帝光中学篮球队，其辉煌的历史中，同时拥有五位被说十年才出现一位天才的“奇迹世代”。即使是升上高中的现在，对他们的称赞依旧不变持续被叫着。逼近他们实力并发挥力量的正是诚凛高中的王牌，火神大我。那个天赋的才能因比赛不断增加光辉更加热情，正是诚凛的“光”，然而火神是“光”的话，“影”就是支持团队跃进不会动摇的意志。诚凛高中，黑子哲也。实现了冬季选拔赛出赛的诚凛乘着气势，击败拥有青峰的桐皇学园，和拥有紫原的阳泉。终于进行到准决赛……!

正篇

中学联赛三连霸的篮球名校“帝光中学”的篮球社，社员数超过百人，其中更有着被誉为“奇迹的世代”的五位天才篮球员，和一个既没有出场纪录，也无人记得的“梦幻的第六人”黑子哲也。这些人在升上高中后各自就读不同的学校，而黑子遇上了火神大我，自美国归来的篮球好手，火神立志打败“奇迹的世代”并成为日本第一的篮球员，而黑子也决定成为他的“影子”帮助他。他们在日本全国高校综合体育大会(简称 I?H)和冬季杯(简称 W.C.)中与“奇迹的世代”里的五位篮球好手陆续对决。

续篇

在番外篇《Extra Game》中，从美国来的街球队“JABBERWOCK”被邀请至日本，与日本代表队“Strky”进行比赛并大败对方，留下一句“猴子没资格打篮球”，此话惹怒了二年级的奇迹的世代们与火神和黑子，相田景虎对“JABBERWOCK”的态度十分不满，决定以“奇迹的世代”共同组出梦幻队“VORPAL SWORDS(简称V.S.)”来对抗。

【终极间谍的天才斗智之战】：在结城中校的力排众议下，日本陆军成立了间谍培训学校“D机关”。在这里，所有成员都被灌输了彻底否定军人信条的三大戒律：“不准死”、“不准杀人”、“不准被抓”。这样的组织自然成为他人的眼中钉，时时腹背受敌；然而“魔王”－结城中校以他犹如魔术师般的高超手腕交出间谍大战的丰厚战果，就连隐身在陆军内部的敌人也被他逐一消灭……从东京、横滨到伦敦、上海，紧张刺激的间谍殊死战，就此展开！

D机关（D機関）

传说中的间谍──“魔王”结城中校在日本陆军设立间谍养成学校兼谍报机关。“D机关”的存在只有极少数陆军高层才知道他们。于昭和12年（1937年）设立。

除结城中校外，无人知道D机关成员的真实身份，连成员自己也都以假名和假经历彼此往来，可说是一群带着假面具过日子的人。成员来自各方，学习各国语言，接受炸药、无线电、开锁、台球、变装等技术训练，甚至包括追求女性的方法，是一群为了国家，带着假面具过日子的人。

陆军内部似乎依旧对设立谍报员培训所一事极为反弹，因而删减原本的预算。这栋建筑是接收昔日陆军使用的老旧鸽舍，加以临时改建而成。后来陆续有人加入或退出，最后留下十二名学生（动画版为八名）。

14岁的少女大户爱(声：相川奏多)在深夜散步时被神秘的声音所引导，并得到了一颗据称可以让她获得想要事物的“奇迹之蛋”。很久已没有上学的她，犹豫着要如何处置获得的蛋，并打算动身前往前一天得到蛋的地方。一开家门踏出没有几步，却发现自己来到了学校。小爱躲进了厕所，再次遇上那道神秘的声音。那道声音要她“打破那颗蛋”。她一气之下把蛋扔出去，意外打破了那颗蛋。变大了的蛋中出现了一名叫做西城胡桃(声：安济知佳)的少女。胡桃被突然出现的“假装看不见”(怪物)追杀。两人逃走途中，胡桃告知小爱“假装看不见”只会追杀她，并不会追杀小爱;小爱在这个蛋中世界也不会真正受到伤害，只有胡桃自己会受伤。胡桃需要逃到钟声响起才算过关。之后，胡桃留下小爱，独自逃走。

大户爱

两人分离后，小爱遇见一个雕像。这个雕像是小爱还没有不去上学之前，在学校认识的唯一一个朋友——长濑小糸(声：田所梓)。小爱因异色瞳而在学校受到霸凌，只有刚转校的小糸愿意跟她当朋友。长濑因未知原因而跳楼自杀之后，小爱因“背叛了朋友”而自责不已，自此不再上学。小爱在雕像下待了一会后，看到胡桃快被怪物追上，情况危急。她鼓起勇气，下定决心不再“假装看不见”，击退怪物。胡桃在最后留下一句“不要忘记我喔”后，就消失不见了。小爱也发现雕像变得温暖了一点点，察觉到在蛋中世界保护更多的人，就可以救回小糸。

小爱因在蛋中世界受的伤而倒下，躺在医院。她兴奋地跑去地下的花园——她之前得到蛋的地方，发现不只自己会前来购买“奇迹之蛋”。过去一看，她看到正在扭出大量“奇迹之蛋”的青沼音瑠(声：楠木灯)。