2003年，在英国威尔士梅尔帝亚纳魔法学校学习魔法并以第一名毕业的涅吉·史普林菲尔德(ネギ·スプリングフィールド)(虚岁10岁)，目标是成为像他爸爸一样的“伟大的魔法师”(Magister Magi)。毕业的修业课程是“a teacher in Japan”——被指派到日本埼玉县麻帆良学园担任实习教师。想不到，他竟然被分配到“女子中学”，到有31个人的问题班级“2年A班”(2-A)担任班导师……

首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。

重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……

第1期

居住在现代东京的中学二年级生“时夫”。就在某日，他被 24 世纪的时空管理局任命为队员，并从中得知个惊人事实!

事实上，教科书上所写的历史其实都是骗人的，而教科上没有写的真正历史简称为“真历史”依然沉睡着!

因此，他与搭档可莲，为了揭开隐藏在“教科书所写的历史”背后的“真历史”，前往各个历史所在的时空进行冒险。

第2期

勤务于24世纪的教科书出版社“历史天国社”的毕玛乔、兹夫亚基、铃木三人其实是阻碍时空管理局(JKK)进行历史调查的坏蛋组织“恶党”。

在与时夫和可莲等JKK队员的历史攻防战结束后经历说长也不长说短也不短的停职休假(事实上是无薪假)而毫无收入的恶党，在某日接到上司首领所下达的新指令!那就是....‘将历史伟人们所持有的宝玉“帝纳钻石”搜集起来!’

另外，在上司的无理要求下的悲惨社员。遵照指令前往各时代的恶党。以目标的伟人们为对手下想尽各种策略夺取其拥有的帝纳钻石。

坏蛋三人组的超时空逆袭任务现在再次开始!!