故事背景为一场史无前例的大灾害彻底摧毁了现代文明并且已经过去了十五年。故事使用双线描述，其中一支为一群孩子被圈养在某个封闭设施中，他们被告知外面世界充满各种怪物，一天时男收到一条消息询问他是否想到设施外面，而和他亲密的弥美姬则预言到外面会有两个人到来救她出去，而且其中一个人和时男样貌相同;另一支则是在外面荒废的世界，贵留子受委托作为保镖，带着小丸前去一个名为“天国”的地方。

每集列表

帝光中学篮球队，其辉煌的历史中，同时拥有五位被说十年才出现一位天才的“奇迹世代”。即使是升上高中的现在，对他们的称赞依旧不变持续被叫着。逼近他们实力并发挥力量的正是诚凛高中的王牌，火神大我。那个天赋的才能因比赛不断增加光辉更加热情，正是诚凛的“光”，然而火神是“光”的话，“影”就是支持团队跃进不会动摇的意志。诚凛高中，黑子哲也。实现了冬季选拔赛出赛的诚凛乘着气势，击败拥有青峰的桐皇学园，和拥有紫原的阳泉。终于进行到准决赛……!

正篇

中学联赛三连霸的篮球名校“帝光中学”的篮球社，社员数超过百人，其中更有着被誉为“奇迹的世代”的五位天才篮球员，和一个既没有出场纪录，也无人记得的“梦幻的第六人”黑子哲也。这些人在升上高中后各自就读不同的学校，而黑子遇上了火神大我，自美国归来的篮球好手，火神立志打败“奇迹的世代”并成为日本第一的篮球员，而黑子也决定成为他的“影子”帮助他。他们在日本全国高校综合体育大会(简称 I?H)和冬季杯(简称 W.C.)中与“奇迹的世代”里的五位篮球好手陆续对决。

续篇

在番外篇《Extra Game》中，从美国来的街球队“JABBERWOCK”被邀请至日本，与日本代表队“Strky”进行比赛并大败对方，留下一句“猴子没资格打篮球”，此话惹怒了二年级的奇迹的世代们与火神和黑子，相田景虎对“JABBERWOCK”的态度十分不满，决定以“奇迹的世代”共同组出梦幻队“VORPAL SWORDS(简称V.S.)”来对抗。

【终极间谍的天才斗智之战】：在结城中校的力排众议下，日本陆军成立了间谍培训学校“D机关”。在这里，所有成员都被灌输了彻底否定军人信条的三大戒律：“不准死”、“不准杀人”、“不准被抓”。这样的组织自然成为他人的眼中钉，时时腹背受敌；然而“魔王”－结城中校以他犹如魔术师般的高超手腕交出间谍大战的丰厚战果，就连隐身在陆军内部的敌人也被他逐一消灭……从东京、横滨到伦敦、上海，紧张刺激的间谍殊死战，就此展开！

D机关（D機関）

传说中的间谍──“魔王”结城中校在日本陆军设立间谍养成学校兼谍报机关。“D机关”的存在只有极少数陆军高层才知道他们。于昭和12年（1937年）设立。

除结城中校外，无人知道D机关成员的真实身份，连成员自己也都以假名和假经历彼此往来，可说是一群带着假面具过日子的人。成员来自各方，学习各国语言，接受炸药、无线电、开锁、台球、变装等技术训练，甚至包括追求女性的方法，是一群为了国家，带着假面具过日子的人。

陆军内部似乎依旧对设立谍报员培训所一事极为反弹，因而删减原本的预算。这栋建筑是接收昔日陆军使用的老旧鸽舍，加以临时改建而成。后来陆续有人加入或退出，最后留下十二名学生（动画版为八名）。