故事的主角是萊因布安王国被遗弃的公主帕希菲卡。第5111个圣格林德预言说她是“毁灭世界的猛毒”，时间是当她满16周岁时。因为这样，当帕希菲卡还是婴儿时就被人从山崖上丢弃。直到她15岁时，无人知道她依然还活着。帕希菲卡被一位巫师所救并且被卡斯爾家族收养。卡斯爾家族的长男夏農和长女拉克維爾更成为了她的保护者。夏農是一位剑客，拉克維爾是位魔法师。他们的能力都很强。

在整个故事中，他们一直跟着帕希菲卡，保护她免于遭到那些害怕预言结果的人杀害。另一方面，帕希菲卡却没有什么能力可以保护自己。随着故事的发展，预言的真相渐渐地浮上了水面。帕希菲卡将要毁灭世界的说法好像是谎言，而帕希菲卡则必须意识到她潜在的命运。原来自从5000年前以来，人类世界就一直受秩序守护者所控制。人类文明也被局限在中世纪的发展阶段。而帕希菲卡是唯一一个可以改变这个局面的人。因此帕希菲卡被称为律法破坏者，这才是她被追杀的根本原因。

时间线

这个故事发生在公元7000年至7500年之间。故事中说中世纪发生在6000年前。如果我们认为中世纪大约为公元500年到1500年，我们可以加上6000年得出故事发生的时间。

21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……