爱城恋太郎在中学毕业前已经有向一百位女孩告白，并遭到拒绝的经验。他在中学毕业那天在神社遇见神明，得知自己如此惨淡的恋爱运，是因为神明不小心将他人生中“真命天女”的数目加多了两个位，改成了100人。神明也告诉他由于一般人只有一个命中注定的对象，所以若他没有跟对方实现恋情，对方就会遭遇不幸，然后死亡。恋太郎在升上高中后首日，就遇见他头两个“命运之人”——花园羽香里、院田唐音。她们两人对恋太郎一见钟情，而恋太郎也决定同时跟两人交往。随故事进展，恋太郎也和越来越多女性发展成多边恋关系。

与本作副标题相关的“秘密藏身处”，当莱莎与同伴随着冒险及故事发展到一定程度时，就可以使用作为莱莎与同伴的据点。除了可以关于炼金术相关的调合外，还可以随玩家喜好变动秘密藏身处的内部装设与据点的外观。根据不同种类的零件有部分能够提升使用角色的状态，在冒险时得到更好的应对。