《寻找失去的未来》作为一款十八禁恋爱冒险游戏，玩家须与游戏中4名女主角互动以推动剧情发展。玩家在游玩《寻找失去的未来》时将会花费大多数时间观看出现在萤幕上的文字叙述、人物对话以及角色心理等，借由这样的方式除了让故事获得进展外，也可以与游戏角色对话进行交流。玩家可以选择不同选项，并随着游戏的进行而与女主角关系渐趋亲密，甚至最后还有可能发生更加亲密的关系。

玩家于游戏中能够体会到4条主要故事路线。在每次阅读故事发展以及与其他角色对话后，玩家便有机会能够在与角色互动时、从游戏提供的数个选项中挑选其中一项。这时游戏会暂停一会儿以提供玩家依据先前的对话作出决定，玩家在某些关键选项之中的抉择则会影响到游戏朝特定方向展开，并进入各式分支情节中。借由决定于数个选项抉择的方式来让游戏系统判定玩家攻略的故事剧情，同时游戏中所做的决定也会影响这些角色故事后半段呈现不一样的结局。

天文学会所属的秋山奏，与很有才能的副会长佐佐木佳织、文武双全的才女会长支仓爱理、策略家的大小姐华宫凪沙、美国的交换留学生长船?KENNY?英太郎成员的独特个性，共同解决内滨学园的骚乱。

因为放学后在保健室旁的奏，听到校舍内发出震动与怪声，跑去现场后发现，全裸的少女倒在地上。自称叫唯的少女，完全不谈论当时的情况，为何好像知道奏的名字，隔日加入天文学会。

之后天文学会收到了学生会的委托，负责“校内出现幽灵”、“内滨症候群”、“事故多发地区”的事件调查。

首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。

重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……

公元2021年，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，被驱逐至狭窄的领土，带着恐惧与绝望苟且偷生。

至此过了十年，人类在能控制原肠动物病毒的少女们“受诅之子”力量下得以找到对抗怪物的最后希望，然而过去的伤痛却使两者之间出现难以填平的代沟，看似得到和平的人类社会正悄悄变质，暗潮越见汹涌。

居住于东京的高中生少年里见莲太郎，是一位专门对抗原肠动物的“民警”中其中一分子，与自己的搭挡蓝原延珠一起从事许多危险的工作，就在某天接获政府的特别命令，内容竟是避免东京毁灭的高度机密任务……