一只黑灰斑纹的小猫奇奇跟丢母亲又找不到回家的路，在筋疲力尽之际巧遇一个跌倒的小男孩山田洋平和他的妈妈，小猫从此由男孩一家暂时照顾。因男孩家住在禁止饲养宠物的公寓，一家人还得费尽心机不让邻居发现小猫的存在，只是偏偏一直找不到新的饲主又和小猫日久生情。在经历某些事情之后，小猫也成为了家庭中的一员，最终一家人搬到允许饲养宠物的新公寓展开全新的生活。

讲述冈岛绿郎，本来是一位普通的日本公司职员，在一次运送公司违法资料的途中被绑票，期间向公司求助时被公司抛弃后在一个名为黑礁商会的佣兵船队里做见习水手的故事。故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市——罗阿那普拉（Roanapur）。黑礁商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各个黑帮势力，任务一般是在海上运送各种各样的“货物”或协助别人逃跑。黑礁商会主要的运输工具是一艘配备鱼雷的海上快艇。

本作包含大量对暴力和犯罪的描述，同时亦加插了些许黑色幽默。从故事的背景设定以至角色和其对白都可以看出作者对科恩兄弟和昆廷·塔伦蒂诺等导演，与及暴力美学的致敬。同时基于作者对枪械的浓厚兴趣，在黑礁里出现的各种武器和运输工具大部分都在现实中存在的。而在动画中对武器的描写也非常细腻，因此黑礁无论是漫画抑或动画均受一部分军事、枪械迷爱戴。

世界观设定

黑礁商会

罗阿那普拉当中小有名气的运输业者，与大部分组织的关系良好，目前成员只有四个人，主要的受雇工作内容大多都是以运输军火和窃取重要文件等非法物品运输业务为主。

莫斯科大饭店

俄罗斯黑手党，为罗阿那普拉众多黑帮中最强的势力之一。，在罗阿那普拉的分枝由巴拉莱卡带领，成员大多为前苏联红军。

三合会（中国香港黑帮三合会罗阿那普拉分部）

在罗阿那普拉担任调停以及联系各帮派的和事佬角色，与莫斯科旅馆和黑礁商会的关系良好。

暴力教会

当地的一家教堂，由神职机构以及慈善事业的掩护下进行军火走私以及毒品贩卖，为故事中当地最大且唯一被其他黑帮所同意下经营的军火供应商，所有神职人员都一律配带武器，此处为中立地带，任何擅自以武力攻击此处者都会遭受毁灭性的反击。

裴洛基欧家族

罗曼阿普拉的意大利黑帮，由于无法在当地占据有利地位而被祖国的总部施压，原本打算以汉赛尔与葛丽特打乱平衡，趁机占有一席之地，但计划失败后打算将双胞胎灭口，却反被汉赛尔与葛丽特全部铲除。

国家社会主义白人团结党

美国的少数派激进政党，信奉纳粹主义，企图建立新纳粹的势力。

鹫峰组

日本东京的黑道组织。

香砂会

和鹫峰组同为加盟和平会的黑帮。

真主党

存在于现实的伊斯兰教恐怖组织，为黎巴嫩的主流党派之一，立场上与以色列敌对，较为同情巴勒斯坦，因此多次与以色列隔空交火，甚至支持对以色列进行恐怖攻击的巴勒斯坦解放组织（PLO），令临近的沙特阿拉伯和约旦敌视。

本作品的主线原本重视校园格斗风格，讲述主角凪宗一郎及牧原鲍伯入读日本一所集合全国武术家子弟的统道学园，因而遇上的种种经历。凪宗一郎邂逅了校园内的武术顶尖高手枣真夜及枣亚夜，并加入了她们的柔剑部，与敌对的学园执行部发生一连串的抗争。谁知主角们平凡的校园角力中，原来蕴藏了一项规模远超乎想像的大阴谋。凪宗一郎开始接触到世界上各种“异能之士”，逐渐来到一个陌生的领域之中，更惊人的是他发现了原来自己亦是拥有异能之士。牵涉一场浩瀚百年之战的命运，正在等待着凪宗一郎与身边的人的脚步……

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