濑川祐太是考入多摩文学院大学文学系国文科，开始踏入新生活的大学一年级学生。小学的时候与父母死别，受到当时为高中生的姐姐祐理所养育。祐太初中的时候，祐理和曾经结过两次婚、带着2个孩子的小鸟游信吾结婚。祐太因为嫉妒姐姐和信吾组成的家庭，但是并不想破坏他们的幸福生活，于是独自一人远离了姐姐一家，身居于外。

有一天，姐姐突然登访自己家并拜托照顾她三个孩子(空、美羽、雏)。祐太虽然勉强地接受了这个请求，照料3个女儿时意外地看到了祐太从未见过的幸福生活，开始后悔当时因为嫉妒姐姐结婚而逃避现实的想法。打算归还以前的忘恩负义的感情，决意重新修复与姐姐一家的关系。在某一天，姐姐和姐夫搭乘的飞机离奇失踪，姐姐和姐夫因行踪未明被政府发布已死亡的通告。剩下的3个女儿在亲属会议后决定分离各所，祐太却执意宣言收养剩下的3个女儿，为此6榻榻米一间的公寓里开始了崭新的4人生活。

高町奈叶(田村由香里 配音)是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺(水桥香织 配音)相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。

某日，一位名叫菲特(水树奈奈 配音)的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗?对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢?