人类最终战争后的世界，大地被黑森林所覆盖，人类只能在被结界守护着的少许土地上生存。被病原体入侵的人类只要靠近天然的火身体就会燃烧，而唯一能够安全使用的火只能通过狩猎栖息在黑森林深处的黑色怪兽“炎魔”采集。

于是就此诞生了一种专门狩猎炎魔以获得火的职业，并谣传着其中的佼佼者“狩火之王”的传说。故事以在村庄中长大的11岁少女灯子，与身在首都的15岁少年煌四为中心展开。

21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……