《火影忍者》（日语：NARUTO -ナルト-）是由岸本齐史创作的一部漫画，并有动画、游戏、小说等衍生作品。原作标题的直译为“鸣人”，也就是主角的名字；“火影忍者”的译名最早则见于中国台湾东立版漫画的翻译。通常也简称“火影”。故事讲述木叶忍者村的吊车尾忍者漩涡鸣人，以成为村子最伟大的忍者“火影”为目标，历经多种磨练而不断成长着。
这是体内封印着九尾妖狐的吊车尾忍者──漩涡鸣人以成为村子第一的忍者“火影”为目标，与伙伴们一起克服各种试炼并且成长的故事。
第一部
漫画：第1卷第1话-第27卷第238话/动画：第1集-第220集
12年前，忍者五大国之一的火之国的木叶隱村遭遇了拥有强大力量的尾兽“九尾妖狐”的袭击，当时的首领也就是第四代火影牺牲自己的晴明将九尾封印到刚出生不久的婴儿漩涡鸣人身上。岁月流逝，村子在复职的“第三代火影”猿飞日斩的治理下恢复了和平。
波之国篇
漫画：第1卷第1话-第5卷第44话/动画：第1集-第26集
希望成为忍者，学业成绩却是吊车尾的忍者学校的学生漩涡鸣人是一个每天都在恶作剧的超级问题少年。连续3次都没有通过毕业考试，在水木企图夺取第一代火影的封印卷轴的事件中获得自己的老师海野伊鲁卡的认同，得到作为毕业证明的护额之后成为下忍。成为下忍的鸣人与宇智波佐助、春野樱一起被分配到上忍旗木卡卡西的第七班。在夺取卡卡西身上的铃铛的生存演习中知道到自己的不成熟，同时也知道了伙伴的重要性，被从未给予学生合格的卡卡西认可为正式的下忍。
之后，在波之国执行护卫达兹纳的任务中与雾隱村的逃亡忍者桃地再不斩与使用冰遁忍术的少年白战斗。尽管是一场苦战，强大鸣人作为一名忍者还是在实战中获得了极大的成长。在这场战斗中，佐助让宇智波一族的血继限界“写轮眼”开眼，而鸣人则第一次展现了封印在自己体内的九尾的强大力量的一小部分。
中忍考试篇
漫画：第5卷第45话-第10卷第90话/动画：第27集-第52集
成为下忍之后完成各种任务的第七班在卡卡西的推荐下参加了中忍考试。包括木叶的同期下忍在内，各个村子前来参加考试的下忍们都聚集在木叶隱村。
靠着毅力突破作为难关的第一场考试的笔试的鸣人等人在第二场考试要在死亡森林生存下去。但是在途中突然遭到“传说的三忍”之一的袭击，并且在佐助的身上刻上了神秘的咒印。主考官红豆前来追击大蛇丸，但是大蛇丸以压倒性的力量逃脱了。
之后，第二场考试结束。 由于合格者的人数超乎预期，于是加码举行以个人战为形式的第三场考试预选。小樱因为打成平手而遭到淘汰，鸣人与佐助成功打倒对手而胜出，晋级到一个月后举行作为正式选拔的第三场考试。
毁灭木叶行动篇
漫画：第11卷第91话-第16卷第140话/动画：第53集-第80集
中忍考试第三场考试预选的一个月后，各国的忍者首领以及观众都在观看之下，中忍考试正式选拔开始举行。鸣人与作为强敌拥有“白眼”的柔拳使用者日向宁次陷入苦战，但还是靠着解放九尾的力量而获得胜利。完成与卡卡西的修行的佐助飒爽地赶到会场，与砂隱村的我爱罗对战。
学会卡卡西传授的“千鸟”的佐助在与我爱罗的对战中占了上风。这时候突然有某人对在会场的所有人施展了幻术，大蛇丸与砂隱村利用中忍考试进行“毁灭木叶行动”，趁机对木叶隱村发动战争。第三代火影本来想封印大蛇丸却只差了一步，耗尽全部的力气将大蛇丸的双手连同他所能使用的术封印后去世。木叶的忍者们也拼死地战斗，将敌人击退。最后鸣人与同为人柱力的我爱罗展开激战，鸣人以九尾的查克拉与新学会的通灵之术将我爱罗打倒。
之后发现尸体严重损毁的真正的第四代风影以及随从，让大蛇丸利用砂隱村来发动战争的事实曝光。结果这场战争以五影的2人死亡以及多人伤亡，双方的村子遭到严重打击而结束。
纲手搜索篇
漫画：第16卷第141话-第19卷第171话/动画：第81集-第106集
几年前消灭宇智波一族的木叶隱村的逃亡忍者宇智波鼬与雾隱村的干柿鬼鲛这2人突然出现在村子。 他们是大蛇丸曾经所隶属的“晓”的组织成员，目标是寄宿著九尾的鸣人。查觉到他们入侵的猿飞阿斯玛、夕日红、旗木卡卡西前来应战，卡卡西因为被鼬以万花筒写轮眼发动的“月读”导致精神受到重创而不支倒地。得知此事的佐助为了找他的哥哥鼬复仇而前去追击。
当时“传说的三忍”之一的自来也受到了高层人员要求继任火影，但是在拒绝之后并推荐同为三忍也是第一代火影的孙女的纲手，让鸣人也能修练的同时一起踏上寻找纲手的旅途。途中受到目标是鸣人的鼬与鬼鲛的袭击，自来也反击之后鼬与鬼鲛撤退离开，而独自挑战鼬的佐助则是反而被打成重伤，被赶来的邁特凱带回去木叶隱村，鸣人与自来也继续寻找纲手。
与自来也一同离开村子后旅行的鸣人在修行时一路接受他的指导与鼓励。同时被第三代火影夺走双手导致术被封印的大蛇丸因为剧痛而痛苦，为了请身为医疗忍术的专家的纲手治疗自己的双手，与部下药师兜前去与纲手交涉。纲手面对治好手腕就会再次袭击木叶隱村的大蛇丸则到感到愤怒而拒绝交涉，却因为大蛇丸提出“复活最爱的2人”的条件感到动摇。
之后，鸣人与自来也随即找到了纲手。纲手与和她已经去世的弟弟的身影重叠的鸣人下了“如果能学会螺旋丸，就赠予第一代火影的首饰”的赌注。鸣人为了能学会螺旋丸而开始燃起斗志。后来，纲手彻底拒绝了大蛇丸的要求而与大蛇丸以及兜展开战斗。自来也赶到之后加入了战局，“传说的三忍”召唤3只巨大的通灵动物而展开壮烈的三足鼎立之战， 经过一场苦战，纲手的全力一击击退了大蛇丸。在这场战斗中，鸣人终于学会了螺旋丸并成功重创了兜，纲手也因此将第一代火影的首饰送给了鸣人并认同了他。
佐助夺还篇
漫画：第20卷第172话-第27卷第238话/动画：第107集-第135集
在击退大蛇丸之后，回到木叶隱村之后的纲手就任第五代火影，村子开始恢复平稳的状态。然而被大蛇丸刻上咒印的佐助开始为自己的宿命感到苦恼;同时间，佐助与大蛇丸的部下音之四人众接触，佐助为了得到足以打倒鼬的力量因而接受大蛇丸的劝诱而离开木叶隱村。鸣人、鹿丸、丁次、牙、宁次这5人为了夺回佐助而与音之四人众多由也、左近、鬼童丸、次郎坊以及前来支援的君麻吕交战，也得到前来支援的小李与身为同盟的我爱罗等砂之忍者的援助，在全员负伤的情况下打倒所有敌人。但是鸣人却在与佐助一战中败北，佐助前往大蛇丸的所在之处，夺回佐助的任务因此失败。
之后，鸣人为了在3年后找回佐助以及面对“晓”的威胁，而在成为自来也的弟子后离开木叶隱村而出发进行修行之旅。
卡卡西外传～战场上的少年时代～
漫画：第27卷第239话-第27卷第244话/动画：第339集-第340集
时代为在第一部十几年前的第三次忍界大战。描写少年时代的旗木卡卡西获得写轮眼的故事。晋升上忍的卡卡西、宇智波一族的中忍带土、同队的中忍以及医疗忍者的小凛、小队长官的波风水门(后来的第四代火影)这四个人一起执行任务。卡卡西与带土这两个人水火不容，总是冲突不断。水门为此一直教育他们，小凛则是作为这两个人的和事佬。
为了执行任务而与水门分开行动的卡卡西一行人遭到敌人的奇袭，而小凛被敌人掳走而被作为人质。优先执行任务的卡卡西与优先考虑伙伴性命的带土，这两人因为身为忍者的理念不同而彼此对立着。带土为了救出小凛独自进入敌人的据点却遭到攻击，被赶来的卡卡西救了下来。带土在这场战斗中觉醒了写轮眼，而卡卡西失去了左眼。尽管成功营救小凛，但是带土为了保护了卡卡西而被崩塌的岩石压住。意识到自己即将不久于人世的带土将自己的写轮眼作为晋升上忍的祝贺礼物送给了卡卡西，并将小凛托付给他。
第二部
漫画：第28卷第245话-第72卷第700话/动画：第221集-第720集
在终结山谷的激战过了二年半之后，鸣人结束与自来也的修行之旅回到了木叶隱村，与成为医疗忍者的小樱以及感觉和以前一样的卡卡西组成小队，并再次接受抢夺铃铛的生存演习，已经成长的鸣人与小樱成功通过演习。而就在鸣人与伙伴们重逢之时，“晓”的魔掌开始伸向已经成为风影的我爱罗。
风影夺还篇
漫画：第28卷第245话-第31卷第281话/动画：第221集-第252集
第一部结束的两年后，晓开始行动以获得尾兽。晓的成员迪達拉打败并掳走已成为砂隱村风影的我爱罗。
追击的勘九郎中了被迪達拉的伙伴蝎的毒而失去知觉。随后，收到砂隱村的紧急求援，鸣人所在的卡卡西班前往砂隱村。途中遇到正返回砂隱村的|手鞠。此时，邁特凱班和卡卡西班被分到同一任务中。抵达砂隱村后，卡卡西班的小樱治好中毒的勘九郎，并与身为砂隱村顾问的蝎的祖母千代一同前往晓的藏身处。
邁特凱班带着卡卡西的忍犬锁定晓在川之国的藏身处。一行人打破陷阱并进入晓的藏身洞穴后，眼前却只有已与尾兽分开而死去的我爱罗，以及晓的成员蝎和迪達拉。
卡卡西和愤怒鸣人追逐迪達拉以夺回我爱罗，小樱及千代则与蝎对峙。经过砂隱村史上最强傀儡师之二的祖孙间致命的战斗，小樱及千代击败了蝎，并前往与鸣人等人会合。
另一边，在卡卡西的萬花鏡寫輪眼帮助下，鸣人与卡卡西成功夺回我爱罗的遗体。本就为我爱罗之死感到愤怒的鸣人，听到千代站在砂隱村立场发表种种不重视人柱力的意见后，便迁怒于千代，因为这与体内封印尾兽并注定作为人柱力活下去的自己是一样的。千代在遇到鸣人后，重新认识自己的想法，决定以自身性命为代价施展禁术来复活我爱罗。醒来的我爱罗周围，围绕着前来营救村长、尊敬和崇拜他的砂忍们。
佐助再会篇
漫画：第32卷第282话-第34卷第310话/动画：第253集-第273集
成功夺回我爱罗的第七班归来。然而，卡卡西却因万花鏡写轮眼消耗过多查克拉而被迫住院，于是暗部的大和被任命为第七班代理队长。另外，来自根的佐井也被派来加入第七班以填补佐助的空缺。小樱从蝎那里得到消息，说几天后他将与派去大蛇丸那卧底的间谍会面，第七班便接到任务前往会面地点。然而，任务过程中鸣人和佐井总是起冲突。一行人抵达目的地后，大和假扮为蝎的样子前往会面。间谍的真实身份是大蛇丸的心腹药师兜。然而，大蛇丸突然现身及蝎的伪装被识破，让大和陷入困境，鸣人为帮助大和上前挑战大蛇丸。此时，大蛇丸说了提起佐助激怒了鸣人，让九尾之力觉醒。与此同时，佐井开始执行根交给他的任务。大和在压制九尾之力的同时，向小樱说明自己的身世：大和是大蛇丸融合初代火影基因的实验体，为木叶隱村唯一掌握木遁并能压制九尾之力的人。
之后第七班潜入大蛇丸的藏身处。佐井是團藏的部下，在團藏指使下与大蛇丸勾结，提出联手摧毁现在由纲手统领的木叶隱村。然而，佐井的真正目的，是刺杀身为大蛇丸下一个转生容器的佐助。然而，看着鸣人和小樱努力守护与佐助的羁绊，让佐井想起他与曾经珍视的哥哥段之间的羁绊，决定转而帮助鸣人夺回佐助。佐井比鸣人先遇见佐助，并提起鸣人和小樱。当鸣人一行抵达时，两年半来鸣人第一次与佐助重逢。然而，此一时彼一时，佐助是认真想杀了鸣人等人。当鸣人、佐井和大和相继被佐助打败，九尾怂恿鸣人使用它的力量;此时佐助出现在鸣人与九尾的精神世界中，用写轮眼压制住九尾，并知晓鸣人“真正的力量”。当佐助想施展绝招一举歼灭所有人时，大蛇丸阻止了他。昔日的好友佐助再次从鸣人等人面前消失。
朋友的转变和与意识到力量差距的鸣人，决定再次开始修炼，并请卡卡西指导。
飞段・角都篇
漫画：第35卷第311话-第38卷第342话/动画：第292集-第309集
鸣人一行人回到木叶隱村，为了能在短时间追上佐助的脚步，鸣人在卡卡西的指导下，进行风的“性质变化”的修行，最终目标是结合螺旋丸与风的性质变化，进而创造全新的忍术。就在鸣人修行的同时，“晓”的成员飞段与角都出现在云隱村，打倒了二尾的人柱力・二尾柚木斗并将其捕获。之后，为了完成组织给予的任务目标，入侵火之国并袭击著名的忍寺・火之寺，杀死了守护忍十二士之一的地陆。在其他国家，迪達拉与新的成员阿飞组成小队，成功捕获三尾。
当“晓”正逐步实现其目的之时，得知飞段与角都入侵火之国的第五代火影下令由精锐们组成新的20个小队前去执行逮捕任务。但是，猿飞阿斯玛在战斗中被飞段的忍术打成重伤，最后不幸殉职。
为了讨伐杀死老师的敌人，前第十班的成员与代替阿斯玛的卡卡西一同前往。尽管面对实力强大的飞段而陷入苦战，鹿丸还是赌上性命成功靠着战术打倒了飞段。在与角都的战斗，暂时由大和领导的第七班也加入战局，鸣人使出透过在修行时学到将螺旋丸与风的性质变化结合的风遁・螺旋手里剑打倒了角都。最后，卡卡西以雷切结束了早已无法动弹的角都的性命。
自来也VS佩恩・佐助VS鼬篇
漫画：第38卷第343话-第43卷第402话/动画：第333集-第363集
与飞段以及角都之间的战斗结束之时，佐助在大蛇丸的底下进行修行。不久之后，佐助确信自己的实力已经超越大蛇丸，而袭击了他。打倒大蛇丸并且得到他的力量的佐助将被囚禁的水月放了出来，并一起邀请香燐、重吾成为他的伙伴，四人组成了名为“蛇”的小队。
木叶隱村与“蛇”都开始捜索宇智波鼬的下落。大和的小队在途中与兜相遇，兜给了木叶忍者一本记载了“晓”的组织名册之后就逃走。与水月、香燐、重吾分别行动时，佐助遭到迪達拉与阿飞的袭击，最后佐助躲过迪達拉的自爆攻击而成功生存。“蛇”摆脱木叶忍者的追踪，佐助在遇到鼬的分身之后前往他的根据地，水月、香燐、重吾则是被干柿鬼鲛留了下来等待结果。
同一时间，自来也得到“晓”的首领的情报，单独一人入侵雨隱村。被昔日的两位学生，也就是“晓”的首领佩恩与小南发现并且战斗，自来也使用通灵之术召唤蛤蟆健以及两大仙人的深作与志摩，并且进入“仙人模式”来作战。在激战的最后，自来也战死，在临死之前将关于佩恩本体的情报托付给深作。
鸣人在任务中一度与“蛇”接触，并且与鼬的分身相遇。之后，木叶的小队被阿飞阻挡而停下了脚步。佐助与鼬的战斗开始，经过一场苦战之后成功杀死了鼬。但是之后，佐助在阿飞的述说下得知了有关宇智波一族与鼬的真相。
佩恩来袭篇
漫画：第44卷第403话-第48卷第450话/动画：第372集-第395集
因为得知哥哥鼬的真相感到悲伤的佐助得到萬花鏡寫輪眼，并与水月、香燐、重吾会合，将小队的名字从“蛇”改为“鹰”。象征向鼬与宇智波一族的真正敌人，也就是木叶隱村复仇的决心。此时，木叶隱村在深作的告知下得知自来也战死以及最后关于佩恩本体的情报。鸣人从自来也死亡的悲伤之中走了出来，并跟着深作前往妙木山开始进行仙术的修行。
“鹰”在阿飞的委托下前往云隱村，与八尾的人柱力的奇拉比战斗，在水月、香燐、重吾的帮助之下，佐助发动天照击败奇拉比成功将奇拉比捕获，并移交给阿飞。“晓”接着进行八尾的封印，却发现佐助带回的奇拉比只是八尾的一只脚变成的分身，所以这次行动以只能封印八尾一小部分的查克拉而宣告失败。得知这件事的云隱村开始搜索“鹰”的下落，第四代雷影派遣寒、嘉露伊、重带着公文前往木叶隱村，并且准备召开五影会谈。
当鸣人在妙木山顺利进行之时，为了捕获九尾的佩恩与小南开始袭撃木叶隱村。佩恩为了问出鸣人的下落进行无差别的大规模破壊，追杀村子里的人民与忍者，卡卡西与静音等实力强大且坚强的忍者遭到杀害。佩恩最后发动神罗天征毁灭了木叶隱村，完成仙术修行的鸣人从蛤蟆那里知道木叶隱村遭到袭击的消息，赶着回去，并且单独一人与佩恩战斗。
进入仙人模式的鸣人发挥强大的实力接连打倒佩恩的几名个体，但是仍然被佩恩之中的天道抓住。雏田为了救出鸣人反而被佩恩打成重伤，鸣人看到雏田被打倒而陷入爆走，出现六根尾巴的鸣人与佩恩战斗，佩恩发动地爆天星困住已经出现八根尾巴的鸣人。在内心世界感到痛苦的鸣人即将解开九尾的封印之时，与自己的父亲第四代火影重逢，并且重新弄好封印。恢复原状的鸣人最后以螺旋丸打倒佩恩，与远距离操作佩恩的本体长门接触。长门向仰慕师父自来也的鸣人述说自己的过去，并质问如何将和平带入忍者世界，鸣人不放弃自来也的思想，认为自己来自自来也撰写的小说主角的名字就是自来也的理想。为了回应鸣人的想法，长门以性命为代价发动轮回天生，复活木叶隱村所有牺牲者，因而力尽而亡。带走长门以及作为天道的弥彦遗体的小南与继承长门遗志的鸣人和解。
五影篇
漫画：第48卷第451话-第52卷第490话/动画：第417集-第441集
当一度被毁灭的木叶隱村走向复兴之时，因为佩恩袭击的时候耗尽查克拉而一直昏迷的“第五代火影”纲手被解除职位，由“根”的领导人志村團藏就任第六代火影。
雷影因为奇拉比被掳走而感到愤怒，持续派遣云之忍者搜索佐助一行人。此外，也对木叶隱村对身为逃亡忍者的佐助的处理态度消极感到不满意，而准备一份要求追捕佐助的公文，并为此召集五影召开五影会谈，讨论关于“晓”的问题。阿飞因为八尾的捕获行动失败，再次接触佐助并告知身为他的仇人的團藏正前往参加五影会谈，也开始打算发动“月之眼计划”。
“五影会谈”在中立国的铁之国举行，“晓”的的成员入侵会场，与五影以及铁之国的武士战斗。阿飞在会场上告知“月之眼计划”的目的，之后宣布“第四次忍界大战”将要开战。忍者五大国组成以雷影为首的忍者联军，并决定保护鸣人与奇拉比这两位人柱力。各国在五影会谈结束之后都为了战争做准备。
五影会谈结束之后，佐助杀死了他的仇人之一的團藏。鸣人与佐助再次相遇，已经了解他的心情的鸣人期待着日后与佐助的战斗。鸣人得到大蛤蟆仙人的预言，将九尾的封印式放入体内，前往云隱村的孤岛。同时间，兜前来找阿飞，为了即将到来的第四次忍界大战而要求联手作战。
忍界大战篇
漫画：第52卷第491话-第72卷第700话/动画：第463集-第699集
忍界大战篇(1)(漫画：第52卷第491话-第57卷第536话/动画：第463集-第495集)
在恢复的纲手的要求下，鸣人前往在一个云隱村附近的孤岛(岛龟)上。为了获得新的力量，鸣人接受同样身为人柱力的奇拉比指导下进行控制九尾查克拉的修练。那时，鸣人终于和母亲玖辛奈见面，并得知16年前的真相。此外，尽管遭到了“晓”的鬼鲛袭击，并且打倒他了，但是有关忍者联军的情报却被泄露，以及大和也被掳走。同时，班与兜接触，并且达成协议。然后，小南在雨隱村与班战斗之后被杀死，班得到长门的轮回眼，并移植到了左眼。在那之后，为了战争的准备，兜的的“秽土转生”复活的忍者们与10万只的白绝组成共同战线。
鸣人与佐助之间宿命的战斗即将到来。为了进行月之眼计划的最后阶段的“晓”开始行动，忍者五大国则是为了阻止月之眼计划。最后，将所有因缘画上休止符的第四次忍界大战争开战。鸣人一行人的最后一战开始了。“晓”与忍者联军之间的决战终于开始了。兜发动的禁术“秽土转生”复活的历代强大的忍者们与忍者联军的各部队在各地的战场上激烈战斗。另一方面，没有被告知战斗发生的鸣人继续与奇拉比一起训练如何控制九尾查克拉，但是查觉到外面发生的战斗而从岛上跑了出来。
忍界大战篇(2)(漫画：第57卷第537话-第57卷第544话/动画：第496集-第509集)
斑操控外道魔像前来攻击第一部队所在的战区，成功夺取了封印了金角与银角兄弟的六道的忍具之后撤退，忍者联军8万兵力的死伤大约是4万人，“晓”10万兵力的死伤也达到5万人，而战争第一天也到了晚上。鸣人与奇拉比试图逃离岛上的过程中，九尾逼问鸣人要如何解决忍者世界的仇恨连锁，鸣人以坚决的态度回答九尾九尾的问题。入夜之后，忍者联军接连发生可以完全复制查克拉的白绝伪装的忍者刺杀以医疗忍者为主的成员，让联军开始陷入混乱，联军高层也在寻找对付白绝的方案。就在当鸣人与奇拉比要离开岛上时，第五代火影纲手与第四代雷影艾亲自前来阻止他们，最后鸣人与奇拉比靠着自身的信念得到第四代雷影的认同而前往战场。同时间，联军高层也得出以鸣人的能力找出白绝的方案，斑也带着他以被秽土转生的人柱力制作的佩恩六道准备参战。
忍界大战篇(3)(漫画：第58卷第545话-第59卷第557话/动画：第516集-第540集)
战争来到了第二天，鸣人与奇拉比来到了战场，并与白绝以及秽土转生的忍者战斗。联军的第四部队也与被秽土转生的历代五影战斗，我爱罗成功封印身为第四代风影的父亲罗砂，并且和解，其他三位五影却从封印之中逃脱。第一方面，鸣人与奇拉比碰上了被秽土转生的鼬与长门而与之一战，鼬靠着好友止水在生前托付给他的瞳术“别天神”而成功解除兜的控制，并和鸣人与奇拉比合力将长门封印成功，鼬将弟弟佐助托付给鸣人之后独自前往兜的所在之处去阻止秽土转生，而鸣人与奇拉比继续前往战场。
第四部队与历代五影的战斗仍在持续，来到战场的鸣人的影分身成功逮败第二代土影无，鸣人的影分身再赶去另一边与第三代雷影艾战斗，另一方面，佐助杀死了白绝本体之后准备前往战场。鸣人在一番苦战中靠着灵机应变而打败第三代雷影;而我爱罗与使出暴危蒸威的第二代水影鬼灯幻月的战斗中陷入了苦战，最后靠着科学原理而打败了第二代水影。
忍界大战篇(4)(漫画：第59卷第558话-第63卷第607话/动画：第541集-第568集)
鸣人的影分身前往战场各处，透过察觉混入盟军的恶意发现并打败白绝，并协助封印以秽土转生复活的五大国知名忍者，忍者联军一下子占了上风。然而，兜却用秽土转生召唤出他的王牌——宇智波斑本尊。复活的斑借由压倒性的忍术、体术、瞳术席卷忍者联军。在这场最大的危机中，联军将五影传送到现场;五影委托鸣人解决面具男，斑则交给他们。之后，鸣人和奇拉比与面具男及秽土转生复活的人柱力们展开战斗;敌方非常强大，即使卡卡西和邁特凱赶在途中联手，仍渐渐落入下风。战斗过程中，鸣人进入四尾孙悟空的精神世界并和它对话;对话中，鸣人得知九尾的名字叫九喇嘛，并展现要认真对待尾兽的强烈意愿。受鸣人鼓舞的九尾终于和鸣人达成第一次完美结合。接着，鸣人进入尾兽更深处的内心世界，并见到其它尾兽与人柱力;尾兽们告诉鸣人它们的名字，并将人类和尾兽的未来托付给鸣人。接收到尾兽们的意志，鸣人完全控制了九尾查克拉，成功将尾兽从外道魔像中拉了出来。
随着战况愈演愈烈，佐助终于移植了鼬的眼睛，开启“永恒的萬花鏡寫輪眼”。杀死看守自己的白绝本体后，佐助冲了出去，并在路上与秽土转生的鼬重逢，接着兄弟二人联手对上操控秽土转生的兜。兜将大蛇丸和御手洗红豆等不同忍者的细胞吸收进体内，获得白蛇仙人模式的力量，既让兄弟二人陷入苦战，还能抵挡宇智波一族禁术“伊邪那岐”。后来鼬使出专克“伊邪那岐”的禁术“伊邪那美”，让兜陷入与他们无休止战斗的轮回直到发自内心回心转意，并寻找阻止秽土转生的线索。最后，包括鼬在内的所有秽土转生都被解除，被束缚的死者全部灵魂升天了。鼬在最后一刻用写轮眼的幻术把事情原委与灭族真相向佐助展现，并在表达“不论你怎么选择，我都会永远深爱着你”的爱意后升天了。
在秽土转生被解除的时候，斑因知晓施术与解术的方式，在升天前强行解除与施术者的契约而留在世上，并说这是秽土转生最大的风险。拥有不死之身、无限查克拉与特别强化过的木遁等强大力量，五影被斑打败而陷入濒死。另一边，鸣人、奇拉比、卡卡西和邁特凱在几番努力下成功摧毁面具男的面具;然而，当卡卡西看到他的真面目，他惊呆了。冒充斑的身份、身为晓幕后主使的面具男，竟是本应在第三次忍界大战中死去的卡卡西最好的朋友带土。当时濒死的带土被藏在地底深处的斑所救，经过辛苦的康复，本想返回木叶的带土在白绝的通报下得知凛被卷入雾隱村的阴谋，赶到现场的那一刻却看到自己的心上人死于卡卡西的雷切。目睹这一幕的带土对这个世界感到绝望，决定与斑合作展开“月之眼”计划;带土将在一切就绪时用轮回天生将因衰老死去的斑复活，自己则继续以斑的身份行动。卡卡西因挚友的转变本将失去斗志，后来决定与现在的带土战斗，以保护继承了带土曾经意志的鸣人。
忍界大战篇(5)(漫画：第64卷第608话-第66卷第637话/动画：第582集-第597集)
解决五影的斑为了找回尚未回收的八尾和九尾，来到带土这里并决定强行复活仍处于不完整状态的十尾;然而，忍者联军各部队也齐聚一堂，决战就此打响。联军向斑等人使出强大的连续攻击，十尾却一发尾兽玉消灭忍者联军总部，再用大范围攻击杀死众多忍者，其中包含舍身救下鸣人与日向雏田的日向宁次。鸣人无法承受同伴之死和带土的话带来双重打击，却被雏田和九喇嘛骂了一顿，重新振作与联军同伴一起进攻。另一方面，经过与鼬的联手，佐助想了解何谓忍者世界、隱村和忍者。与水月和重吾重逢的佐助将大蛇丸从被兜俘虏的御手洗红豆的咒印中复活，并说明他想了解木叶隱村的过去。大蛇丸看到佐助的转变如此之大后决定合作，并带领大家前往木叶隱村。借由曾经的研究，大蛇丸将封印在死神腹中的初代到四代四位火影的灵魂用秽土转生复活。初代火影千手柱间向佐助讲述他与斑的相遇、木叶隱村的诞生、斑离开村子到在终末之谷决战的故事。听完的佐助为保护鼬的生活方式，决定保护木叶隱村，与大家和被木叶隱村关押的香燐一同前往战场。
忍界大战篇(6)(漫画：第67卷第638话-第69卷第662话/动画：第598集-第613集)
战况变得十分惨烈。时空间里的卡卡西与带土开启决定性的决斗。历代火影与佐助接连抵达战场，佐助还宣布他要成为火影，以自己的方式改变木叶和忍者的世界。佐助的变化让小樱和其他人一头雾水，鸣人却淡淡接受这样的佐助;过了约三年，第七班第一次复活了。卡卡西赢了与带土在时空间的对决，带土说：“这场战斗你可以赢，但战争的胜利我不会拱手相让。”就丢下卡卡西回到战场。斑看到重伤濒死抛弃带土，试图控制他施展轮回天生完全复活自己，却遭到带土反抗而让带土成为十尾人柱力。后来，鸣人、佐助与忍者联军联合将所有尾兽拉出带土身体，将其击败。
忍界大战篇(7)(漫画：第69卷第663话-第70卷第677话/动画：第634集-第651集)
之后斑透过黑绝控制带土的轮回眼将自己彻底复活并与尾兽交战;得到白绝找到并带来的右眼轮回眼后，他召唤出外道魔像，利用轮回眼的轮墓边狱将尾兽吸入外道魔像中，鸣人因九喇嘛被抽出身体而濒死。此外，上前攻击斑的佐助也被他一刀捅穿心脏而不省人事;斑接着成为十尾人柱力与卡卡西和邁特凱交战，被启动八门遁甲第八门死门的邁特凱逼到绝境却未能杀死。鸣人从改邪归正的带土那获得每种尾兽的查克拉，因此见到六道仙人并获得六道阳遁与六道仙术，复活后救下邁特凱阻止了开死门必死的结局;被脱离伊邪那美无限循环的兜治好的佐助，获得左眼轮回眼和六道仙人的六道阴遁查克拉。斑拒绝和复活的两人简短交手后就飞离现场，夺去卡卡西的左眼进入时空间，再从带土那夺回左眼轮回眼;集齐双眼后，斑启动了无限月读。
忍界大战篇：最终章(漫画：第70卷第678话-第72卷第700话/动画：第679集-第699集)
紧接着，黑绝刺穿斑的胸膛，作为复活大筒木辉夜的催化剂。所有人陷入无限月读的幻术，只有第七班与带土借助佐助的须佐能乎逃过一劫。在艰难的战斗与带土的牺牲后，鸣人与佐助成功封印大筒木辉夜和黑绝。一切似乎结束时，佐助突然说要处决现任五影并杀死所有尾兽，想斩断世间仇恨的因果由自己当共同敌人，以维持所有人继续团结的动机。鸣人奋力阻止佐助的“忍界革命”，与他在终末山谷最终决战。决战结束，两人耗尽所有力量与查克拉并各断一条手臂，但对立的关系终于和解，联手结印释放无限月读，结束旷日持久的第四次忍界大战。一段时日后，克服战争与灾难并取得长足进步的木叶隱村里，出现忍界大战中幸存忍者的后代，其中包含博人，他正被身为第七代火影的父亲鸣人斥责。
第一部
公元199X年，世界受到核武器的洗礼，绝大多数的人类遭到灭绝，国家的机能丧失，导致整个世界陷入暴力的支配之中，而在这块世纪末大地中主角拳四郎将成为救世主并缔造传说。拳四郎在荒漠旅行时因缺水及疲惫而倒在一座村庄，村人们因怀疑他是暴力组织“Z”的成员，将他押入牢房。在牢中结识原为小偷的帕德以及看守的女孩琳儿。村人在检查拳四郎的身份时，发现他的胸口有北斗七星形状的伤痕，便认为这是不祥之兆。不久Z党来袭击村子，村中自卫队被残杀，琳儿更被对方首领抓为人质，危急中破牢而出的拳四郞施展北斗神拳摆平Z党老大，平安救出琳儿，保住村子。之后拳四郞离开村子，继续旅程，帕德因为崇拜拳四郞而跟他同行。旅程途中在交换站发现琳儿被关在由以前特种部队所组成的组织“神国”，之后顺利救出琳儿也摧毁了组织。之后来到帕德的故乡，见到义母朵洋婆婆，在帮忙的时候遇到飞车党头目杰卡鲁来犯，朵洋婆婆为了保护孩子而死，大怒的拳四郞制裁了飞车党全员，为了安置朵洋婆婆所收养的孩子，拳四郞受委托来消灭“牙一族”组织，并结识了南斗六圣拳之一“南斗水鸟拳”的雷伊以及酷似尤莉亚的麻米亚。
拳四郎和雷伊联手消灭牙一族，替弟弟被杀的麻米亚复仇，并救出雷伊的妹妹艾丽。经两兄妹得知有人假借他的名义破坏消息北斗神拳的名声，推测其为三师兄杰基。拳四郎杀死杰基后意外其余两位师兄还活着。就在打探到二师兄托席成为杀人魔的消息，发现二师兄却难以制裁他，此时雷伊赶来揭穿他的真面目，他是南斗六圣拳的阿米巴，假冒托席之名研究人体身上的经脉穴道，将其制裁后继续打探二师兄的行踪。麻米亚查出托席被关在卡山多拉监狱，于是拳四郞一行人前往此处，拳四郎和托席重逢后，托席透露拳王就是两人的大师兄雷奥。雷奥骑着巨马前往琳儿他们所在的村子大肆破坏，回到村中的雷伊在盛怒之下挑战雷奥，但却被他点中“新血愁”穴道，生命仅剩下三日。拳四郎出手攻击却也不敌，甚至无法让雷奥下马，托席出面搏命一战，让拳四郎领悟“柔拳”的精髓，但托席久病的身躯不堪负荷，拳四郞不得不出手力抗雷奥，却因体力不支而惨败，雷奥骑马离去。雷奥因之前的激战而静养。南斗六圣拳中最强的“帝星”－沙乌刹趁隙崛起，奴役大量孩童为自己修建“圣帝十字陵”。但拳四郎初战沙乌刹时却不能伤他分毫，战败被俘后，修武之子希巴舍命救他，重伤的拳四郎回到修武的基地。沙乌刹的部队发现了修武的基地，修武挺身而战，却被沙乌刹以人质威胁，最终被沙乌刹刺杀。悲愤的拳四郎解开了沙乌刹的身体之谜，之后击败了他，而见证对战过程的雷奥则与拳四郎缔约再战。托席决定和雷奥一决生死，但病入膏肓的他无法成功，雷奥基于兄弟之情没有痛下杀手。
第二部
核战前的政府首脑“天帝”复权，但其暴政的阴影再度笼罩世间，民间反抗组织“北斗军”揭竿而起，他们的领袖就是长大后的帕德和琳儿。然而相较之下北斗军的力量是如此薄弱，人民的心中一直呼喊著英雄归来。在帝都的掌握实权的沙乌总督，借词雷奥和沙撒奥等的恶行，以天帝之名要把北斗和南斗抹杀，到处派兵追杀两大派的门人。而一个使用自创“喧哗”拳法（打架拳法）的赏金猎人艾英（アイン），被雇去对付拳四郎时，一交手下知道拳四郎的武功盖世便在第一招失手投降，后同门胁持其女儿再对拳四郎挑战，其救出女儿明日香后，决意加入北斗军并为表示诚意，协助他们救出两名被囚的南斗圣拳高手Harn兄弟。
天帝军出动了他们的秘密武器，以秘传拳法威力超越过北斗和南斗的“元斗皇拳”的将军们，这是唯一直接以斗气为主要攻击手段的拳法，可以轻易隔空杀人的最强拳术。为的是捕杀南斗北斗的高手们。绰号“金色之狼”的主将法鲁克（ファルコ）找到了北斗军的大本营正要围攻，而拳四郎去和北斗军会合时，被副将紫光的索利亚阻挡着挑战。北斗军受到天帝军主力围剿时，被Harn兄弟和艾英相救，而Harn兄弟的南斗双鹰拳即使以二敌一仍然不敌法鲁可的元斗皇拳战死。拳四郎打败了索利亚后会合了五车星中海的里哈克，知道了法鲁克的秘密，便决心找天帝会面谈判。天帝军得知真相后，也为法鲁克与拳四郎的对决划下休止符。
但总督的长子假装受伤把琳掳走，去到邻近的封闭地区“修罗之国”，图引强大的修罗军消灭拳四郎和法鲁戈。
修罗之国的守军俘虏并处死总督的长子后，把琳儿献给了郡将-凯杰鲁（カイゼル），而法鲁戈和不知名的修罗守将同归于尽。琳儿所见那里的实况是：战士以斯巴达方式教育人民从小习武，一切社会地位皆以武力高下定夺。一般人民平时不允自行在公众场所表露真面目和公开真实姓名，获得社会承认的高手都会被称为修罗（亦是“修罗之国”之名的起源），才可公开自己外表姓名和拥有土地。男童所受的教育，是要和同年龄的人间被逼真实以死相博。而各将军更会定期举办血腥的比武，吸引修罗参加争夺地位。
拳四郎进入内陆后沿途不断有修罗挑战，都被拳四郎给轻易打倒，并救出因宣扬爱与和平而被修罗所捕的少女蕾亚（レイア）。在他救出琳儿时和郡将凯杰鲁战斗时杀死对方，凯杰鲁死前说过在修罗之国最大势力和武功最高的，同样使用北斗琉拳的三大罗将会追杀他。而琳儿为了改变这修罗之国的局面，决定支持他的做法假意被罗将邦（ハン）所捕。拳四郎为了救琳儿和可汗决斗，守卫们误会他是雷奥。以为他将引领大军全面进攻本国，便把大量红色颜料倒进河中给外界知道警告。??对琳儿无意中说出幼时，雷奥曾经承诺将来会到这里改变这个社会的现况。
在击毙第三罗将汗后，得知道第二罗将是拳四郎的亲兄雄武，而第一罗将加奥是雷奥和多奇的兄长，加奥因为母亲的死和家族被逼当北斗宗家的奴仆，便把雄武洗脑而雄武更击杀了试图说服自己和拳四郎合作的师父十庆。加奥后绑架了玲和击败欲救玲的拳四郎。但被??和海盗救出拳四郎，而海盗都被加奥所杀了。为了对付拳四郎加奥杀死自己的妹妹兼雄武的未婚妻与嫁祸拳四郎，试图诱使雄武和四爷斗过两败俱亡后独霸修罗之国。另一方面加奥对玲解释雷奥传说是加奥所散播，使到本地人更为害怕外来人的干涉。最后当雄武和拳四郎跟宗家的守护者黑夜叉死斗时，??击伤了雄武使其发觉真相，所以加奥在领会北斗宗家拳和击杀??后，刻意把玲失忆和放逐下，引拳四郎进母亲墓地所在的石阵中决战，结果反而被拳四郎想到的新战术所败，拳四郎并指出加奥其实也是宗家的后人。而雄武和黑夜叉为了保护玲与加奥陆战队作困兽之斗，黑夜叉阵亡时被柏德带领的北斗军所救。
最后，柏德带着濒死的雄武和玲到拳四郎和加奥所在，雄武和加奥原谅对方相拥而逝，而拳四郎把玲交托给柏德，分头离开修罗之国。
接着去找寄养在友人处的雷奥之子--辽（リュウ），打算将他培养成北斗神拳的继承者，但发觉该地方受到一个前雷奥的部下可玆侵占并屠杀，可兹以人质威胁很多人（包括原雷奥军的将领柏卢嘉〔バルガ〕）开垦荒地或看守农场，再以剩余的食物作为扩充势力的本钱。拳四郎决心救出被可玆关起来的人们，要辽和可玆亲自对决。两人到达一个环山包围的内陆国萨梵，在核战后成立的新政府的年迈国王阿萨姆，居然把一套不见经传的大乘南拳使得出神入化，但其实察觉到拳四郎秘密的小公主沙娜表露身份，指出王族的三兄弟（加尔、布哥、撒多勒）阋墙危及了国家的安全，而阿萨姆王又身患不治之症无法讨伐叛乱的蛮族。国王接见了拳四郎后请求他教训三位王子，便亲自率兵扫平蛮族，同时拳四郎证明了三位王子的学艺不精，他们便亲自上阵协助父亲。但在胜利在望时，国王病发而逝和长王子被敌人谋杀。国家恢复和平时，三王子决定放弃跟二兄争夺王位，改为找未婚妻即邻国的雪莉公主结婚。
拳四郎随三王子到了北方的邻国布兰嘉，只见一个自称“光帝巴南”的神棍藉北斗系的拳法招摇撞骗和控制国政，他更劫持了雪莉公主和其他贵族或高官，以各种魔术使军队相信他是超越神话的英雄。拳四郎便找巴南对质，巴南明言自己跟雷奥学过北斗神拳，他口中充满了对雷奥的美化和夸张，于是辽便说明了真相而后巴南大败于拳四郎。事后他接受了政府军的法律审判而处决，三王子和雪莉重逢。拳四郎认为他没有东西能再教辽之后便独自离去，辽最后跟着柏卢嘉等人一同生活，并立志超越父亲雷奥。
终章
回归独自一人旅行的拳四郎，在旅途中失去了记忆。另一方面，原以为能够过着幸福快乐的日子的帕德和琳儿，帕德却认为琳儿是因为凯欧点她的“死环白”穴开眼后第一个看到他才会喜欢上他，认为这份爱不够真实便去除了琳儿的记忆，试图让琳儿重新喜欢拳四郎。途中遇到了失去记忆的拳四郎，帕德故意丢下两人独自离去。这时之前拳四郎的手下败将普勒纪（ボルゲ）要找拳四郎复仇，帕德不想让失去记忆的拳四郎受到影响而把自己装成拳四郎，不敌普勒纪遭到虐待。后来拳四郎与琳儿抵达现场，尚未完全恢复记忆的拳四郎眼看就要死在普勒纪手下，帕德发出真情呐喊拳四郎的名字使拳四郎恢复记忆，打败普勒纪最后由帕德击杀。后来琳儿看见帕德温柔的眼神也跟着恢复记忆，但帕德因伤势过重而死亡。原打算跟拳四郎一起旅行的琳儿，最后认知自己应该爱的是谁，决定守帕德一辈子的墓后与拳四郎告别。就要将帕德的遗体运至墓地时，才发现帕德未死，拳四郎点了帕德的穴救活了他。