在东京街头，一切成谜的吃人怪兽“喰种”正悄悄的在人类世界扩张势力。
平凡的大学生金木研因为遭到喰种猎食而性命垂危，医生为他进行了器官移植手术，不料器官提供者其实就是猎食他的喰种。在病床上醒来的金木很快就感觉到身体不对劲，原本记忆中美味的食物全都走味到难以下咽。
一开始，即使好几天不吃东西他也不会饿，但不久，激烈的空腹感开始折磨他。当他意识到，能引起他食欲的对象只剩下街上擦身而过的男男女女，他绝望的日子也就此开始──
《JoJo的奇妙冒险》描述英国贵族乔斯达家族与邪恶的吸血鬼迪奥·布兰度(DIO)及其后继者之间长达一世纪以上的壮大对决。目前连载至第八部，每一部的主角、主题和故事舞台都不同。每一部的主角都是以“乔乔”(JoJo)作为昵称，而第五部主角虽有日本人血统，但身在意大利，现代标准意大利语中并没有“J”，因此采用“GioGio”。
第一部《幻影血脉》
收录于单行本第1卷至第5卷。舞台是1888年的英国。乔纳森·乔斯达是以绅士为目标的青年贵族。下层阶级出身的迪奥·布兰度(DIO)企图夺取其家产，他谋害乔纳森的父亲，并戴上具有特殊力量的石鬼面，变成吸血鬼。乔纳森为了打倒他，向神秘的绅士齐贝林学习波纹气功。乔纳森最终击败迪奥，与迪奥一起沉入大西洋。
第二部《战斗潮流》
收录于单行本第5卷至第12卷。舞台是1938年的美国。乔纳森的孙子乔瑟夫·乔斯达，天生具有波纹能力。1938年，他卷入了与古代超级生物“柱之男”的战斗，结识了齐贝林的孙子西撒，并接受波纹高手莉莎莉莎的训练。在击倒了柱之男后，乔瑟夫得知了自己的身世并结婚成家。
第三部《星尘远征军》
又称“星尘斗士”， 收录于单行本第13卷至第28卷。舞台是1987年。乔纳森与DIO死斗后一百年，DIO从大西洋中苏醒。同时，乔瑟夫的外孙空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力，DIO的复活令承太郎的母亲陷入病危，为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与他的伙伴们展开为期五十天的旅程，从日本出发，前往埃及并打倒DIO。
第四部《不灭钻石》
收录于单行本第29卷至第47卷。舞台是1999年的日本夏天。乔瑟夫的私生子东方仗助居住在日本小镇“杜王町”，这里有许多看似平凡的居民，但他们其实拥有替身能力，仗助接连地与这些不可思议的人相遇，其中包括了一名潜藏在小镇里的连续杀人狂——吉良吉影。为了守护杜王町，仗助展开和吉良吉影的战斗，最终杜王町重归和平。
第五部《黄金之风》
收录于单行本第47卷至第63卷。舞台是2001年的意大利。围绕在DIO的儿子——乔鲁诺·乔巴拿的故事。乔鲁诺·乔巴拿因误杀一个流氓，而遭到黑手党的追查，他却企图加入这个流氓组织，成为一位“流氓巨星”(Gang Star)。他加入了黑手党后，与伙伴们一边执行任务，一边企图找出黑手党的幕后老大——迪亚波罗并打败他，乔鲁诺在最后成为黑手党新任首领，并扫荡意大利的毒品交易。
第六部《石之海》
收录于单行本第64卷至第80卷。舞台是2011年的美国，空条承太郎的女儿——空条徐伦与男友车祸肇事逃逸，但只有她被捕入狱，承太郎在营救徐伦逃狱时，遭到敌人的攻击，徐伦为了拯救父亲，用替身能力与她的敌人不断地战斗，同时渐渐发现到自己的入狱是遭到DIO的好友——普奇神父的精心设计。故事最后，普奇神父运用他的替身能力加速世界改变了整个宇宙，让乔斯达家与DIO的斗争告一段落。
第七部《飙马野郎》
收录于单行本第81卷至第104卷。舞台是1890年美国，横跨北美大陆的超长程赛马“STEEL·BALL·RUN”即将展开，为了夺得冠军，操作铁球的神秘骑手杰洛·齐贝林参加了比赛，而曾是天才骑手、却因为事故而瘫痪的乔尼·乔斯达，为了从杰洛身上得到能使他瘫痪的下半身行动的秘密，一起参加了比赛。在过程中，他们渐渐发现隐藏于这场比赛真正的意图——美国总统法尼·瓦伦泰打算利用此赛事来收集圣人遗体并使美国强大，而乔尼为了回归下半身健全的生活，开始和各路参赛选手争夺圣人遗体。
第八部《JoJolion》(连载中)
目前已收录于单行本第105卷至第126卷。舞台是2011年，住在日本杜王町的平凡少女广濑康穗在一处泥巴坑中发现一名拥有替身能力的失去记忆的男子，事后该男子被东方家收养并命名为“东方定助”，为了找回失去的记忆，东方定助开始了他的旅程。
公元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。
2198年，地球接收了来自异星人行星的“次元波动引擎”技术供应，并开启了星际航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。
2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”(アマテラス)的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。
回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身份受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”(イズモ計画)，但实际上发动的，却是以前往异星人行星接收污染净化系统为目的的“大和计划”(ヤマト計画)。
于地球拔锚的大和号，成功于太阳系内突破光速。带着人类最后的一线希望，踏上了这场以一年为限的33万6千光年旅程，前往大麦哲伦银河星球。