在学姐们毕业后，时濑高中筝曲社就只剩下仓田武藏一个社员了，到了四月新学期，纵使努力招募新社员也乏人问津，社办甚至被不良学生占据，这时突然出现一个和筝曲搭不上边的不良新生久远爱申请入社，紧接着还有一位古筝天才少女凤月里和。各自不同的古筝之音，编织出一曲青春学园物语。

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近未来世界，通过结合大脑和科学的技术革新，人类建立了新的文明。

同时，异形般的存在——“怪异”也追求着发达的人脑，长久以来不断威胁着人们的生活。

为了对抗这群无法被普通兵器伤害的怪异，人类集结了能够发挥特殊超能力的人选，组成“怪异讨伐军”来保护人们的生活。

结人皇在小时候被怪异讨伐军拯救一命，于是自愿加入怪异讨伐军。重兰德尔则是因为优异的脑力被招募至怪异讨伐军。同样操控“念力”的两人透过作为怪异讨伐军战斗，将知晓自己的力量与世界背后隐藏的真相。

玩家将作为操作超常脑力的一员，与伙伴在世界各地战斗。

一五五五年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！