故事分为前后两部分，由“田菜编”和“横滨编”构成，属于日常空想动画类型。两部分有各自不同的舞台。前半部分．田菜编(1～12回)发生夏天的乡下城市，后半．横滨编(13～26回)是前半部分发生的二年后的都市的冬天。故事围绕着在现代日本一隅上的神秘发光体引起的事件，和与发光体相关的少年少女们的接触和交错。

故事叙述主人公－逢沢步，是个无法认同自身所处世界的少年；家庭离异，与母亲住在一起的他，不知何时连学校也不去了，完全将自己封闭在个人的小世界里，于是母亲便提议他到父亲那里住一个夏天。带着不明确且不积极的态度，步到了距东京两小时车程的郊区，那是个四周被山包围的小盆地，有着广阔水田的小镇，名字叫做“田菜”。

每集列表

【田菜编】——

【横滨编】——

樱田纯是一名不愿上学而长期足不出户的中学二年生。他热衷于网上购物，喜欢在购买物件后的退货限期内退回，只是房间里还是放有许多奇奇怪怪的诅咒物品。有一天，他收到一张传单，上面只写了一句“上发条 不上发条”的选项。在好奇心驱使下，纯选择了“上发条”，之后房间就出现了一个神秘的皮箱，里面装着一个非常美丽、质感近似真人的人偶。使用附带发条转动背部的开关后，人偶像有生命般活动起来，向纯说：“我的名字是真红，蔷薇少女的第五人偶。”伴随这次相遇而来的，是更多相似的人偶，与及身份神秘的旁观者。他们一同为着某个失踪良久的认同而努力，展开一场潜越世界和时间所限的游戏……

蔷薇少女(ローゼンメイデン，Rozen Maiden)

是传说中拥有生命的不可思议人偶，制作者是神秘的人偶师罗真(ローゼン)。制作非常细腻，酷似真人，但从未在市面上流通过。

蔷薇少女就如同虚幻的存在，选择她们，她们便存在于“世界”，否定她们，她们一开始便不存在于这世上，就像是被邀请的客人一般。

媒介(ミーディアム，Medium)

与蔷薇少女订下契约的人类。成为媒介者会提供自己的能量给予蔷薇少女活动的力量，不论有无媒介的情况下，蔷薇少女皆能在现实世界中使用特殊能力，但有媒介时，能力会增强。

蔷薇戒指(薔薇の指輪，Rose Fingering)

媒介与蔷薇少女之间契约的证明，在契约取消前不会消失也无法取下。在原作漫画中缔结契约的方式是契约者由蔷薇少女取得戒指，戴上后亲吻戒指表示契约形成，而动画版则是契约者必须亲吻在蔷薇少女手上的戒指，表示契约形成，此时会在自己手指上形成戒指。若同时与两名以上的蔷薇少女缔结契约，戒指会合为一体，体积也会变大。人偶过度使用力量导致媒介的力量用尽时，媒介会被戒指吞噬，最后与人偶合为一体(动画中，如果媒介的力量用尽，媒介就会死)。解除契约时，戒指会破碎消失，同时人偶也无法再使用媒介的力量。若在战斗中解除，就代表人偶在爱丽丝游戏中失败，失去成为爱丽丝的资格(动画中，解除契约的方式是由人偶亲吻媒介手上的戒指)。

爱丽丝(アリス，Alice)

存在于罗真(父亲大人)心中的女孩。比任何花都要高尚，比任何宝石都要无暇。唯一纯洁无瑕而且象征完美的少女。成为爱丽丝，是蔷薇少女们的宿命。

爱丽丝游戏(アリスゲーム，Alice Game)

蔷薇少女的宿命，必须互相战斗夺取彼此的蔷薇圣母。相信最终获胜取得全部蔷薇圣母的人偶，可成为爱丽丝;事实上，不用经过爱丽丝游戏，也能成为爱丽丝。

蔷薇圣母(ローザミスティカ，Rosa Mystica)

蔷薇少女生命的来源，也有一说是类似人造人的生命源贤者之石;失去蔷薇圣母的蔷薇少女就会成为一般的人偶，精神将成为游魂。而获得别人的蔷薇圣母的人偶，可以增强自己的力量。以及使用被夺走蔷薇少女的一切(人工精灵、武器、能力、记忆)。

除此之外，剩下蔷薇圣母的人偶只能透过感应与其他人偶对话。接收蔷薇圣母可能会有些许副作用，像是排斥反应。

N领域(Nのフィールド，N-field)

虚与实，正与负，什么都存在也什么都不存在的世界。人偶们可以以类似镜子的物质(镜子、玻璃、水面)当作进出N领域的门。而每个人偶也都拥有属于自己的N领域，在自己的领域之中战斗会比较有利。人偶在没有媒介在身旁的情形下，只能在对方的N领域中停留30分钟，若超过时限，战斗能力将会大幅减弱。

世界树(Yggdrasil)

存在于梦世界的巨树，连接着所有人类的心之树。参照→世界树

潜意识之海(無意識の海)

存在于N领域中的特殊区域，夹杂现在过去未来的时间洪流，包含所有一切思绪与记忆之海，若走在浅滩上则会看到许多幻觉。

潜意识之海也是第七人偶雪华绮晶N领域的境界地带，连接梦境与N领域，这也代表了雪华绮晶的N领域除了镜子外，梦境(睡眠)也是一道入口。

人工精灵(Artificial Spirit)

蔷薇少女所使役的助手。拥有不可思议力量的精灵，每个蔷薇少女都有一个，帮助蔷薇少女寻找媒介，战斗时也是蔷薇少女不可或缺的帮手。蔷薇水晶并不是没有人工精灵，只是其出现时间不长，因此并没有提到名称。

皮箱(鞄，Briefcase)

蔷薇少女沉睡时所放置的箱子，镶著蔷薇的标志，蔷薇少女平时也必须在皮箱内睡觉才能获得真正的休息。也可将皮箱当作飞行交通工具。

父亲大人(お父様，Father)

制作出蔷薇少女系列的人偶师，罗真(ローゼン)。

故事讲述重考生本须和秀树，身无分文只身来到东京却想拥有一部价格昂贵的人形电脑。于东京，人形电脑是非常普及的家电。他心想“如果可在垃圾堆中捡到一部就好了”，却如他所愿在东京的一晚捡到一部人形电脑。由于该电脑没有装上任何软件， 故此只会以“唧(chi)”作应对，故他把该电脑命名为小唧，并与小唧朝夕相对。

当秀树发现小唧拥有很高的学习能力，就常购买书给小唧。之后，秀树又发现小唧有别于一般人形电脑，例如没有装上任何软件却会自行活动，可强行进入其他电脑而不被发现，更特别的是一般电脑的开关制都设于耳朵后，但小唧的却在阴道内。

其后秀树更发现公寓的管理员日比谷千岁原来是制造小唧的科学家之妻子(小唧的母亲)。原来，小唧从前有个与她一模一样的姐姐芙蕾亚，芙蕾亚却爱上自己的父亲而极其难过，最终系统负载过重“死了”(电脑系统损坏且难以维修)。临死前，小唧硬把姐姐的记忆接收到自己身上。随后小唧遭到重置失去了记忆。她在死之前说了“请把我放远一点!”(后于垃圾堆处巧被秀树所发现)。最后，秀树与小唧互相相爱。