讲述冈岛绿郎，本来是一位普通的日本公司职员，在一次运送公司违法资料的途中被绑票，期间向公司求助时被公司抛弃后在一个名为黑礁商会的佣兵船队里做见习水手的故事。故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市——罗阿那普拉（Roanapur）。黑礁商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各个黑帮势力，任务一般是在海上运送各种各样的“货物”或协助别人逃跑。黑礁商会主要的运输工具是一艘配备鱼雷的海上快艇。
本作包含大量对暴力和犯罪的描述，同时亦加插了些许黑色幽默。从故事的背景设定以至角色和其对白都可以看出作者对科恩兄弟和昆廷·塔伦蒂诺等导演，与及暴力美学的致敬。同时基于作者对枪械的浓厚兴趣，在黑礁里出现的各种武器和运输工具大部分都在现实中存在的。而在动画中对武器的描写也非常细腻，因此黑礁无论是漫画抑或动画均受一部分军事、枪械迷爱戴。
世界观设定
黑礁商会
罗阿那普拉当中小有名气的运输业者，与大部分组织的关系良好，目前成员只有四个人，主要的受雇工作内容大多都是以运输军火和窃取重要文件等非法物品运输业务为主。
莫斯科大饭店
俄罗斯黑手党，为罗阿那普拉众多黑帮中最强的势力之一。，在罗阿那普拉的分枝由巴拉莱卡带领，成员大多为前苏联红军。
三合会（中国香港黑帮三合会罗阿那普拉分部）
在罗阿那普拉担任调停以及联系各帮派的和事佬角色，与莫斯科旅馆和黑礁商会的关系良好。
暴力教会
当地的一家教堂，由神职机构以及慈善事业的掩护下进行军火走私以及毒品贩卖，为故事中当地最大且唯一被其他黑帮所同意下经营的军火供应商，所有神职人员都一律配带武器，此处为中立地带，任何擅自以武力攻击此处者都会遭受毁灭性的反击。
裴洛基欧家族
罗曼阿普拉的意大利黑帮，由于无法在当地占据有利地位而被祖国的总部施压，原本打算以汉赛尔与葛丽特打乱平衡，趁机占有一席之地，但计划失败后打算将双胞胎灭口，却反被汉赛尔与葛丽特全部铲除。
国家社会主义白人团结党
美国的少数派激进政党，信奉纳粹主义，企图建立新纳粹的势力。
鹫峰组
日本东京的黑道组织。
香砂会
和鹫峰组同为加盟和平会的黑帮。
真主党
存在于现实的伊斯兰教恐怖组织，为黎巴嫩的主流党派之一，立场上与以色列敌对，较为同情巴勒斯坦，因此多次与以色列隔空交火，甚至支持对以色列进行恐怖攻击的巴勒斯坦解放组织（PLO），令临近的沙特阿拉伯和约旦敌视。
故事舞台是在现代的意大利都市。政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女，并给予医学治疗和职业训练的社会福利机构，但实际上是洗脑被收容的少女并将她们用义肢和药物加以改造，以使她们成为对抗恐怖份子的尖兵的组织。每位少女都搭配一位辅佐官，每位少女对其辅佐官都抱有洗脑产生的、混合了爱情及亲情的感情，从而绝对忠诚于“社会福祉公社”。这一搭配被称为“fratello”。
和社会福祉公社敌对的组织是“五共和国派”，该组织是以武装斗争方式实现北方同盟（Lega Nord）党首Umberto Bossi提出的波河河谷分离主义的恐怖组织。
用语
义体（義体）
社会福祉公社所开发的生化人，身体有八成以上被人工器官改造，因而拥有超乎一般成年人的身体能力，并可以借此自由改变外表。由于肉体大多为人造品，所以要判断义体的死亡必须是在脑死的情况下。主要弱点是眼球部位，因为会直通脑部，此外，反器材步枪等大口径的枪械也能确实对义体造成致命伤害。
在名为“制约”洗脑程序之下，对组织与辅佐官完全服从。
由于需要进行大量的改造以及进行“制约”等需求，素体多会选择有高适应性与可塑性、精神层面也较单纯的未成年人。
在接受改造后，义体会借由“制约”与临床心理学的技术，塑造出一个绝对忠于公社与辅佐官的全新人格，并灌输基本战斗能力，原本的人格与记忆则会被封锁在内心深处。
封锁的记忆可经由一定的程序解开，“制约”则需要分别由罗连托课长与制约开发者贝利瑟持有的两道密码才能解除，但贝利瑟利用开发者的身份藏了后门，让他可以自行解除制约。
新都灵核电厂事件结束后，幸存的义体在完成数件收尾的逮捕任务后就随公社研究单位撤离到船只上继续进行研究，在船上平静地度过余生。
素体（素体）
受改造者在被义体化以前的称呼。
一期生（1期生）
初期接受改造的义体。性格明显且战力强大，但是有精神面不安定、寿命短暂、维修费用高昂等缺点。
一期生受限于制约技术的发展，个体差异明显，且多数都有改造前的记忆混杂在现在的记忆中的困扰。
由于一期生的义体改造是属于实验性质，因此精神面不稳、短命等多数缺陷都是在第一具义体安洁莉卡出现状况与过世后才得以了解。
二期生（2期生）
第六卷以后登场，在新计划中改造的义体。
寿命是一期生的两倍以上，透过技术交换简化维修程序以降低成本，且由于制约技术的进步，在精神面上也有很大的改善。
与一期生不同，为了保密，二期生不只体内改造，连身高、脸型、身体比例等外貌方面也有极大的改变。
辅佐官（担当官）
义体的指挥者，也是制约技术的基桩。由于义体的精神面问题，应变能力不足，难以单独执行复杂任务，因此大多数情况下义体只会了解任务概要，执行时会由辅佐官当场指挥。
辅佐官也负担控制与监测义体的责任，义体在改造完成之后就会分配给辅佐官培养感情，每个辅佐官与义体的相处方式都不同，但是最终目的都是要避免义体在战斗中失控。
辅佐官多在意大利军警单位中招募，会刻意挑选招募对恐怖组织态度严厉的人员。
兄妹（フラテッロ）
公社内部对辅佐官与义体的组合所用的代号。
制约（条件付け）
公社用来控制义体的手段，是利用催眠、药物、电击等方式进行洗脑，使义体有着“对辅佐官与公社绝对忠诚”、“不排斥杀人”、“为完成目标可以不惜牺牲自己”的特务适性。
公社有时也因应任务内容，透过这些手段使义体拥有特定的知识与技能。
已知这些条件中最优先的是保证辅佐官的安全，在符合条件的情况下，即使是对同为义体的同伴进行反击也在许可范围内。
具有许多副作用，像是丧失味觉、记忆丧失、药瘾和缩短寿命等。
公益法人社会福祉公社（公益法人 社会福祉公社）
简称福祉公社，表面上是致力于协助安置受疾病、犯罪行为或天灾等因素导致家庭剧变的未成年人的慈善单位。
实际上是总理府基于意大利右翼势力扩张以及国内治安混乱之故，于台面下秘密设立的体制外谍报与特种作战机关。
新都灵核电厂事件后，由于五共和国派已形同瓦解，公社被改组为纯研究机构，研究部门撤离到船只上继续进行义体研究，作战部门解散，各自归建原单位或转任正规谍报单位。
五共和国派（五共和国派）
秉持着反国际化主义和意大利传统的地域主义，以激烈的恐怖活动手段来达成其北意大利独立的主张的极右翼分离组织的总称，也是社会福祉公社最主要的打击对象。
库洛奇事件（クローチェ事件）
是正在调查、审理五共和国派的检察官库洛奇一家遭到暗杀的事件。
某日，库洛奇检察官与其妻卡拉、女儿恩莉卡，与儿子吉安的未婚妻苏菲雅在出发度假的时候，遭到贾克摩?旦提设置的IED炸死。当时库洛奇家的长子吉安与次子乔瑟是卡宾枪骑兵的一员，为了令乔瑟能继续担任前线军职而一同前往军方处申诉未同行而幸免于难。
事后五共和国派（漫画中是米兰·北部联盟）宣布是他们犯下了该起案件，也是五共和国派转向为恐怖组织的开始。之后意大利政府秘密组织了“公益法人社会福祉公社”作为超越法规的谍报作战机关来因应恐怖攻击，并将吉安与乔瑟挖角过来作为其中的成员。
新都灵核电厂事件（新トリノ原発テロ事件）
贾克摩·旦提统合了五共和国派的余党，占领了新都灵核电厂后，要求社会福祉公社出面与之正面对决。意大利政府内部的反社会福祉公社派认为这是将两者一起消灭掉的好机会，于是促使社会福祉公社出动，在诸多义体与辅佐官阵亡后成功镇压了该次恐怖攻击；反公社派还趁机派出军队试图侵占社会福祉公社总部，但最后失败。
事后社会福祉公社解散，五共和国派也已名存实亡。
某天地球上空出现了无数网球大小的孢子，这些孢子飘落到物体上便裂开，外表像蛇的生物从孢子中爬了出来。
其中一条“蛇”爬进了一间屋子里，并逐渐向一名熟睡的男子头部接近，然后从男子的耳孔爬入。男子随即惊醒，并且无法自制地五官扭曲，从口中发出“格格”的怪声。妻子因男子的怪异行为而惊醒，询问发生何事。而此时男子便静静地睡着了，不再有痛苦的表情或怪声，妻子也不再深究，不久亦入睡。
镜头一转，故事的主人公——平凡的高中生泉新一正在床上听着随身听，此时有一条“蛇”从窗外悄悄爬进屋中。但因为新一戴着耳机，“蛇”决定从鼻孔进入新一的头脑。新一因为有异物钻进鼻孔而打了个喷嚏，看到“蛇”的时候吓了一跳，并打算以报纸把那条“蛇”打死。正当新一全神贯注防备时，那条“蛇”突然跳向新一的头部，他本能地以右手阻挡，“蛇”于是钻进新一的右手里，并不断往上爬，新一立即以耳机的电线捆着手臂，阻止“蛇”的行动。就在这时，被新一房里的声响吵醒的父母走进房间，他们对新一所说的有蛇钻进他手中表示怀疑。新一亦在此时发觉右手已无异样，不觉得痛，因此也上床就寝。
到了早上，镜头回到被“蛇”钻进耳朵的男子，只见他在镜子面前，不断做着各种各样的奇怪表情。不久妻子叫他要吃早饭再去上班，该男子突然双手按著妻子肩膀，口中慢慢地吐出“吃…早…餐…”三字。只见男子的头部突然裂开，宛如盛开的百合，带着成排的尖牙，整个朝妻子咬噬而去，妻子顿时身首异处，血花四溅。
镜头回到右手被入侵的新一，自学校回家的途中，他的右手也开始变得怪异，例如自行变换形状、不听使唤地四处扰人等等。右手甚至在电车上惹火了一群不良少年，又自动把他们全部收拾了，新一感到异常惊愕。回到家后，他尝试以小刀插向右手，却发觉右手已没了感觉，而在此时，右手的食指和中指之间突然裂开，变成了一张淌血的嘴，中指和无名指变成了眼睛，那“右手”甚至口吐人言：“遗憾…我…右手…失败了。”新一问道自己的右手在哪，那生物表示右手被它吃掉了，新一打算再次以小刀攻击它时，它动作利落地把小刀接下并把部分刀片折了下来，射向新一背后的天花板，吓得新一浑身颤抖。它告诉新一自己还不太会说话，希望新一教他。
从此开始，新一就与这奇怪的生物共存，虽因无法向任何人吐露真相而非常困扰，他与这生物之间的关系却也渐渐起了微妙的变化。同时，这生物的同类也接连出现在他们面前……