不善与其他人相处的少女－葵，在成为高校生的这天，有位做事不经大脑，名为日向的少女前来热情地搭话，并且劝诱葵从现在开始一起去登山。虽然害怕与人交往且患有畏高症的葵不断拒绝，但在日向强行拖拉之下，一同前往了日向的家。葵的内心虽然对日向抱有不满，但在进入日向父亲所展示的帐篷参观时，看到日向与自己重逢后的举动与喜悦，及自己的所见所闻，加下从帐篷望见美丽的夕阳，令葵勾起一些回忆。

葵在幼年时，曾与日向跟随日向的父亲前往某座山上观看日出。少女们在受到这情境所感动后，2人约定在成为高校生时定要再次看到相同的景色。回想到这个场境，葵很自然地从口中说出“前往不太高的山也不错（高くない山ならば行ってもいい）”这话。

虽然知道与日向一起登山，但因担心可能在山上遇难并有生命危险，令葵相当不安。就这样日向就选择了标高197米的天览山，作为与葵第一次登上的山。就在沿山径上山时看到穿着普通服装的小孩时，葵的不安感一扫而空，后来更在山顶欣赏到远方的美景。葵在知道日向了解自己不习惯登山而选择了天览山后，开始对与日向登山的看法有所转变。而开始对登山有兴趣的葵，这时在下课回家途中就逛了逛登山用品店。与日向进入了店内的葵，遇上了一位穿着相同校服的女学生。这女学生正为选择睡袋的事而犹豫不决，但后来在跟葵谈话，终于确定了自己想购买的睡袋。这位女孩就为齐藤枫，在跟葵说自己也喜欢登山后，两人就交换了电邮地址，而枫亦为葵在日向以外的第一个朋友。

接着，日向就提议登另一座山，但这次让葵去选择。但因葵没有任何山岳知识，所以对如何选择感到迷惘，这时只好跟枫商量。后来枫就列举出秩父、丹泽、八岳、谷川岳等这些位于关东内并适合新手登上的山，而葵最后选择了自己最有兴趣，在山道中拥有能量景点（power spot）的高尾山。为了准备前往登山，日向就陪伴葵去购买之前从没拥有过的登山用背囊，葵亦很欣赏日向不害怕与别人相处的态度。就这样就到了登山当日，在葵心中，日向虽然有时会强人所难，却十分为自己着想，因此葵很想送件礼物给日向，但对找不到时机而非常烦恼，不过无论怎样，葵与日向一起在高尾山登山确实十分快乐，最后葵亦成功在山顶将礼物送给日向。在下山时，日向提议取道高尾山中难道最高的登山道下山，途中，2人就遇上了一名因鞋破损而相当苦恼的少女可可奈。可可奈前来高野山的原因是为寻找鼯鼠，其后葵与日向就和这位带有“天然”气味的女孩共3人一起回到登山口，最后看到可可奈发现松鼠时露出的笑容，感到十分快乐。

本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。

地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。

在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。

P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。

故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。

在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。

于战乱后的菲尔毕斯特大陆流浪的乱破师——托鲁·亚裘拉，因为失去了乱破师的生存目的，而每天过着庸庸碌碌，并被妹妹阿卡莉责备的生活。某日，在托鲁前往山中的时候，与谜之少女嘉依卡相遇了……

故事发生在大陆历一六零四年，持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点，整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野，满目疮痍。托鲁（间岛淳司 配音）和阿卡丽（原优子 配音）虽然没有血缘关系，却结为了义兄妹，两人相互扶持经历了残酷的战争，彼此之间结下了深深的羁绊。

战后经济十分萧条，而托鲁又是一副得过且过大大咧咧的懒惰性格，虽然阿卡丽一直在艰难的维持家中的生计，但生活却并没有什么改善。终于，断粮的危机降临了，无奈之下，托鲁进入了森林想要找点吃的，然而，在那里，等待着他的却是一位名为嘉依卡（安济知佳 配音）的神秘银发少女，在他们相遇的那一刻，命运的齿轮开始了它的运转。

用语

乱破师(乱破師(サバター))

对活跃于战场的特殊士兵之称谓，专长于暗杀、捣乱、奇袭、煽动和侦查等各式各样的非正面任务，被称为战场上的万事通。然而除了正面战斗外，为达目的还会不择手段的使用毒药、暗器、挟持人质、偷袭等一般骑士与战士不屑使用的阴险手段，也让乱破师常被鄙视为战场走狗。

本身是不属于任何国家的独立集团，多以佣兵的形式受雇于各个国家。虽然没有固定忠诚对象的这点常受他人鄙视，不过实际上乱破师有着只要选定雇主，直到契约结束前就绝不背叛的坚持。

乱破师的能力在战争时期虽备受各方势力青睐，但在和平时代来临后，各国害怕乱破师的技能会带来混乱与叛变，下令歼灭了各个培养乱破师的村庄，而乱破师们也就四散于世界中。

主要有两个流派：托鲁与阿卡莉出身的“亚裘拉战魔众”和“昴星团六连星众”。

战魔众是以培养出多才多艺，能应付各种情况的一个人;六连星众则是培养专精于单一技能的个人，然后以人数来弥补技能的不足。

嘉依卡(チャイカ)

有着已经灭亡的贾兹帝国皇帝“阿图尔·贾兹”的女儿之名的少女们的名字。实际上是贾兹皇帝为了让自己复活术式的称呼，而作为嘉依卡记忆蓝本的女孩在贾兹皇帝被杀后，同样被当时在场的八英雄杀害了，记忆蓝本的女孩自身名字不明。

贾兹皇帝在生时利用帝国的官方机关收集女性的孤儿们注入嘉依卡的术式和进行特定技能训练，在少女们成长到某阶段时，会于特定的情况下会将脑中埋藏着的魔法术式发动，然后将亲人与友人尽数杀害后令嘉依卡的人格觉醒，让她们自发性的开始收集皇帝的遗体。

故事中出现的嘉依卡们，其实都是因子觉醒后强制复写上了嘉依卡的人格与记忆的人。嘉依卡基因者共同的特征是有着银发紫瞳、缺少一部分的记忆、具备着某种技能，以及兴奋时会出现在脖子上的环状伤痕。最终的目的是收集到所有的遗体，然后将其吃下后于体内将构成皇帝的所有因子给分析、精炼、重组后令皇帝复活，但在皇帝复活的同时，那名嘉依卡也会因为身体被撕裂而死。之所以会有白、红、蓝等多数嘉依卡的存在，只是为了防止人数太少而死掉的又太多就无法完成上述目标的预防措施。

战后复兴推进机构(克里曼机构)(戦後復興推進機関(クリーマン機関))

东方七国所属的跨国籍组织，负责战后复兴的各种支援工作与找出和平时代该有的执政管理方式。最高责任者为机关长“康拉德·斯坦梅茨”。

虽说有个很伟大的名目，但实际上不论人员、规模或是资金都非常缺乏，经常必须在很有限的情况下设法做出妥善的安排，从而成了一个解决战后的种种问题的善后窗口。

魔法师(魔法師(ウィザード))

以机杖使用魔法之人的统称。虽说因为出现历史短而不像骑士一样受到尊崇，但只要做好充分准备，便能发挥强大的威力与效果。

机杖(機杖(ガンド))

魔法师发动魔法时所需使用的道具通称，能将人类实行魔法变成可能的装置，缺点是使用时无法移动。

构造多半很长、高大笨重且难以携带移动，但随着结构与样式的差异，能达到各种功能与作用。

机动车(機車(ヴィークル))

被归类为大型机杖的自动车，基本上只有魔法师可以驾驶，但托鲁等人曾利用芙蕾多妮卡来驾驶移动。

托鲁等人所使用的机动车名称为“斯维特莱纳号”，基烈特一行所用机动车的名称是“四月号”。

航天要塞(航天要塞(エリアルフォート))

菲尔毕斯特整个大陆境内不到十座。能在空中浮游、飞行，拥有一座就能将一个小国歼灭的强大战力、也是最强的魔法兵器。

形状为圆筒状，可搭载数千名士兵。

在攻略贾兹帝国时曾动用了三到四座。

弃兽(棄獣(フェイラ))

除了人类之外对于能够使用魔法的野兽统称。

不同于使用机杖来操控魔法的人类，弃兽能借由身体本身来操控并使用魔法。

已认知的弃兽共有七种。分别是双头犬(オルトロス)、奇眼鸟(コカトリス)、独角马(ユニコーン)、猛禽兽(グリフォン)、大海魔(クラーケン)、装铠龙(ドラグーン)与幻想树(エント)，不过其中的幻想树已经灭绝了，所以实质上只有六种。每种弃兽能使用的魔法皆不同，其中只有大海魔与装铠龙具有高度的智能。

亚人兵(亜人兵)

战国时代末期，包含贾兹帝国在内的大陆各国所研究、创造，具有兽耳与尾巴等特征的“亚人”。

是在妇女怀孕时期就对胎儿施以魔法进行干涉和改造，以人工方式制作出的士兵。由于是用来当作战争的工具，身体能力比普通人还要优秀。

八英雄(八英雄)

杀死了“禁忌皇帝”阿图尔·贾兹的各国联合部队组成的贾兹帝国皇宫特攻队八名成员的尊称。

因为不明原因而让各国隐藏了他们的身份，成员也多半离群隐居、或在不知名的地方默默死去。

遗体(遺体)

被八英雄所分裂并各自带走的贾兹帝国皇帝的遗体的通称，嘉依卡们所要回收的目的物。蕴含着强大的魔力，以此当作机杖的能量来源可说是上上之选。

拉克语(ラーケ語)

灭亡的贾兹帝国使用的公用语。

铁血转化(鉄血転化)

亚裘拉村代代相传的奥义。本质上是一种对自己进行催眠的自我催眠术。

是将全身气脉给强制活性化，令自己的身体能力大幅上升，而让自己的技巧发挥到最大幅度的状态。

因为气脉的活性化，身上会出现类似刺青的红色图案，同时因为身体发出的能量造成空气中的折射，头发和眼睛在旁人看来都会变成红色的状态。

虽然能令身体能力大幅上升，但能使用的时间很短，大约只有数分钟。一旦超过使用时间就会对身体内部造成可能致死的破坏。

缺点则是神经的感觉也被大幅提高，一旦受伤出血量也会随之增加，所以此招是如同双刃剑般的存在。

发动后需要长时间的休息与补充营养来补充消耗的身体能量。