故事设定在第二次世界大战后，日本的国家主权受制于美国。90年代中期。日本首都制药公司在大脑机能领域开发出了新药。新进和平塾得知后开始推行雅典娜计划。共聚集了26个小于5岁的孩子，人工培养出类学者症候群。但药物严重的副作用导致孩子相继死亡，最终计划以失败告终。在这些孩子中NINE和TWELVE一起逃出了试验基地，而未曾逃走但幸存下来的FIVE则秘密被美国政府收留。

长大后NINE和TWELVE于某日在青森县的核废料处理设施中合同抢走了秘密开发的雏形原子弹，之后他们二人以斯芬克斯的代号针对参与了雅典娜计划的政府官员进行复仇。于是他们成功地炸毁了东京都厅的部分建筑，以此向社会引起警示。

半年后，暑假即将开始前的夏日里，先前不明身份的两人化名为九重新(其中九代表9)的9与久见冬二(日语中“冬”与10读音相同，二则指2)的12以转校生的名义来到一所高中，但不久又离开，期间他们在一栋大楼制造了恐怖袭击事件，并以此为某一计划的开始。之后两人开始以斯宾克斯(スピンクス)为名，在城市制造炸弹袭击事件(并未伤及人员)向他们所憎恨的已终止进行的“雅典娜计划”的策划者及执行者复仇，为此展开了与日本警视厅(特别是柴崎健次郎)的对战。

雅典娜计划(アテネ计画)

在90年代中期，专门从事脑机能研究的日本首都制药公司偶然开发出一种新药，成为一切的开端。新进平和塾看中他们的研究成果，于是就策划出“雅典娜计划”，毫无保留地投放大量研究费用和最优秀的人才。该计划成立的最终目标就是要用人工的方法，培育出一群有近似学者症候群的小朋友，换句话说就是他们想制造出一群人工天才。

不过那种新药不是对所有人都有效，只是对在成长期，即是五岁以下的小朋友才有效。因此主导这个计划的团体-新进平和塾，便为全国五岁以下的孤儿进行智能测试，将通过测试的小朋友召集回来。最后一共集合了26个小孩进行计划，他们全都是白老鼠。他们把那个地方称为“租界”，在那里进行实验。那里的小孩全都没有名字，因为是用实验号码来称呼他们。

不仅如此，新药的药效不是普通人的肉体和精神能够轻易承受。很多实验体的身体支持不了，又或是精神上出现严重问题，结果大部分都受不住而死掉。到最后，雅典娜计划以失败告终。

美国政府发现了这计划后随之介入，于是计划被迫于7年前被迫终止。实验结束之后，只Five存活下来，被美国机构接收，NINE和TWELVE则8年前(计划终止前一年)于“租界”放火，破坏保安系统，并且翻墙逃出。

每集列表

剧情大纲

第一部 江户篇（1～6）

女主角风在某次偶遇之下遇到了两位正在流浪的武士，无幻与仁。结下梁子的两人打算分出高下，而风斥喝两人停战，并委托两人一起寻找有向日葵气味的武士，三人就此踏上旅程。仁是无住心剑道场的弟子，因为杀死师父而屡遭其他弟子追杀，除此之外，他们的旅途也总是充斥刀光剑影。他们解决了两个帮派之间的斗争，按照荷兰东印度公司使节提供的线索前往长崎。

第二部 长崎篇（7～14）

三人出了箱根关所，沿途打工筹措旅费，经过滨松后，三人在海边遇到无幻的旧识骸，他们同样被流放的罪犯，曾结伙当过海盗。无幻再次接受骸的邀请参与抢劫，不料遭他陷害，死里逃生之后，才知道仁、骸和自己同样遭到骸的妹妹小坐设计，但他饶了小坐一命。

第三部 关西篇（15～26）

抵达大阪之后，三人因为迟迟找不到“有向日葵气味的武士”而争执，一度分道扬镳，在两人问清楚风的理由后，三人重修旧好。风得到了那位武士名为霞清藏的线索，她向两人坦白该人就是抛弃自己的父亲，且要在找到父亲后打他一顿。三人在旅途中结识了瞽女沙罗，她因为孩子被人要胁而奉老中之命无幻和仁拔刀相向，尽管她的武艺远超过两人，但在知道自己只是遭到利用后，沙罗自愿败给了无幻。其后，官府再派出过去被称为剑神的刈屋景时追杀仁，同时杀死参与岛原之乱的霞清藏及其亲族。

风抵达霞清藏所在的生月岛。她被与无幻有仇的三兄弟掳为人质，负伤的无幻为了让风脱困而弃械，之后险胜三兄弟。风终于找到了卧病在榻的霞清藏，他虚弱得令风无法下手，在风简短交待自己和母亲的消息后，霞清藏向女儿道歉，之后他被刈屋杀死。仁在与刈屋对决时，得知他便是使自己和师父反目的原因，运用了师父传授的最终招式将其击败。

旅程告终的无幻与仁终于得以再战，他们的刀在交锋时双双断裂，而两人也放下了决斗的念头，成为了彼此的伙伴，随后，三人分道扬镳。

在一个夏天——

突然、袭击了东京的大规模的恐怖爆炸。

使这个平稳的国家从睡眠中醒来的事件的犯人、

仅为两个男孩——

自称“Sphinx”（斯宾克斯）的犯人

现在被卷入的一场日本的庞大的“游戏”，开始了。