不起眼的男高中生药院次郎,在“夫妻实习”的课堂上,和绝对不可能有关系的班上的美少女渡边星一起生活。他们对彼此的印象也很差。“阴”和“阳”不匹配非常刺激。洗完澡后的突发事件,突然的接触麻烦!?次郎虽然闷闷不乐,但还是下意识地想……“喂,真的好好地玩夫妻游戏吧”互相有想法的次郎和星为了得到交换组合的权利,认真地扮演夫妻。然而,酸甜苦辣的夫妻生活逐渐让彼此意识到各自的魅力。比“恋人”更刺激的,辣妹和无异性缘男生的“夫妻游戏”开始了。
因为在异世界的神进行勇者召唤,老是被同学霸凌的南云始,与同班同学被神召唤到海利希王国。可是在异世界,始的天职却是最无用的炼成师。在第一次迷宫冒险时,因为陷阱而遇上迷宫第65层的Boss。始为了救同学而负责断后,可是在魔力耗尽要撤退时,被某位同学放火球偷袭,因而与第65层的Boss一起掉入迷宫的深处。在迷宫深处与吸血姬月相遇,之后为了回到故乡地球两人携手决意而踏上旅途。
公元2195年,谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现,并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时,民间企业尼尔加重工(ネルガル重工,NERGAL)完成了实验战舰ND-001抚子号(ナデシコ,Nadesico, 纳迪斯高/力高号)的建设。
即使是对着木星蜥蜴的兵器,装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势,包括扭曲力场(Distortion Field)防护罩以及重力波炮,使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上,由于采取了“能力一流,不问性格”的选拔方针,结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。
火星出生的主角天河明人,在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人,一直跟在她的后面,并意外地登上了准备出港的抚子号。其后明人虽然被聘请为抚子号的厨师,但却发生了一些意外,使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯(Aestivalis)进行战斗……
本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历,他们一方面和木星蜥蜴作战,另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主,而他们随着不断的战斗,渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……