密的设想、考据和描绘，很多出现在其中的概念如今已然成为了现实，《攻壳机动队》也因此获得了众多硬科幻爱好者们的赞赏，并对后世的许多科幻作品有着显著的影响。（具体细节请参考#总体评价）

就《攻壳机动队》的不同版本比较来说，士郎正宗原著的漫画以短篇单元剧为主，人物通常比较轻松幽默，剧情也并非异常复杂，但往往有探讨研究各种科技或社会问题的大段对白文字，因此在分类时属于青年漫画。押井守导演的著名动画电影则十分严肃，人物角色完全没有漫画中轻松的儿童个性，以探讨深刻的哲学话题为主，电影整体也营造出一种沉闷、昏暗并略悲观的氛围。神山健治导演的电视动画则大概介于两者之间，如要分类的话应该是含有大量政治剧情的科幻警察刑侦电视剧。