十七岁的高中生——土见禀生活在一个有着两道门将神界和魔界与人间界连接的一个世界中，神族、魔族和人类快乐地和平共处。在《SHUFFLE!》的设定中，神和魔并不是一般定义上的神或者魔的存在，而只是单纯地做为两个种族的名字。“神族”是一群有着稍微突出的耳朵并且并且能使用神族法术（例：治愈术）的种族，而“魔族”是一群有着瘦长且突出的耳朵并且可以使用“魔族”法术（例：破坏术）的种族。

有一天，有两个家庭突然搬到他的隔壁来了。那两个新邻居，竟是神界的神王、与魔界的魔王的家族。而更让人惊奇的是禀居然同时成了两位公主莉希安瑟丝&奈莉奈的结婚候选。而这一切的原因都来源于禀和两位公主在小的时候的初会，虽然只有那一小段短暂的时间。但是少女们并没有遗忘那时的回忆，还将那回忆深藏在心中。而随着两位公主的到来，接踵而至的事件让禀的生活再也不平静，并将禀的青梅竹马芙蓉枫和朋友也卷了进来。

“可以成为神或恶魔或是凡人的男人”。在朋友们挖苦与羡慕的眼神下，禀的崭新的生活开始了。

主角们都是在光阳町居住及活动的。

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初中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个“旁观者”的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。他唯一的朋友，是在梦中空想的时空神宙斯，连带着其小使魔姆鲁姆鲁。在日益的交流下，宙斯对于雪辉的价值观感到相当有趣，决定正式推行某个计划。

一天，天野雪辉发现手机的日记出现了不应出现的内容，这日记竟然记录了未来发生在雪辉身边的事，包括考试内容和遇到的危险等，拥有绝对预知的能力令雪辉感到大为欢乐。然而，雪辉亦发现自己被一位神秘的同班同学──我妻由乃纠缠着，而对方亦知道宙斯的存在，甚至也有一部未来日记，记载的是预知雪辉所有动向的“雪辉日记”。之后，宙斯将拥有未来日记的十二个人召唤到“因果律大礼堂”说明自己的计划，原来是因为掌管时空的宙斯寿命即将到达尽头，因此要利用“未来日记”来选出一位继承自己的人。游戏规则为：未来日记持有者要循着自己手上能预知未来的日记，找出其他的持有者，并展开你死我活的生存游戏，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。由于雪辉的日记有强大的无差别特性，他旋即被众人视之为头号歼灭目标。真正站在他这一边的，就只有疯狂追随的我妻由乃。

被宙斯编号为1st的天野雪辉和2nd的我妻由乃，就此一同邂逅其他持有者，亦在机缘下牵连了身边的同学和一位刑警等等。于充满背叛和苦衷的言辞中，雪辉多次在战斗中倒下，只能倚赖由乃的高度战斗力，然而我妻由乃不时显现出过分病态的一面，令雪辉不时怀疑我妻由乃的可靠性。随着游戏发展，雪辉惊觉这个一直在身边“扶持”的女孩，可能隐瞒了许多惊天动地的真相。这除了动摇雪辉的信任外，亦使他不得不直接面对世界崩坏的大事……

这是一个从世界毁灭开始的故事——星宫映司，曾经许下了“毁灭世界”的愿望。十年前，世界遭受原因不明的大规模破坏而一度濒临灭亡。那其实是映司年幼时的“愿望”，在偶然间实现所造成的后果!

具有将“愿望”化作“能力”的能力者“ORDER”正横行于世界。而在与转学生红铃相遇后，映司的命运将大幅动荡!

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