上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

拥有大量资产的神户家少爷大助前往赴任之处，

是仅会接收在警视厅引发问题之人的

「现代犯罪对策本部准备室」，通称「现对本部」。

大助在那里与重视人情的男人·加藤春组成了搭档。

面对连人命都以价钱衡量的大助，加藤以「世上并非只有金钱」加以反驳。

而各种各样的事件和谜团，阻挡在这对立的2人面前。

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于1964年开始执笔、历时9年完成。起初预定以有数本书的长篇小说形式出版，但后来出版社希望把故事缩短，因此最后变成以上下卷的形式出版，也因而受到文摘的批评。

小说的上下两卷于1973年由光文社カッパノベルス（光文社属下专门推出新小说的品牌）同时出版。起初每卷发行3万本，但后来随着版数的增加，发行量也随之而增加。发行的数量增加至上卷的204万本及下卷的181万本、合计385万本，因而获得了“空前的大畅销书”的评价。小松也因此获得了1亿2千万日圆的收入，亦跻身世界文坛百万富翁排名的头5位。

在小说成为最畅销书籍后，小松的知名度提升了，也直接地提高了科幻小说在日本的渗透程度。本作成为畅销书的背景，是在日本战后经济奇迹的经济高速增长告一段落、被称为“1973年的狂乱物价”的通货膨胀，以及石油危机等导致社会不安的环境。科幻小说的热潮也因此跻身于诺查丹玛斯热潮、末日论热潮、超能力热潮等众多热潮中的其中一环。

在1976年，尽管小说只被Michael Gallagher摘译了大概三分之一，在美国仍以‘JAPAN SINKS’为书名被出版了。

从前日本人还是一支游牧民族时，已经把主题布局好，而日本沉没：希望之人的舞台设定，有说是因为日本人对地球物理学的关心而暗地里涌出来的。另外，本来第2部的构思（暂名为‘日本漂流’），讲述日本人成为难民并分散到世界各地。但在下卷最后之处标写着“第1部?完”出版后，作者已经长时间没有再执笔了。

第二部

‘日本沉没：希望之人 第二部’，配合作品在2006年的再电影化，以与谷甲州共同著作的形式于2006年7月出版。

在一个电视节目的对谈中，当被问及关于续集的构思时，小松左京回答时，说“曾考虑过‘日本沉没：希望之人时，被大量喷发出来的火山灰使整个地球变得寒冷，世界每个角落的粮食都不够。在如此情况下，目前分散在世界各地的日本民族会变得怎么样呢？’这样的构思，但从近期类似情况的火山爆发的现象来看，这样的主题太过现实了，导致写作之笔无法推展”。而在第2部中，“地球寒冷化”与“日本人的未来”这两个主题同样重要。

‘日本沉没：希望之人’自执笔开始后，于‘SF杂志’中连载。而比‘日本沉没：希望之人’更早出版（1966年）、小松左京的另一个长篇小说作品‘果しなき流れの果に’（有一译名‘无尽长河的尽头’），触及了当未来的日本人在未来失去自己的国土时的情况。

后来，以小松及仰慕他的年轻科幻小说作家（谷甲州及森下一仁等人）为首的作家展开了著作续集的计划。参与有关计划的人就“沉没后残存的日本人与地球，接下来的命运将会怎么样”这议题交换意见，由小松整理好后成为小说的基础情节。然而身为本作作家的小松已届高龄，实际上描述“在日本沉没：希望之人后，日本人视亚洲地区为自己活跃的舞台、长久生活下去的地方”的写作工作由谷甲州负责。

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