因涉嫌杀害物理学者海因兹·施奈德而遭到通缉的少女艾莉斯，不知何故被黑社会高价悬赏。 赏金猎人娜蒂在墨西哥的乡间发现了艾莉斯，却因偶然的原委将她由其他猎人手中救下。 艾莉斯为了查明真相，千方百计甩开追兵去南方前进，据说她的故乡就在那里，她相信去了那里就能知道连自己都不了解的过去。 可线索只有引导命运的印加玫瑰原石以及"uniyaimaruka"这段神秘的语句。 主动担当走投无路的艾莉斯的向导的，却是应该追杀她的娜蒂。因此，赏金猎人与嫌疑犯的奇妙逃亡旅程开始了......

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1998年，本应在90年代初结束的冷战因为种种原因而没有结束，这是一个铁幕依然存在的时代，美苏两个超级大国仍然在明争暗斗，世界依然被铁幕分成东西两大阵营，大国间虽然没有进行大规模的军事行动，但是各个小国间的战争和冲突依然不断发生，而各国的情报人员也进行着残酷的间谍战，而原本应被装甲车和战斗直升机支配的战场因强袭机兵“Arm Slave”的出现而发生很大的变化。

幼年遭遇飞机事故，因而在阿富汗长大的男主角相良宗介中士是神秘的国际组织秘银特殊部队成员，专门在世界各地即将发生战争或武装冲突的地区执行组织下达的秘密任务，对抗恐怖份子，缓救人质，化解各式各样危机。

而宗介最新的任务要尽快前往日本，任务内容为伪装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟要。这位少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但不知什么原因却成为各国间谍秘密争夺的目标。为了保护千鸟，宗介驾驶着80年代末才在战场中出现的新式兵器--强袭机兵“Arm Slave”与其他神秘组织对峙。