桨帆船上的船员们目睹了两头龙在云上相斗，白龙被黑龙杀死，这被认为是凶兆。

英拉德各地一直传来坏消息，让英拉德的国王十分繁忙，无暇顾及王子亚刃失踪的事。国王身旁的巫师鲁特表示，龙与人类曾为一体，人类凭借著欲望选择地与海，而渴望自由的龙选择火与风，然而此种平衡正在逐渐减弱。在黑暗的王宫走廊上，国王遭亚刃刺死，亚刃偷走父王的剑后逃离王宫。

在沙漠里，大法师雀鹰从一群狼的爪牙下救了亚刃，两人前往霍特镇。亚刃从人口贩子狡兔手中解救少女瑟鲁，但亚刃后来被狡兔挟持带走，剑则被扔到海滩。雀鹰施法将他救出，并带他到自己的老友恬娜(和瑟鲁一起生活)经营的农场。在听了狡兔的报告后，雀鹰解放奴隶的行为惹怒了法师蜘蛛。雀鹰告诉亚刃，自己正在寻找恢复平衡的解方，之后他继续在霍特镇调查，期间向摊商买回亚刃的剑，并找到了蜘蛛的城堡。

亚刃向瑟鲁坦言自己杀死了父王，并表示感到有个未知的存在跟随着自己，因此亚刃离开了农场，并为了逃离那个存在而陷入沼泽，以致昏迷。蜘蛛将他带到城堡，劝诱他揭示自己的真名“黎白南”，借此控制他。另一方面，狡兔以恬娜为人质，引诱雀鹰进入城堡，雀鹰在把亚刃的剑交给瑟鲁后，便动身前往营救恬娜，并因此与蜘蛛对峙。

蜘蛛透露自己想要打开生死之间的大门，获得永垂不朽的生命，雀鹰告诫她这会破坏平衡。蜘蛛派出亚刃对付雀鹰，虽然雀鹰成功让亚刃摆脱蜘蛛的控制，但他也被狡兔捉住并押入地牢，与恬娜关在一起。

另一方面，瑟鲁见到亚刃的心中的光明，他向瑟鲁透露他的真名。瑟鲁进到蜘蛛的城堡后，在阁楼发现亚刃。瑟鲁给亚刃带来希望，用他的真名呼唤他，并告知他自己的真名“恬哈弩”。他们动身营救雀鹰和恬娜，亚刃拔剑击退了蜘蛛的部下，让蜘蛛迅速衰老。蜘蛛挟持瑟鲁来到楼顶，打算用她最后的魔力勒死瑟鲁，但瑟鲁没有死，而是现出自己的原形，即拥有永恒生命的“黑龙”，瑟鲁喷火烧死蜘蛛，将亚刃带离逐渐倒塌的城堡。

雀鹰和恬娜离开了城堡，而瑟鲁和亚刃降落在某片草原上，瑟鲁变回人类后，亚刃向她表示自己会回去为自己的行为忏悔，并约好会再与她见面。两人与雀鹰、恬娜重逢后，共度了快乐的时光，之后雀鹰与亚刃出发前往英拉德，并向两人道别，瑟鲁抬头看见她的龙族同伴，这表示世界已恢复平衡。

皇历2017年，超级大国“不列颠帝国”(Britannia)朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%的大战……

第一章《飞龙降临》

2017年，超级大国“不列颠尼亚帝国”(Britannia)朝着称霸世界的目标，征服了世界近三分之一的版图。此时，2010年被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠尼亚帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%、生还率为0的大战……

第二章《折翼飞龙》

皇历2017年(革命历228年)、不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争还在持续。身处劣势的E.U.军将11区――在不列颠尼亚占领之下亡国的日本人――集结起来设定特殊部队、“wZERO队”

E.U.军向wZERO队发出了新的命令——让他们空降敌阵诈攻。这项命令太过残酷，队长蕾拉之下包括这几位队员：身为wZERO的驾驶员，同时也是在之前的战役中唯一的存活者日向瑛斗。从11区的管制区逃出，在社会阴影下生活过来的佐山流。成濑幸也，以及香坂绫乃，共计四人。这四个队员各怀心事，作战就在这样的情况下开始了。

另一边，不列颠尼亚。曾使用GEASS的力量让自己的长官自尽的真·日向·夏英格被如愿任命为圣米迦勒骑士团的总帅。他为了实在自己的野心而一步一步地推进计划。信·修加与其属下阿修罗队接到了出动命令。

为了战斗而生存下去的人，为了生存而战斗下去的人。在残酷的前线，日向瑛斗发挥出了自己令人恐惧的潜在力量，赶赴战场的真·日向·夏英格感觉到了日向瑛斗的存在。

第三章《辉芒陨落》

革命历228年，不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争进入白热化阶段。EU本土因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

长久以来，埋伏于暗处的真·日向·夏英格，如愿走向血腥舞台的最中间。

第四章《憎恨记忆》

革命历228年，欧洲共和国联盟(E.U.)因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

为阻止不列颠尼亚的进攻，阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭不列颠尼亚的飞行兵器，并在当中与无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此，与阿基德、佐山流等发生战斗，最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时，幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是，在这个时候，安排在飞行兵器中的定时炸弹，也倒计时结束了…… 

夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。

最终章《致我所爱》

信暴走的Geass。阿基德决心和哥哥进行最后的战斗。由于成濑幸也放出了的炸弹，不列颠军减少到了三分之一，不过包围了的wZERO部队处于压倒性地不利的状况的事实不变。在那里身为敌人的阿修雷作为新的朋友加入。在最后一场战斗之前，阿基德把自己的头发剪掉交给了蕾拉。

「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」

レイラはアキトを见つめる。

「私はもっとアキトと话したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一绪にここへ帰ってきてください」

人的心结合在一起的时候，命运的秘密就会展现。

真相所示的未来究竟是希望还是绝望?命运的斗争终于迎来了结局