高中生夏目贵志有灵异体质，能看见别人所看不到的。当他得到祖母玲子的遗物“友人帐”之后，不论白天或晚上，开始有各式各样的妖怪纷纷找上门！
原来玲子也和贵志一样有灵异体质，大家都对她敬而远之。玲子因为十分寂寞，便到处向妖怪下战书，并要战败的妖怪交出名字，订立服从的契约。而贵志拿到的，正是这本写有众多妖怪名字，能够号令百妖，力量引人觊觎的“友人帐”！
贵志在得知事情原委之后，决心要将“友人帐”上的名字一一还给被玲子击败的妖怪。而想要不费吹灰之力拿到友人帐的妖怪“猫咪老师”，则自愿当保镳，保护贵志和“友人帐”，共同踏上妖怪之旅！
不良少年柔泽十突然被一名未曾谋面的少女堕花雨宣誓效忠，尽管少女奇异的言行让他不胜其扰，但是因为对方真挚的态度又让十感觉渐渐能接受。这时发生在十身边的不明连续杀人案开始将被害人的名单扩及至十班上的同学……柔泽十（细谷佳正 配音）是一个外表凶恶的金发不良少年，但在内心里，十对自己的个性和所作所为十分厌恶。某一天，十突然被一个自称与他有着前世羁绊的叫做堕花雨（広桥凉 配音）的诡异少女缠上了。雨是一个标准的电波女，喜欢漫画和手办，常年用刘海遮住脸孔。对于雨的强烈攻势，十一开始十分抗拒，但随着雨的锲而不舍，十渐渐接受了雨神出鬼没的存在。
说来也怪，自从雨出现后。在十的身边开始发生一些诡异残酷的连续杀人事件，而解决事件的线索均指向了行为怪异的雨，这让十不得不开怀疑其雨的身份来。随着调查的深入，十发现，真相果然与雨有着千丝万缕的联系，而其中蕴藏着的，是有关人扭曲人性的悲哀的故事。
游戏本传《绯色的碎片》系列
故事主角春日珠纪因父亲调到非洲工作，因此她被叫到外祖母家所在的季封村去，和外婆一起生活。被叫去的真正原因是因为一把名为“鬼斩丸”的刀因某种原因封印开始减弱，而导致村里的神明纷纷骚动了起来，又因主人公的体内流着玉依血脉，被称为“玉依姬”，而玉依姬自太古以来代代都继承著封印“鬼斩丸”的使命。
同时，五位被称为“守护者”守护玉依姬的少年们出现了。游戏中就是描写珠纪在对抗阻止封印的谜样组织逻格斯的过程中，和“守护者”之间产生的恋情。
游戏本传爱藏版《绯色的欠片 茜色的追忆》，追加游戏本传的部分剧情补述。附加外传作品《绯色的碎片 在那片天空下》则交代“鬼斩丸”被封印后，珠纪正式继承玉依姬身份和其他守护者们的互动，并分别经历情人节和秋祭（DS游戏版则追加圣诞节篇章）的事件。
《翡翠之雫 绯色的碎片2》系列
该作故事设定于鬼斩丸封印半年后，一座被高山围绕的沿海村落－锦律见村，主角高千穗珠洲是居住于锦律见村的水杜珠洲学院高中2年级学生，历代负责守护海神神社的最高位海神巫女“玉依姬”的继承者。长年以来，锦律见村的“玉依姬”肩负着祭奉龙神的使命，维护着锦律见村的和平。直至剧情初始时，龙神因故发狂，开始在锦律见村兴风作浪，珠洲的母亲暨先任玉依姬高千穗彩子为平息龙神的愤怒，牺牲自己的生命，连珠洲的义姊八坂真绪亦于抢救珠洲的过程中，不慎遭海啸卷入海里，虽然珠洲为母亲和义姊的遭遇感到哀伤，但还是强忍丧亲之痛，继承母亲的遗志成为继任玉依姬。
历劫归来的真绪再度和珠洲相会，但此时的真绪不仅性情丕变，沾染污浊的邪气，甚至还威胁珠洲将象征最高位海神巫女“玉依姬”的证明“玉依姬的勾玉”亲手交给她，否则将对其不利，转而动身离开珠洲的面前。为了寻回真绪并发掘后者产生异变的实情，珠洲决定踏上旅程，还陆续邂逅几名拥有特殊力量，被称为“守护者”的少年，进而和“守护者”谱出恋情。
本作关于玉依姬和守护者的世界观和历史设定有别于《绯色的碎片》和《白华之槛》，其攸关于丰玉姬和玉依姬的叙述，系取材于日本神话丰玉姬分娩并托子于玉依姬的典故。在《绯色的碎片》登场的珠纪和守护者们，将以协助者的身份客串登场。
《真·翡翠之雫》则是《翡翠之雫》经过剧情重制的游戏版本，在DS版附有“桃花祭”的后日谈结局。
《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列
《苍黑之楔》的剧情背景，建立于“鬼斩丸”被封印一年后的夏天，季封村产生的异变忽然袭向珠纪和守护者们，为了查明幕后的真相，珠纪等人决意再次迎接挑战并阻止世界的毁灭。DS平台的游戏版本，附有“红陵祭”的后日谈剧情，叙述珠纪和众角色们参加红陵学院文化祭的经过。
外传资料片《苍黑之楔 迎向明天》补充说明《苍黑之楔》事件落幕后的翌年春天，通过应届入学测验的珠纪和守护者们接获大学的录取通知，面临即将来临的毕业典礼和生活变化，众人进而流露彼此间的心路转折，终结自《绯色的碎片》本传起始的系列故事。剧情模式共分为“大家的结业式”和“与你的结业式”两个篇章，“大家的结业式”为众角色的共同故事线，依据主人公的选择令剧情产生些许变化；“与你的结业式”系承续《苍黑之楔》和指定角色发展出Goodending后的续篇故事线，为主人公和个别角色的恋情作出总结。
《白华之槛 绯色的碎片4》系列
故事背景建立于距离《绯色的碎片》千年前的平安时代，该作主角词纪系当代肩负守护和封印鬼斩丸使命的“玉依姬”，因为幼年时期身为先任玉依姬的母亲卯纪之死，深陷咎责之情而无法从过去的囚梏解脱。然而随着其和“守护者”们的邂逅和相恋，词纪的命运亦逐步产生了变化。《白华之槛》的游戏本片共有15种结局，每位可攻略对象个别有Bad ending、Normal ending、Good ending的结局模式，其中仅有一个结局承接《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列的历史设定。
附属外传《白华之槛 四季之诗》，则是额外描述词纪在世界恢复和平后，和其他守护者互动所发生的故事。《四季之诗》分为“春”、“夏”、“秋”、“冬”四个篇章，部分原本于《白华之槛》无法攻略的角色，将于《四季之诗》成为可攻略的对象。
该作是《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列的前传，并补充说明部分《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》登场角色的祖先的经历。
《绯色碎片 新玉依姬传承》系列
主角藤森沙弥是居住于寒名市的高中2年级学生，原本过着极其平凡的生活。某个月夜，沙弥偶然和名为鬼崎刀真的持刀少年相遇，之后却经常发现无人查觉的诡异气息和谜样生物，加上几名神秘的少年们不断地接近她，令其深陷苦恼之中。后来沙弥在险遭不明生物袭击之际，被先前于月夜里邂逅的刀真所救，以刀真为首、集结在现场的五名少年，宣称沙弥正是他们负责守护的“玉依姬”，而他们则是随侍在玉依姬身边的“守护者”，环绕在沙弥和守护者之间的冒险故事就此展开。
《新玉依姬传承》是绯色碎片系列里，唯一将剧情背景设定于现代都市的作品。守护者皆由《绯色的碎片》的配音员担纲演出。
动画剧情
某一日，平凡的女生春日朱纪(三宅麻理惠 配音)在回老家的途中遭到了魔物的攻击，索性被少年鬼崎拓磨(杉田智和 配音)所救。之后，惊魂未定的朱纪被祖母告知，长久以来，村中封印着一把名为“鬼斩丸”的妖刀。而此刻，妖刀的魔力开始渐渐苏醒，从而吸引了大量魔物前来聚集。作为“玉衣”的唯一后人，朱纪拥有着将妖刀再次封印的能力和责任，为此，一场华丽的冒险就此展开。
在朱纪的身边，出现了被称为“守护五家继承人”的男子们，保护朱纪的安全，就是他们的职责所在。除了鬼崎拓磨之外，还有傲娇自负的鸦取真弘(冈野浩介 配音)，冷静温柔的狐邑祐一(浪川大辅 配音)，年长可靠的大蛇卓(平川大辅 配音)等人。在斩妖除魔的同时，朱纪也和这些可靠的保护者们产生了深深的羁绊。