自从驾驶真盖塔机器人的流龙马、一文字号、タイール在火星消失数十年后，神隼人为了抵御地球内及地球外的威胁，正着力武装化早乙女研究所及训练新的驾驶员。除了“恐龙帝国”的再袭外，还有来自外太空的威胁“仙女座流国”(アンドロメダ流国)。为了避免人类的灭亡，三位驾驶员流拓马、神威翔、山岸獏操控著早乙女博士的遗产“盖塔机器人ARC”开始了新的战斗。

故事讲述战争其间，原本在某国栖息的龙，以及与之定下契约的龙的牙医们所遇之事;龙的牙齿是死者过渡的地方，以及时常出现各种类型的荒魂侵食龙的牙齿。某天，龙齿上出现了龙的牙医们称之为不祥之兆的“黄泉归来”，已经死亡的少年贝尔从龙齿中出现;而某天，某只龙齿上出现会吞噬人类的“天狗虫”，在成功消灭其后，背后却有关于12年前的重大秘密。