上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

在遥远的星球上、充满欢笑的王国中，12岁的公主“优姬”，被忠心的家臣们、还有导师蕾拉、政治辅佐官伊萨那、骑士团长哈路德、自幼相处的亲信约书亚等人环绕着，在王宫中过着开心的生活。而另一方面，17岁的少女史黛拉则是具有才能的军人。如此拥有不同立场的两人，彼此的笑容究竟会在何时才能同时出现呢？

每集列表

话数	日文标题	中文标题	编剧	分镜	演出	作画监督	机械监督	总作画监督
第1话	ソレイユの少女	索莱伊的少女	猪爪慎一	铃木利正		丸山修二、加野晃、小美野雅彦 泷吾郎、服部宪知、下川寿士	川原智弘	中村直人
第2话	戦乱の真実	战乱的真相		铃木利正	粟井重纪	松本朋之、近藤优次 青木真理子、服部宪知		下川寿士 中村直人
第3话	微笑みの戦士	微笑的战士	村越繁	ヤマトナオミチ	山田卓	代见裕美、佐藤义久 藤田まり子、北源章雄 岛袋智和、兼高里圭	村松尚雄 川原智弘	泷吾郎
第4话	希望の選択	希望的选择		吉川博明	小野田雄介	平良哲朗、德仓荣一 高桥恒星、小野寺博文 下川寿士	不适用
第5话	分隊の一夜	分队的一夜	大西信介	中山岳洋	宫泽良太	坂本千代子、大竹晃裕 齐藤亮、市桥雄一 三岛千枝	村松尚雄、川原智弘 下川寿士	泷吾郎
第6话	运命の岐路	命运的歧路	猪爪慎一	稲垣隆行	格子缟佐世郎	青木真理子、丸山修二 大野勉、服部宪之	川原智弘 村松尚雄	下川寿士
第7话	王宮のひまわり	王宫的向日葵	大西信介	吉川博明	饭村正之	小美野雅彦、小田裕康 寺尾宪治、片冈惠美子 下川寿士、大野勉	村松尚雄	不适用
第8话	最後の伝言	最后的留言	村越繁	加濑充子	粟井重纪	德田梦之介、服部宪知 大野勉、河原久美子	村松尚雄 川原智弘	泷吾郎
第9话	暁の挽歌	晓之挽歌	猪爪慎一	吉川博明	辻桥绫佳 西野武志	丸山修二、服部益实 富吉幸希、青木真理子 寿惠理子、齐藤温子 吉田巧介		下川寿士
第10话	魂の発火	燃起的魂魄	大西信介	小寺胜之	小野田雄介	德仓荣一、石堂伸晴 谷翔太郎、小野寺博文 平良哲朗	村松尚雄	不适用
第11话	二人の决意	两人的决心	村越繁	渡边纯央 铃木利正	佐佐木纯人	青木真理子、服部宪之 下川寿士、小美野雅彦	村松尚雄 川原智弘
第12话	笑顔の代価	笑容的代价	猪爪慎一	道垣隆行 武内宣之	田中洋聪	德田梦之介、大野勉 丸山修二、下川寿士		泷吾郎 中村直人

故事主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱浬受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春，却又遇上了自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，作品就以这些人为中心展开。

用语解说

黑科学

以下是关于本篇科学部部长代理?黑崎朱浬归纳关于黑科学的说法与主要部分(参照第一卷)。

自古以来，魔术和科学是相同一起的，炼金术遗留下来的东西对今日的化学贡献做了很大有名地的事，不过，但不仅只有那个。 现在的科学是将过去在于多样的领域还原到极限继续追究只为当作一个准则，现在为了试图也日夜尝试找寻着。 所谓“黑科学”是指在那个提出想法上对主张不同的事物。

炼金术成为转换化学并且代表一种手段，数学与卡巴拉密术(塔罗牌)是最先进的秘诀，天文学与占星术也因诞生。 在重新考虑此处的话，截至上述“只有一个准则”以实际来说是很奇怪的事。在魔术打破一切相关规则。 占卜?卡巴拉与炼金，不过，黑魔术和善意(白)法术存在于魔术里。 有时，如果像黑科学也像必然对立的两个不相容不必然性地存在可笑。 换句话说，现在以广泛而闻名的现代在科学上做对立的还有一个理论体系，那个就是“黑科学”。

机巧魔神（アスラ?マキーナ）

总数二十一部，为了对抗恶魔而仿造的机械恶魔仿造品，称为“魔神(机神)”，高约四米。

从演操者的影子中出现，消耗副葬处女的灵魂，根据演操者的命令而活动。 各个机体都有自己各自的特性, 因此拥有的特殊能力也因机而异. 召唤及使用特殊能力时会念出各机独有的咒文。机巧魔神只会在装载着副葬处女的容器被破坏，演操者死亡或副葬处女的灵魂消耗之情况之下才会机能停止。

存在着机能扩张用的增设物品。

小说原本设定中，是说其中十部有金属名字的机巧魔神更为强力。

以下为已登场的机巧魔神（如无特别注明的话是第二巡世界之人）:

黑铁（クロガネ）

演操者:橘高冬琉（前任）→夏目智春、副葬处女:橘高秋希（前任）→水无神操绪、能力:重力制御

漆黒的魔神，在机巧魔神中以高性能为自豪。

其能力“黒之拳撃”，可以产生出高重力能源球用作攻击，及歪曲空间构成防御壁来防御。正体为黑洞的生成及操作，拥有凌驾光速，核心为无限重力之状态，改变时间流动的能力(根据与蔷薇辉一战中在时间停止状态中仍能活动来推断)。

召唤语为“来吧，黑铁！”（来い、黑鐡!）

咒文为““出自比黑暗更为黯淡的深渊－其为、科学之光所投下之影！”（闇より暗き深淵より出でし―其（そ）は、科学の光が落とす影!）

黑铁·改（クロガネ?かい）

演操者:夏目智春、副葬处女:水无神操绪、能力:重力制御·空间切断

恶魔相关

恶魔（悪魔）

表面上与普通人类并无区别，根据种族的不同所能使用的能力也有所区别。

尤其是女性恶魔通过与人类进行“契约”，可以获得召唤使魔的能力，而男性恶魔则在基础战斗能力上有较大优势。

使魔（使い魔）

女性恶魔给与契约者的力量的具现化的象征，从属于契约者。

由恶魔属性的不同具有诸多特殊能力，有着与机巧魔神匹敌的战斗能力。

分为幼体与成年体两种形态，虽然具体的成长条件不明，不过若父母双方（即恶魔与契约者）之前的关系不好则使魔也会难以得到成长。

魔神相克者（アスラ?クライン）

参见“机巧魔神相关-魔神相克者”

学生会（生徒會）

第一学生会（第一生徒會）

洛芦和高中公认的学生会之一。隶属于被称为神圣防卫队的国际治安维持组织，负责保证校内的安全，以及管理运动系社团。

他们主张恶魔的存在是世界灭亡的原因，所以要清除校内危险的恶魔。

第二学生会（第二生徒會）

洛芦和高中公认的学生会之一。又被称为巡礼者商联盟，负责校内委员会的活动的管理。

他们主张为了防止世界灭亡需要大量的资金，为了赚钱，他们接受了许多非法的工作依赖。

第三学生会（第三生徒會）

洛芦和高中公认的学生会之一。是被称为王立科学狂会的国际学术机构的支部组织，他们研究的是被称为黑科学的技术。负责管理文理系社团。

他们主张恶魔的能力是拯救世界灭亡的关键，与第一学生会相对立。