前传“Right of Left”
在“苍穹之战神”本篇(第一季)的一年前，不断隐匿自己从而躲避人类军和异界体(Festum)的追击的龙宫岛，即将遇上被Festum发现的危机。
尚未准备好战斗准备的龙宫岛，为了避过被Festum发现的危机而决定展开“L计划”，将岛的一部分、亚尔维斯的左翼部分“L区域”分离并开展为期2个月的远航，让敌人误以为该处是龙宫岛，从而保护本岛。
就这样，将陵僚及生驹祐未等8名少男少女，乘上“L区域”，并驾驶着对Festum兵器“Fafner Titan-model”投身于与Festum的战争中……
第一季
在一座落于太平洋的孤岛“龙宫岛”上，岛上的少年们在好奇心的驱使之下转开收音机，听到了未知者发出的声音：“你，在那里吗·(あなたはそこにいますか……)”。
在数年后的西历2146年，龙宫岛再次响起那把声音。有着金色外表、由硅所构成的未知生命“异界体(Festum)”袭击了龙宫岛，一口气摧毁了眼前的和平。 真壁一骑是个生长在日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的。但当Festum开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法芙娜(Fafner)和Festum战斗──在激战的彼端，等待着他们的究竟是希望还是绝望……剧场版“HEAVEN AND EARTH”
在北极的“苍穹”作战的两年后，龙宫岛恢复至平和的日子，直至有一艘属于人类军的军舰冲上龙宫岛的岸边、一骑等人发现船舰上有一名沉睡的少年后，导致他们又开始再次与Festum进行战斗……
第二季
西历2150年，在四年前的“第一次苍穹作战”后，“异界体(Festum)”依然残酷的摧残着人类仅存的生活圈。在当时，夏威夷生存圈正遭受Festum攻击，正当负责守卫及支援基地的人类军仍顽强扺抗之际，新联合国总部却发出“交战规定α”以数枚核弹将基地以及其所在岛屿给摧毁，但出现在该处的阿撒谢尔型Festum却未受太严重的伤害。在之后的一年，再次隐匿于世界中的龙宫岛出现“状况”。过去曾几度袭撃岛屿的人类军再次出现传来救援的讯号，而率领部队的纳雷因将军却无敌意表明希望让双方的“希望”能够见面……
登场机体
亚尔维斯制法芙娜
Zero Fafner(ゼロファフナー)→英灵型 Zero Fafner操纵者：里奈父母→西尾里奈、西尾晖(剧场版、第二季)→西尾里奈、镝木彗(第二季)神剑型试作机，定位为要塞突击型。人类最初完成的法芙娜也是所有法芙娜的始祖型，是罕见的双人驾驶机体。正式名称是“Fafner Aegir-model(ファフナー·エーギルモデル)”，开发编号为“AGX”。机体内蔵核聚变炉、Festum核心，以及统括机体同化和情报处理及防止被读心的齐格菲系统的雏型(因此机体为双人驾驶)。
由西尾行美所设计，只制造出一架的最原始机体。由于内藏齐格飞系统，给予驾驶员的负荷相当沉重，为了配合动力炉的尺寸，机体高度几乎有近百米，机体搭载了大量武装，包括手掌部分的振动共鸣波及手臂部分的激光炮阵列。行美的儿子夫妇担任测试驾驶员，但是由于机体失控的意外，除了驾驶员还波及许多人牺牲。经过这个意外之后，行美便从第一线退下，将之后的开发工作交给日野洋治及光弘·巴特蓝，而此机体被放弃作为兵器使用，机体改装成亚尔维斯的辅助系统封印在龙宫岛内。
原为西尾里奈、西尾晖之父母驾驶，但他们因启动测试失败、被核心同化而死。在剧场版中由西尾里奈、西尾晖驾驶，在最终决战时卷入大爆炸中，生死不明，于第二季“EXODUS”中确认存活，在第24话中已经过改造并加装了卡农式加速器，拥有容纳和重现两名驾驶员各自的SDP的能力。
由于西尾晖遭受过度同化现象而全身结晶化宣告阵亡，故副驾驶由镝木彗接手，与里奈一同投入对抗亚特兰提斯星核和新联合国的最终决战。
Fafner Titan-model(ティターン·モデル)
于“RIGHT OF LEFT”登场的机体，机体颜色为红色。是神剑型实验机。经由日野洋治及光弘·巴特蓝的努力，将行美的理论与Festum的特质融合并开发的机型。他们成功精简动力炉，使机体缩小到第一型(Zero Fafner)的一半，共计制造了四架进行测试。因此驾驶者需轮流操作。
由于机体内藏齐格飞系统的组件，所以体积相比神剑型更为巨大。在开发当时因Festum在水中会无法结晶化的关系，因而设计成可以在水中活动以便在紧急时逃生。机体内部藏有气化爆弹“芬里尔”，由于威力强大，所以大多在自爆时使用。
因机体内藏齐格飞系统，Titan-model的驾驶员会较神剑型驾驶员更早出现同化现象。正因如此，此机型只有是极短的活动时间，操作时间限制为15分钟(平均一名驾驶者使用450秒)。主要武装为短剑型磁道枪及腕部内藏机枪和导弹。开发编号是TSX。
神剑型法芙娜(ノートゥング·モデル)
亚尔维斯开发的法芙娜，全高约35米。参考近藤彩乃的提案，将法芙娜与齐格飞系统分离的实战型。由于提升人体与机体的融合程度，可以进行细部的动作，但是这种机型会选择驾驶员，因此机体与驾驶员必须共同开发，而必须与艾贝利希机关携手合作。驾驶员必须要在染色体中具备特殊因子，且能够在脑内形成协同线路，因此驾驶员大多都是十多岁的青少年。机体内部藏有气化爆弹“芬里尔”，由于威力强大，所以大多在自爆时使用。驾驶员在驾驶机体时会透过“尼伯龙根系统”以精神控制进行操作。
经由协同线路驾驶法芙娜时的最大问题，就是驾驶员“除了驾驶之外的多余思绪与感情”。只要法芙娜的操纵程序越精密，驾驶员的多余思绪及感情就越会成为干扰因素，使得法芙娜的动作失控。为了避免这些干扰因素，皆城公藏的提议是“将人类所有的思绪或感情予以资料化”。借由这庞大的数据库，法芙娜得以分辨出“想要操纵的意志”以及“除此之外的思绪或感情”，而且还能不断检验“与驾驶无关的思绪或感情”，主动学习哪些是“想要操纵的意志”，使得该架法芙娜更能配合驾驶员的性格。因此这是一种能够“与驾驶员共同成长”的机型，只要相同的人驾驶相同的机体战斗，其动作跟速度都将飞跃性地提升。装甲板的构造是外层为陶瓷素材、内层为混合金属，并于中间夹入水银状液体的积层式装甲板。在受到战斗匕首之类的武器攻击时，陶瓷部分毁损并且金属部分遭到切开之后，液体部分将会硬化以吸收武器的破坏力。
与Titan-model最大的分别在于神剑型的机体内部并没有装上齐格飞系统。此本是为了减低齐格飞系统对驾驶员的负担而实行的处理措施，但之后因妙尼尔带来的资料解决了此问题的关系，而在第一次苍穹作战中将齐格飞系统的原型分割成四份，并装设在参与作战的四部法芙娜内。
龙宫岛上的法芙娜皆为此类型。设定上总共开发13机，小说版内容提及龙宫岛制造12机，动画第一季实际出场仅9机，直到剧场版“HEAVEN AND EARTH”中，才完整呈现出未曾登场之机体。而机体编号是使用德文数字命名，以罗马数字的方式漆于左膝以及背部。
在第二季中，在艾梅莉到访“女神的岩窟”、亚尔维斯获得了复数的新的核心后，现存的神剑型法芙娜和新造的第三改良型神剑型法芙娜SS开始有了新的变化(获得了与救世主型法芙娜类似的永劫导电回路)和拥有与Festum力量相同的超次元现象(Super Dimensional Power，简称SDP)。SDP的效果是对应个别驾驶员，当他们换乘其他机体时会带着原本的SDP过去而且会时弱化，只有原机才能发挥出最大的效能，驾驶员即使不驾驶法芙娜也能发动SDP，并会随着时间逐渐出现与过去不同的新同化现象(症状见个别角色项);织姬指这是星核守护了驾驶员们免于因过去的同化现象而死，但代价就是他们的肉体会逐渐变异。
Fafner Mk.I(Mark Eins)(ファフナー·Mk.I)→英灵型 Fafner Mk.I(Mark Eins)操纵者：皆城总士(RIGHT OF LEFT)→日野道生(第一季第23话)→雷加德(第三季)与Zwei、Drei及Elf为同型的机体，定位为泛用格斗型。机体颜色为银灰色。
皆城总士曾于“RIGHT OF LEFT”时试乘，但最后失败。机体于第一季因道生启动了“芬里尔”系统而自爆，道生的驾驶舱虽然弹射出去但遭伊敦的Mark Nicht抓住，并砸烂其头部。在第二季结尾到第三季之间重新制作出来并经卡农在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据改造成英灵型法芙娜，但在马里斯·艾克赛西亚带走两个世界语者孩童及当时年约两岁的皆城总士叛逃出海神岛时被雷加德给入侵并抢走本机Fafner Mk.II(Mark Zwei)(ファフナー·Mk.II)→英灵型 Fafner Mk.II(Mark Zwei)操纵者：藏前果林→真壁一骑(第三季)→马里斯·艾克赛西亚(第三季)与Eins、Drei及Elf为同型的机体，定位为泛用格斗型。机体颜色为藏青色。
机体曾于“RIGHT OF LEFT”登场。于第一季第1话因操纵者死亡而并没有出动，亦是唯一一部于“苍穹之战神”本篇中没有参与任何战斗的机体。其后机体的零件被用于修复在第一季第2话中受到严重损坏的Elf。在第三季中经卡农在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据改造成英灵型法芙娜，被一骑所驾驶并阻止马里斯·艾克赛西亚带走两个世界语者孩童及当时年约两岁的皆城总士却失败，但之后在一骑与其他人一同毁灭玛莱斯贝洛与马里斯共同建立的伪龙宫岛时被马里斯·艾克赛西亚抢走本机Fafner Mk.III(Mark Drei)(ファフナー·Mk.III)→英灵型 Fafner Mk.III(Mark Drei)操纵者：要咲良→卡农·梅芬丝(第一季第25-26话)→要咲良(Heaven and Earth、TV版第二季)与Eins、Zwei及Elf为同型的机体，定位为泛用格斗型。机体颜色为橙色。在Elf不在时，在与Fünf及Acht的队伍中负责主要的近战攻击。
剧场版中在最终决战时机体被击坠而卷入爆炸中，但咲良于第二季“EXODUS”中确认存活。
在第二季中初在咲良退下前线后用作无人机“骑兵型(トルーパー·モデル/Trooper Model)”的遥控终端实验机的研究，在第13话与Azazel型的战斗中，诱发出机体能让骑兵型法芙娜使用出分身的能力。
在第19话经卡农在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据改造成英灵型法芙娜Fafner Mk.IV(Mark Vier)(ファフナー·Mk.IV)→英灵型 Fafner Mk.IV(Mark Vier)操纵者：春日井甲洋
与Acht为同型的机体，定位为中距离支援型。机体颜色为灰色。
于第一季第9话因要救出驾驶者而放弃机体，之后机体被新联合国回收，并将驱动核转移至Mark Nicht。于剧场版中甲洋化为核心，以输入操作资料操作。之后被Mark Nicht击毁。
第二季第20话将海水转换成机体突然出现，同时解救被Azazel型抓住的天照。
操纵着对Festum带有毒效果的黑洞能力的法芙娜，目前出现的攻击应用是射击黑洞形式的子弹及炮击，或是以变形黑洞形式增幅剑型武器。
在第二季第25话经卡农在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据改造成英灵型法芙娜Fafner Mk.V(Mark Fünf)(ファフナー·Mk.V)操纵者：小楯卫→堂马广登(Heaven and Earth、TV版第二季)防御特化型机体。机体颜色为紫色。能使用装备于机体前方展开屏障，还能在装备展开时发动攻击。
机体在与新型种的人面狮身型Festum战斗时被破坏。于剧场版中被修复，并由堂马广登操纵。
第二季第15话时被新联合国的达斯汀以交战规定α射中机体驾驶舱而让其驾驶死亡，此机体而被拆解带走。其驱动核转移至新型的救世主型。
Fafner Mk.VI(Mark Sechs)(ファフナー·Mk.VI)操纵者：羽佐间翔子
与Sieben为同型的机体，定位为空战型。机体颜色为白色。机体背部装有飞行用推进器。
机体于第一季第6话中原本是准备交给人类军的，但是在Festum袭来时由翔子自愿搭乘来勉强出击。在准备和战斗经验均不足的情况下翔子选择与Festum同归于尽而自爆。
Fafner Mk.VII(Mark Sieben)(ファフナー·Mk.VII)→英灵型 Fafner Mk.VII(Mark Sieben)操纵者：远见真矢
与Sechs为同型的机体，定位为空战型。由于机体的颜色会使用最适任驾驶员的心理识别色，因此Mark Sieben使用真矢内心的颜色“紫色”。因为真矢的适性，机体装备了长距离射撃武器“龙牙”，担任长距离狙撃的支援;可借由Mark Sein的协助为狙击枪强化火力，并在第一季结尾摧毁北极星核。
Mark Sieben装载比一般法芙娜来得强力的垂直升降引擎，相对的没有战斗或紧急回旋用的推进器，一般的最高飞行速度为时速1680公里。实际上升极限为20000m，巡航速度为时速640公里。不过根据驾驶员的状态，也可能会发挥超乎平常的能力。例如在(第一季)第6话中，羽佐间翔子的神剑型法芙娜便激发出高于平常的能力，不只能抓起人面狮身型Festum飞到上空，甚至产生出高于火龙飞翼或是诺伦的推进力。这并非线路强度的影响，而是将压抑住的感情发挥到极限，也代表驾驶员意志的强度。
在第二季第25话经卡农在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据改造成英灵型法芙娜，而其能力是能作出多重锁定敌人。
Fafner Mk.VIII(Mark Acht)(ファフナー·Mk.VIII)→英灵型 Fafner Mk.VIII(Mark Acht)操纵者：近藤剑司
与Vier为同型的机体，定位为中距离支援型。机体颜色为绿色。
在第二季中在剑司退下前线后被用作无人机“骑兵型(トルーパー·モデル/Trooper Model)”的遥控终端实验机的研究。在第20话与Azazel型的战斗中，诱发出能修复其他机体损伤的能力。
在第19话经卡农所留下在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据的设计图改造成英灵型法芙娜，其能力能透过自机控制的骑兵型法芙娜遥距使用。
在最终决战前，为了配合剑司操作齐格飞系统，便将该系统移植到八号机上头。
Fafner Mk.IX(Mark Neun)(ファフナー·Mk.IX)→英灵型 Fafner Mk.IX(Mark Neun)操纵者：西尾里奈(Heaven and Earth、TV版第二季)第一季未登场的机体，首次于剧场版登场。Mark Acht的同型机，定位为中距离支援型。机体颜色为卡其色。主武器为火焰喷射器“沙罗曼达”。
在第7话与Azazel型的战斗中，诱发出机体能使用同Mk.Sein一样的同化能力来强化武器。
在第19话经卡农所留下在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据的设计图改造成英灵型法芙娜Fafner Mk.X(Mark Zehn)(ファフナー·Mk.X) →英灵型 Fafner Mk.X(Mark Zehn)→Fafner Mark alles操纵者：西尾晖(Heaven and Earth、TV版第二季)→真壁一骑(第三季)第一季未登场的机体，首次于剧场版登场。Mark Acht的同型机，定位为中距离支援型。机体颜色为灰色。主武器为长距离射撃武器“龙牙”。
于剧场版时自爆，在自爆前被甲洋救出。在第二季中重新制作出来应战。在第三季中经卡农在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据改造成英灵型法芙娜，被一骑所驾驶并用自身力量将本机改造成救世主型法芙娜Fafner Mark allesFafner Mk.XI(Mark Elf)(ファフナー·Mk.XI)操纵者：真壁一骑
与Eins、Zwei及Drei为同型的机体，定位为泛用格斗型。机体颜色起初为天蓝色，在修复后颜色与Zwei一样。
于第一季第2话中受到严重损坏，之后使用Zwei的零件修复。在被新联合国俘虏后其驱动核转移至Mark Sein。
Fafner Mk.XII(Mark Zw·lf)(ファフナー·Mk.XII) →英灵型 Fafner Mk.XII(Mark Zw·lf)操纵者：立上芹(Heaven and Earth、TV版第二季)第一季未登场的机体，首次于剧场版登场。Mark Drei的同型机。机体颜色为紫色。
主武器为适合其特性、安装于机体头部的特殊武器，除了可以加速冲撞敌人外，撞击目标后也可发射爆震波造成更大的二次伤害，或者发射能量炮对付中短距离敌人。
在第7话与Azazel型的战斗中，诱发出机体能使用跟Mark Sein和Nicht类近的自我再生和像人面狮身型一样能力的黑洞。
在第19话经卡农所留下在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据的设计图改造成英灵型法芙娜，24话显示其同化、再生能力足以抵抗迪亚波罗型的侵蚀，但在围攻下还是被压制在地上而不能动作。
最后芹为了履行与织姬一同守护龙宫岛的约定，连人带机与龙宫岛一同下沉，等待着未来龙宫岛重新被唤醒的那一天到来。
Fafner Mk.XIII(Mark Dreizehn)(ファフナー·Mk.XIII)→英灵型 Fafner Mk.XIII(Mark Dreizehn)操纵者：羽佐间卡农(Heaven and Earth、TV版第二季)→来主操(TV版第二季第24话)第一季未登场的机体，首次于剧场版登场，定位为格斗战特化型。机体颜色为红色。
在第二季初被用作无人机的研究，在第13话与Azazel型的战斗中，诱发出机体能预测未来的能力。
因为卡农消失所以没有改成英灵型，但依然持续有进行改良，后来成了操的乘机。操驾驶时的SDP为时间流动大幅减慢，他将之称为“让他看到许多个‘现在’”。
在第三季中经卡农在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据改造成英灵型法芙娜第三改良型神剑型法芙娜SS(第三改良型ノートゥング·モデルSS(ダブルエス))第二季登场的新系列神剑型法芙娜。目前只有三部机体。
Fafner Mk.XIV(Mark Elf改)“须佐之男”(ファフナー·Mk.XIV改，スサノオ) →英灵型 Fafner Mk.XIV [须左之男]
操纵者：御门零央
第二季登场的机体，以Mark Elf为原型而制造的新机体。临时登录名为“魔雾(フェート·フィアダ)”。机体颜色于初时为紫色，其后按机师意愿改为黑色。
在第7话与Azazel型的战斗中，诱发出机体能使用瞬间移动的能力，一开始仅限于自身的短距离瞬间移动与闪避(不太消耗体力)，后来可将自身连同周遭友军传送到稍远处的友军据点(使用后会有一段时间进入重度疲劳状态)。
在第19话经卡农所留下在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据的设计图改造成英灵型法芙娜Fafner Mk.XV(Mark Fünf改)“月读”(ファフナー·Mk.XV改，ツクヨミ) →英灵型 Fafner Mk.XV [月读]
操纵者：水镜美三香
第二季登场的机体，以Mark Fünf为原型而制造的新机体。临时登录名为“逆光剑(フラガラッハ)”。机体颜色于初时为紫色，其后按机师意愿改为粉色。
在第7话与Azazel型的战斗中，诱发出机体的神盾装备能像圣甲虫型一样反射敌人的攻击的能力，并能以装备制造屏障困住敌人，或者类似圣甲虫R型的扭曲力场绞碎敌目标，美三香称之为“高拜瞬闪”。
在第19话经卡农所留下在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据的设计图改造成英灵型法芙娜Fafner Mk.XVI(Mark Sechs改)“天照”(ファフナー·Mk.XVI改，アマテラス) →英灵型 Fafner Mk.XVI [天照]
操纵者：镝木彗
第二季登场的机体，以Mark Sechs为原型而制造的新机体。临时登录名为“命运石(リア·ファル)”。机体颜色为白色。
在第7话与Azazel型的战斗中，诱发出机体能于战斗时将收藏于武器库的武器瞬移至机体手中或者直接插在目标身上自动攻击的能力。能传送的不止实体物，能量体也可以。
在第19话经卡农所留下在未来的新型法芙娜Einherjar Model数据的设计图改造成英灵型法芙娜第四英灵型(Einherjar Model)神剑型法芙娜
虽然外观构造类似神剑型，但设计概念与在这以前的所有法芙娜完全不同，为用尽所有(包括已知和正在研究中)能抵抗和减缓同化现象的手段(统称“卡农式加速器”)让驾驶员“能驾驶法芙娜多一点”、着眼于减少驾驶员消耗和负担同时加强机体性能和SDP效果的方向。同时机体内设置了能让驾驶员与法芙娜核心同步的系统，似是能用以与戈尔迪亚斯结晶柱群和龙宫岛的星核共享某些情报。
·头部传感器构造为透明护罩内包多个大型镜头(现行机都采用大量小型传感器组成的复眼式阵列)，颜色为红色。肩甲下方装有疑似辅助推进器的构造。
·在卡农的预知未来里初次出现时，全机泛著有如Festum一般的金色。
第二季17话由卡农预知未来后，在自己消失前将所得到的改造数据资料并加以设计成新一代法芙娜，其名为英灵型法芙娜，并把此机型的设计并留下给亚尔维斯。
第二季19话中在Walker袭击龙宫岛时亚尔维斯动员所有人力在一个月内依照卡农所留下的设计图将除了Mark Dreizehn外的神剑型法芙娜改造成英灵型神剑型法芙娜，其机体能力不变只大幅降低驾驶者同化副作用及加强驾驶者机体能力。在第三季时所有神剑型法芙娜都被改造成英灵型法芙娜骑兵型法芙娜(トルーパー·モデル)
第二季登场的新系列量产型法芙娜，是神剑型的无人机，机体体型相比神剑型较小和拥有不用装备火龙飞翼就能飞行。机体经由驾驶载人型法芙娜的驾驶员透过斯雷普尼尔系统遥距操控，目前只有八部。武装为拥有与剑型磁道枪同等机能的长剑和左手臂的与Mark Fünf同等机能的神盾装备。在第三季中已开发出六部骑兵型的衍生型号突击型(是胸部内置Mark Fünf同等机能的神盾装备的“突击型”，并通过合作部署可以展开出与Fafner Mk.XV [月读]相同的“制造屏障困住敌人”的超次元现象(Super Dimensional Power，简称SDP))。
人类军制法芙娜
巨兽型(メガセリァ◇·モデル，Megatherion Model)新联合国所生产的法芙娜。全高约43m。量产型机体，在世界上只制造了800架。于作中主要驾驶者为日野道生，其机体的颜色为蓝色，更刻有编号“666(TRIPLE SIX)”。而量产机的机体颜色为灰色，并于最终话登场。机体识别号码为“J-013”。
机体名来自《圣经》启示录中登场的“巨大野兽”。
相比红衣魔女型及灵智型，此机拥有更厚重的装甲，在形成协同线路时会造成很大的心理压力，要是精神不够强韧便无法驾驶。
红衣魔女型(ベイバロン·モデル，Babalon Model)新联合国所生产的法芙娜。全高约38m。量产型机体，在世界各地上大约只有200架。于作中主要驾驶者为卡农·梅芬丝，其机体的颜色为红色。而量产机的机体颜色为灰色，并于最终话登场。机体识别号码为“J-017”。
机体名来自《圣经》启示录中登场的巴比伦大淫妇。意味着拥有强大力量的“红衣魔女”。
相比巨兽型及灵智型，此机体相当的轻巧灵活，是一种适合女性来操作的机型，因此此机型被称为“红衣魔女型”，而机体颜色大多是红色。
灵智型(グノーシス·モデル，Gnosis Model)新联合国所生产的泛用法芙娜。全高约20m，机体颜色为深绿色。
此为人类军最基本的机型，在世界各地大约制造了30000架，在各部队中算是标准配备。
机体的右手为机关炮，左手为磁道炮。因机体拥有模拟协同线路，即使不是适任者，只要接受过某种程度的学习和训练便能操作。在对Festum的战争中被用作新联合国的主力。
救世主型法芙娜(ザルヴァートル·モデル)
第一季登场，为了与Festum的最终决战而开发的最新型法芙娜，移植了神剑型的驱动核。此机型共开发了两部机体，各自拥有同化机能并拥有超高的机体性能，均优于亚尔维斯所拥有的神剑型。
虽然此机型的开发者为日野洋治及光弘·巴特蓝，但他们的设计思想却不同。洋治的设计目的为尽可能使更多的士兵(操纵者)能够生存，而光弘的设计目的则为尽可能消灭更多的敌人(Festum)。
因机体内藏齐格飞系统，操纵者会出现加速同化现象的副作用，一旦操纵者被同化，机体便会自行启动芬里尔系统并将机体炸毁，也为了不被任何人得到这项技术，芬里尔的量足为其他量产机体的三倍之多。
在第二季初，两部机体因过于危险而被分别封印，并打算在取出机体核心后分解，但在拆除了限制器而尝试取出核心时，因机体的外部机材自行同化以修复被破坏的部分而告终。其后在日野美羽及派遣部队进行岛外派遣时，因察觉美羽及部队会遇到危险而觉醒的皆城织姫命令一骑及总士驾驶Sein及Nicht前往支援而解除封印。
在第二季第20话时人类军利用广登的Mark Funf成功开发出第三台救世主型 Mark Raison，问题是一般驾驶上坐上去马上会被同化，因同化同时绘导致人格会大幅度的崩溃，为应对此问题他们使用了“人偶(Puppet)”
Fafner Mk.Sein(Mark Sein)(ファフナー·Mk.Sein(マークザイン))操纵者：真壁一骑→日野美羽(第三季)
Sein在德文中意为“存在”。
本机体由日野洋治的团队所设计，原本预计给日野道生使用，后来因为道生操作法芙娜的年龄上限而一度作罢;又由于伪装为真壁红音的妙尼尔与洋治接触，洋治将本机体借由妙尼尔之手托付给一骑。
只有一骑可以驾驶Mark Sein。驱动核转移自Mark Elf，原来的外观类似于Mark Nicht，在一骑初次驾驶后因为与Festum首次同化而发生了变化。
至今的法芙娜只需要成为“不同的自己”就能操纵，但Mark Sein的驾驶员必须成为“不同的事物”才能发挥同化能力。比方说“是否能接受自己的手变成一把枪”，一骑是在战斗的意志、对总士的信任、加上与他共同感受一样的知觉，才能承受得住这种状态。将这种状态继续演变，只要能够接受“存在本身化为另一种事物”的感觉，Mark Sein将更加发挥出它的实力，然而一骑将会无法承受这种状态。
另外驾驶Mark Sein会使得同化现象持续进化，也代表着更加接近死亡。后根据一骑在第二季第一集表示，由于驾驶Mark Sein，他的寿命仅剩余约三年的光阴。
Fafner Mk.Nicht(Mark Nicht)(ファフナー·Mk.Nicht(マークニヒト))操纵者：狩谷由纪惠(第一季第23话)→伊敦→来主操(Heaven and Earth)→皆城总士→转生的皆城总士(第三季)Nicht在德文中意为“不存在/虚无”。
本机体由光弘·巴特蓝的团队所设计，本来打算让狩谷开始操作该机体，但是因为伊敦入侵然后杀死狩谷后将控制室给砸烂导致光弘·巴特蓝因此丧生;之后由于多次战斗中不断易主，最后落入亚尔维斯军的手中并封印到石棺内。
由于与Mark Sein同为用作最终决战兵器的机体，因此对于驾驶员的身体负担很重，驾驶员的意志力将会左右机体的攻击力。Mark Nicht比Mark Sein更加重视威力，加上装甲也更为强化，因此需要极高的线路形成值，座位后方也装有形成线路所需的强化元件。TV故事中的造型与Mark Sein的原本外观相同，但颜色为黑色，驱动核转移自Mark Vier。剧场版中由Festum所重现的机体外型大幅改变，带野性感的外型，颜色为紫色配有部分绿色发光部位。
Fafner Mark Raison(Mark Raison)(ファフナー·Mark Raison(マークレゾン))操纵者：远见真矢(测试驾驶员)→强纳森·光弘·巴特蓝(亚特兰提斯星核)Raison在德文中意为“存在目的/理由”。
《EXODUS》时人类军利用Mark Funf成功开发出的第三台救世主型，由赫斯特·盖洛普的团队主导开发。
一般驾驶员坐上去马上就会被同化，即使换成人偶也会在驾驶过程中因同化而人格崩溃，赫斯塔于是想到了让龙宫岛的驾驶员上去驾驶测试机体，遂派遣达斯汀部队捕获亚尔维斯的神剑型，而实际上担任测试驾驶员的真矢(实为战俘)也的确承受到住同化现象并成功启动它。
但在第23话本机理所当然地又被亚特兰提斯星核给夺去，并成为Vagrant的媒介。拥有与Mark Sein类似的同化攻击强化能力，透过与Vagrant连结更能作出广域光线、展开虫洞吸收目标等的攻击。武装可谓集过去所有法芙娜系列之大成，加上Vagrant的辅助更可谓万夫莫敌，龙宫岛的法芙娜部队完全不是它的对手。
Fafner Mk.Alles(Mark Alles)(ファフナー·Mk.Alles(マークアレス))操纵者：真壁一骑
Alles在德文中意为“全部”。背后有超越Mk.Sein及Mk.Nicht以及最后的法芙娜之意。
真壁一骑最终座机。
王座型(トローンズ·モデル，Thrones Model)于第二季登场。大队指挥官的机体。人类军最新锐的法芙娜之一，是巨兽型的后继机。型号名来自“座天使(拥有多眼之天使)”。
须同时维持与尼贝隆根系统的连结、以及掌握系统回传的各机状况资料，因此会对驾驶员会造成强烈的负担。因是巨兽型的发展后继机，在形成协同线路时一样会有很大的心理压力。机体具有能远距离强行启动各下属机的芬里尔系统的能力，用途与亚尔维斯的齐格飞系统颇为相似。
于作中空战型的王座型法芙娜称为“拉斐尔”，而陆战型则称为“圣德芬”。外观上最大的特点是背部的六枚翼式推进器，左臂外侧还装有大型格斗爪。常用武器为外装多种装备的步枪、镭射狙击步枪、腕部内藏类似拳刃型磁道枪的等离子手枪。
宰治型(ドミニァ◇ズ·モデル，Dominions Model)于第二季登场。中队指挥官的机体。人类军最新锐的法芙娜之一，是救世主型的大量生产型，但因内藏的核心的出力不足，远不及Sein或Nicht。型号名来自“主天使(任务控管的天使)”。
移植的Festum因子的状况良好，又能抵挡同化促进，且有着统领其余三机战斗的优秀续战力的人，唯有同时满足这三样条件才能搭乘的机体。
于作中空战型的宰治型法芙娜称为“加百列”。常用武器为外装多种装备的步枪、射钉枪和类似剑型磁道枪的等离子步枪、腕部内藏类似拳刃型磁道枪的等离子手枪。
力能型(パワーズ·モデル，Powers Model)
于第二季登场。一般机体。人类军最新锐的法芙娜之一，是灵智型的后继机。型号名来自“能天使(巡视并警戒着恶魔入侵的天使)”。
即使是非适性者也可以透过移殖因子与同化促进剂勉强当上驾驶员，为了能让更多人可驾驶，加装了能增强驾驶员适性的系统，因此比其他机种大了一圈。但是驾驶员结晶化的几率很高，亦很容易因无法发挥抗同化机能而成为Festum的饵食。是以用于可大量动员的警备兵为前提所制造的机体。
于作中陆战型的力能型法芙娜称为“奥林比亚天使”，而第2话比利所驾驶的空战型则称为“艾瑞尔”(两机不同的地方只在于机体肩部的飞行配件)。主武器为机体安装在肩甲下方的右侧为5000发机关炮、左侧为60发的导弹吊舱还有挂在肩甲上的一把单刃高热链锯剑。
本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。
地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。
在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。
P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。
故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。
在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。
本剧设定在2000年9月13日，南极大陆上发生大爆炸，造成南极的冰川融化、地轴扭曲，随之而来的海平面上升、全球气候异常，加上后来引发的战争等因素，导致世界人口减半。随着接连不断的大规模战争结束，各国军队编入“国联”军队。此次侵袭人类的大灾难被称为第二次冲击，“国联”发表的大灾难原因是“大质量的陨石撞击南极”。实际上却是为了在其他使徒觉醒之前将第一使徒亚当还原成卵的结果，而秘密组织SEELE凭借其巨大影响力隐瞒了事实真相。
SEELE经由《死海文书》获悉了相关讯息，事先采取了一系列措施。使徒拥有强大的A.T.力场(绝对领域)，一般的武器无法消灭它，为阻止使徒毁灭人类而设立Gehirn开发泛用人型决战兵器——人造人Evangelion(简称：EVA)，并且建立起要塞都市——第3新东京市，也是Gehirn总部所在地。Gehirn之后改组为NERV，全力推行人类补完计划。
剧情
剧中的2015年，在被称为“第二次冲击”的全球大灾难过去十五年后，14岁的碇真嗣应其关系疏远的父亲碇源堂的要求来到了未来都市第3新东京市。其父正是特殊准军事组织NERV的司令。在抵达这个城市后，真嗣目击了作战部队对不明物体“使徒”的作战。死海古卷曾预言过使徒这种巨型怪物的觉醒，而NERV的巨型人形生物兵器EVA是唯一能阻止使徒毁灭人类的武器。为了驾驶这种人形兵器，驾驶员必须在EVA内部与其进行神经系统的同步。NERV成员葛城美里护送真嗣进入NERV复杂的地下都市，在那里真嗣的父亲迫使他驾驶EVA初号机对阵使徒。
没有受过训练的真嗣在战斗中很快就被打倒，进而使得初号机失控，并自行野蛮地消灭了使徒。经过住院治疗后，真嗣搬到美里住处并开始在第三新东京市的定居生活。在第二次战斗中真嗣在情绪激动下不顾命令摧毁了一个使徒，但之后被指责而产生负面情绪，并试图逃跑。
最终真嗣面对美里并决定继续担任驾驶员。与此同时，此前在实验中受损的EVA零号机已被修复，而真嗣试图与其驾驶员——神秘而冷漠的14岁女孩绫波丽交流。美里制定的一项名叫“屋岛作战”的作战计划成功的击败了另一个使徒，但驾驶EVA零号机的绫波在战斗中受伤，而真嗣也险些丧命。
NERV的首席科学家赤木律子告知真嗣，被称为第二次冲击的那场全球大灾难并不是像正式报告中提到的那样由流星撞击南极洲造成的，而是第一个出现在地球上的名叫亚当的使徒在南极引发的爆炸。在打倒海上出现的使徒后，EVA二号机的驾驶员——一个同样14岁的女孩惣流·明日香·兰格雷，也搬来同美里和真嗣住在一起。之后真嗣同明日香一起联手击败了一个会分身的使徒。
真嗣班上一个名叫铃原冬二的男孩被选作EVA三号机的驾驶员，但在他第一次进行同步测试时，三号机突然被使徒控制。在真嗣拒绝同被认定为使徒的三号机战斗后，他驾驶的初号机被切断操控，并由独立的模拟插入栓系统所取代，因而初号机野蛮地撕开了三号机并压碎了载有冬二的插入栓。真嗣在这次与被迫对冬二驾驶的三号机进行的作战中心受重伤，并暂时退出驾驶EVA，但为了消灭之后新出现的已经接连打倒明日香和丽的使徒而被迫回归。在接下来的战斗中，明日香因为被使徒进行了心理攻击，失去了自信心陷入了精神崩溃。丽为了救真嗣而启动零号机的自毁系统与使徒同归于尽。当美里和真嗣之后前往医院时，在那里发现还活着的丽，但其自称是“第三个丽”。美里迫使律子透露NERV的黑暗另一面，EVA墓地以及模拟插入栓系统是使用丽的克隆人来运行的。
明日香因意志消沉，精神彻底崩溃而昏迷，来自Seele的少年渚薰取代她成为贰号机的驾驶员。真嗣最初同薰成为好友，但之后发现他其实是最后的使徒。薰与真嗣战斗，并在见到封印在地底深处的莉莉斯之后发觉自己遭到人类欺骗，并且意识到如果人类要茁壮成长，他自己就必须死。他要求真嗣杀了他。而真嗣在犹豫过后最终杀死了薰。这一行为引发了人类的强制进化，被称为“人类补完计划”，所有人类的灵魂都将被合并成一个。在最后一集中，真嗣的灵魂在精神上扭转了他自身存在的理由，并达到一种顿悟，使他能够摧毁整部片中折磨着他的由消极态度和情感所组成的墙。在结尾，真嗣笑着感谢大家，而其他人也都为他鼓掌。