上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。

那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具有王气的人，然后以台辅的身份辅佐国王治理国家。当国王失道的时候，麒麟就会得失道之病最终死去。带走阳子的金发男子即是庆国的麒麟，他认定阳子是王，并誓死效忠。阳子的世界发生翻天覆地的变化，历经磨难和内心的挣扎，她最终站在登基塔上接受了天赦，成为景王！

世界观

十二国记中的神仙和妖魔其原型是出自山海经，其世界观下的文化与政治制度取材自古代中国，特别是周朝十分类似，以专制王朝为基础，但王位不采世袭。

传说原本的世界由九州四夷合称十三州所构成，那时的世界没有条理、战乱不断，天帝一再训诫仍无法感化人民。因此天帝一度毁灭世界，其后以秩序与法度为基础重新创造十三国(地处中心的黄海与蓬山没有专属的王与麒麟，并非实质意义的一国，因此大多时候以十二国表示)，只留下五个神及十二个人，五名神祉成为龙神各自守护世界中心“黄海”的五山，此处也是西王母主宰的领域。十二个人各自获得长著三颗果实(民间说法是桃子)、有蛇缠绕其上的树枝。蛇离开了树枝便撑开了天地，三颗果实落下代表土地、国、玉座，剩下的树枝则成为了笔。蛇是太纲(天纲)、土地乃户籍、国是律令、玉座即为仁道(麒麟)、笔则是从今往后的历史。此十二国分配给十二个王统治，每国各有一只神兽麒麟依从天意选择王。每个国家均有九州，各州侯由王分封。

王、麒麟拥有神籍，与其他称为仙籍的系统做区隔，但统称为神仙。基本官吏包含国官州官不分文武均登入仙籍，即为数量最多的地仙，此外还有自我修练成的飞仙、隶属天界的天仙等，身体能力虽随仙的等级略有差异(伯位以上有严谨的资格与数量限制)，例如非胎果前往蓬莱要降低自身扭曲必须是伯位以上的仙人(非胎果的麒麟也要在王身边才能维持型体、发出声音)，但至少都能不老、不生病、饿不死、听懂山客海客语言。除非被冬器斩首或身体被截成两段外，基本上是长生不老的。一国的王有权赋予或剥夺源自该国的仙籍，例如现任采王黄姑在与翠微君交涉时便曾提到此事。若王不依从天意治国，悖离仁道，麒麟就会染上失道之症，衰弱直至死亡，解方只有王改过自身或向天帝请求退位（至蓬山请求退位后会立即身亡）。而麒麟死后，王也会随之在一年之内死亡。

与其他奇幻小说的世界设定不同，十二国的世界中除非得到他国王或朝廷（若王不在位时）的同意，不得干涉他国内政或向他国出兵，否则该国的王和麒麟均会暴毙死亡，而且御壐上的国氏亦会改变，为觌面之罪，是一种非常重大的罪行。而这并不在成为王时被告知的规范之内，是由于前人触犯才为后人所知，因此后世的王为避免触犯未明说的天帝规范，而有了前往蓬山寻求碧霞玄君协助的作法。西王母是神，对黄海以外的凡人事物基本保持不接触、不干涉的立场，仅能借助碧霞玄君的中介才可能获得祂的解答或帮助。例如请示多国合作将失去角的泰麒穿过蚀接回来的方案是否违规，协助净化泰麒、分离污秽的使令与女怪并另行净化。

居住在魔界的两个少女—巧克莉及香草，不仅是好朋友，同时也是下一任魔界女王的候选人。她们以竞争对手的身份到了人间，比赛谁能够收集最多人类的爱心，也就是将人们对她们的各种心情，化为心的结晶。搜集最高价值结晶的人，将成为下一任魔界女王。

原本在魔界大受欢迎的巧克莉，以及在魔界毫不起眼的香草，到了人类世界之后，受欢迎程度却完全逆转，使巧克莉陷入了困境。同时巧克莉对来历不明的少年皮耶尔一见钟情，而她魔女的心被他吸引。据说魔女的心，每个魔女都只拥有一颗。一旦被夺走，就会永远失去灵魂，陷入无止尽的黑暗。巧克莉是否能够守护她的心？也是否能通过艰巨的女王测验，完成自己从小的梦想？同时，魔界反派种族—欧葛尔打算占领整个魔界，并向两位女王候选人下手，巧克莉及香草能否对抗欧葛尔？巧克莉能否和皮耶尔在一起？魔界女王将由谁来担任呢？

用语

心

基于特定感情产生对应颜色的“心”。魔界的魔法师只有一颗“心”，其抵抗力比人类强几千倍且蕴藏强大力量，若是失去“心”时就会死去，一旦“心”变成红色就一定得交给所爱的人，只能和同为魔法师的爱人将彼此的“心”交换。而人类的“心”则会不断再生，魔法师会将人类对自己产生感情的“心”收集起来，而女王考试便以获得“心”的累积点数多寡决定女王继承权。“心”的颜色不同，点数也不同，而“心”的点数可以用来在魔界购物，就像人类世界的货币一样功能，而“心”的结晶会被送到“心工场”转化为魔界的能量。

下面介绍每一种“心”的定义与其价值。

水晶的心

在动画中最后一集，巧克莉通过了独角兽考验而获得的水晶心，并用于净化格拉斯。（动画才有的心）

独角兽只会出现在拥有纯洁心灵的人面前，他的考验包括“看清真相的眼”、“面对困难仍然勇敢向前的翼”、“真心全意去爱的心”，如果具备3个条件就会触动独角兽而得到他的角（即它的心）。

白色的心

代表“纯真”，是黑色的心被净化后转变而成，可给予曾是人类的魔仆恢复原形（此前若是魔仆主动要求就会失效）。

黑色的心

代表“绝望、嫉妒、憎恨、贪婪”，除了法力高强的净化者“菲尔特雷”，其余魔法师不能收集这种心，不然此人会逐渐失去法力而慢慢死亡，在动画中又称为“诺雅尔”。

欧葛尔尔一族受诅咒的影响下不能拿一般的心，因此只好去拿此禁物作为粮食，萌黄学园中学部的百合香等人经常出现这种心。

红色的心

代表“热情的爱”，价值5,000点。是最珍贵的心，通常是魔界的人结婚时相互交换的心，代表将自己托付给唯一心爱的人，并付起保护对方生命的责任，若是背叛就会死亡并永远徘徊于黑暗中。

蓝色的心

代表“尊敬”，价值3,000点。巧克莉和香草都没有拿过，在瓦芙尔使用女王王冠时曾出现过。（动画才有的心）

紫色的心

代表“欲望与情欲”，价值2,500点。仅次于红色的心，不容易见到。

粉红色的心

代表“甜蜜的爱”，价值1,000点。拥有相当程度的好感而会出现。

彩虹之心

代表“尊敬、信赖、友情”，价值500点。是同性之间感到开心时才有的心，不能收集。（动画才有的心）

绿色的心

代表“友情”，价值350点。比橙色的心还有价值。

橙色的心

代表“有些好感”，价值300点。在剧情中香草时常拿到这种心，也是较常见的一种心。

黄色的心

代表“惊吓”，价值5点。在剧情中巧克莉第一次拿到的心，被罗宾戏称为“尿素色”（Piss），在漫画中被安布尔称为“PiPi”。

咒语

收集心的咒语

巧克莉：

台：Sugar Sugar Rune Chocola Rune把你的心收藏起来 / Sugar Sugar Rune Chocola Rune诺雅尔收集起来（只在第40集出现）

港：亚古兰的纹，雪沙雪沙旋，朱古力旋，我要将你个心攞到手 / 雪沙雪沙旋，朱古力旋，恼恨之心交比我（只在第48集出现）

: 香蕉香蕉旋 朱古力旋! (沒有在集數中出現)

aguraresment! sugar sugar rune! choco rune! anata no heart wo pickup!

香草：

台：Sugar Sugar Rune Vanilla Rune爱心爱心全都给我吧 / Sugar Sugar Rune Vanilla Rune诺雅尔集合吧

港：雪沙雪沙旋，云呢拿旋，心呀，心呀，请将你个心交比我啦 / 雪沙雪沙旋，云呢拿旋，恼恨之心俾我呀

sugar sugar rune! vani rune! heart wo heart wo kudasai na! / sugar sugar rune! vani rune! noaru, tsudoru!

皮耶尔：山库席恩

库尔努·媚尔：亚古兰的纹，莞尔沙丝。

劳金罗宾：心醉神迷，为我情迷，把你们的心全部都给我。

专属咒语

巧克莉：

台：Sugar Sugar Rune Chocola Rune花噜噜 百花盛开、布丽耶爱德华、巧克力聚会（变出巧克力）

港：飞花旋风卷（辅助魔法，香气扑鼻的花瓣不断以螺旋形绽放，溢出缓解四周氛围的花气，具有中和黑暗力量的功效，也能作为装饰之用）、裴利雅星（特殊魔法，释放耀眼夺目的光芒驱散黑暗，具有不同的用法及功效）、朱古力聚会

sugar sugar rune! choco rune! fururu spiaru! / sugar sugar rune! choco rune! buriedo aru! / sugar sugar rune! choco rune! shogola fedo!

香草：

台：Sugar Sugar Rune Vanilla Rune艾奇鲁泡沫子弹、梦幻气氛 泡泡浴、悲伤的泪水冰雹

港：飞雪柔丝 泡泡大炮（攻击魔法，数之不尽的泡泡撞开敌人，让敌人难以呼吸及靠近）、细如柔丝 泡泡之浴（防御魔法，射出透白珍珠般的泡沫将敌人攻击淡化为泡影或是减弱攻击威力）、雅罗玛迪光（能散发出醉人香气，也能制成香水供他人使用）、冰蓝水晶光煞、锥心黑刺针、自暴自弃泪水冰雹

皮耶尔：山库流米尔、卡斯伯亚、贾鲁吉 艾吉由（嫉妒的针）、布鲁奇、欧普斯其力特 克里斯塔札席恩

葛拉歇少尉：纹理炎火

罗宾：冼练光波

悟、索尔：菲尔艾佩、东山茑萝、西山茑萝、鸟萝飞索、米尔德里耶尔

罗宾&葛拉歇少尉：爱德华 耶库雷尔/裴利雅星光华（力量强大到把皮耶尔打伤）

格拉斯：超强水晶放射能、黑灵音波、锥心黑刺针、浮幻幽幽、结晶能量、黑布罗界、黑暗裴利雅星、黑暗裴利雅星光华