设定

人类的负面情绪累积混杂后会形成咒灵并对人类造成危害，日本每年不明死亡或失踪年均超过1万人大部分因此造成，只有使用被称为咒力的能量才得以祓除，而负责祓除的人称为咒术师。由于咒术师是利用负面能量(具体分为咒力和术式)与咒灵现场战斗的人，常常亲眼经历无辜杀害或悲惨死状，他们面对死亡时不可能不带有悔恨恐惧或愤怒，所以常见他们每一个战斗时总会呈现一副狰狞或者感到兴奋的模样，因此带出个人战斗风格和各自性格阴暗短处，而平常生活训练中咒术师也必须自主学会控制汲取负面情绪如杀意作为咒力。日本有两间咒术教育机构，分别位于东京和京都的咒术高等专门学校。咒物是带有强大咒力的物品，通常因难以破坏而被咒术高专保管，若经过妥善封印，可以当作地方设施辟邪。一旦出现事故，就派遣咒术高专相关人员进行处理。

剧情

高中生虎杖悠仁的祖父在逝世前嘱托他要尽可能助人，并希望他能在众人簇拥下死去。虎杖悠仁遇见来学校寻找特级咒物的伏黒惠，他为了解救因咒物而身陷危机的学长姊，吞下诅咒的手指，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。他得知只有自己能对付宿傩后，认为这是自己的使命，便加入东京咒术高专，成为最强咒术师五条悟的学生，和伏黑惠、钉崎野蔷薇成为同学。

宿傩不断地想支配虎杖的肉体。在对抗某个咒灵时，虎杖为了击败它而让宿傩控制了自己的身体，虽然宿傩轻易地取胜，但也将虎杖杀死。在宿傩和虎杖缔下誓约后，他便将虎杖复活。虎杖接受训练后，跟随咒术师七海参与实战，他们击退了由对人类的负面情绪产生的咒灵“真人”。真人决定与诅咒师夏油一派合作，共创一个只有诅咒、没有人类的世界，为了达此目的，他们要抑制五条悟并集齐宿傩的二十根手指，让宿傩取回完整的力量。

在东京与京都的咒术高专交谊会中，京都的校长下令杀掉身为宿傩容器的虎杖。在团体对战竞赛中，虎杖透过与东堂的切磋，学会控制咒力的方法。在双方热战方酣之际，真人和花御等特级咒灵入侵交谊会，取得高专保管的手指。五条在学生时代的过去表明，夏油在某次任务后对保护非咒术师的信念开始动摇，并想创造一个只有咒术师存在、不再有咒灵的世界，因此和五条分道扬镳。夏油之后遭五条杀死，但遗体被不明人士利用。

夏油一派以涩谷平民为人质，逼五条孤身对阵，尽管五条展现压倒性的强势，但他还是被以特级咒物“狱门疆”封印，虎杖等人动身营救他。

曾为咒术师的诅咒师一派，与现今身负除妖重责的咒术师们，各自为了自身的目的而相互战斗，一段惊天动地的咒术大战，逐步在日本上演。

故事发生在建立于日都岛(日都ヶ島)的小镇之上，男主角网代慎平由于青梅竹马小舟潮的逝世而重回故地，却卷入了牵涉到日都岛一个古老传说的重大事变中，并开始尝试和同伴们一道阻止即将到来的灾祸。

故事发生地的原型为友岛(友ヶ岛)，位于纪淡海峡，与淡路岛隔海相望，现实中是无人岛群，直到二战结束前都是军事要地，禁止一般人进入，颇具神秘色彩。

故事设定

“影子”为本作的虚构生物，能够复制其他人类、生物，甚至死物的讯息，并借此构成自己的外观。影子的设定随着剧情发展而慢慢揭露。在故事开首，提及日都岛的传说相传“见到自己的另一个(影子)不久就会死去”。

影子能够通过对人或物发出闪光照射来获得目标人类或物件的全部信息(包括肉体遗传信息、记忆、人格等)，然后生成类似投影的立体物。影子的本体是平面，受伤害后不能自行恢复，需要重新照射原件来重新获得信息修复;而立体身体受伤害后可自行恢复。立体的人体能潜入影子本体中来快速移动，但身体就会无法呼吸。影子本体讨厌被碰触，而成为慎平等人判断的方法。影子本体被钉固定就能限制其行动。影子本体受到对应人体的致命伤害则可以被消灭。影子的数据会慢慢消失，需要将复制的本体弄死后侵蚀消去才能永远存在，本体被消去的表面会留有黑印;对于物品也是同样，否则复制出来的物品无法使用。影子可以使用自身的一部分复制出其所掌握数据的实物。影子复制其他数据过多会劣化，失去拟态的能力，成为野生影子，退居野林。被影子复制过的本体，在其对应的影子被消灭后，就不能再被复制。影子复制的信息能被带到慎平的每次轮回中。除了影子波稻能多次复制出子代影子外，其他影子只能复制子代一次。

慎平曾在一次轮回中推断认为这是来自地球外的陨石带来物，然后通过复制海底生物为生，直到1732年(享保十七年)复制成鲸鱼而被冲上日都岛岸边，复制了渔民的女儿雁切波稻，再将全岛居民变成影子后度过饥荒，并设立蛭子神来供奉。最终目的似乎是2018年7月24日祭典上将岛上全部人侵蚀，菱形青铜后来交代是为了让影子波稻回到自己的故乡。
 

不善与其他人相处的少女－葵，在成为高校生的这天，有位做事不经大脑，名为日向的少女前来热情地搭话，并且劝诱葵从现在开始一起去登山。虽然害怕与人交往且患有畏高症的葵不断拒绝，但在日向强行拖拉之下，一同前往了日向的家。葵的内心虽然对日向抱有不满，但在进入日向父亲所展示的帐篷参观时，看到日向与自己重逢后的举动与喜悦，及自己的所见所闻，加下从帐篷望见美丽的夕阳，令葵勾起一些回忆。

葵在幼年时，曾与日向跟随日向的父亲前往某座山上观看日出。少女们在受到这情境所感动后，2人约定在成为高校生时定要再次看到相同的景色。回想到这个场境，葵很自然地从口中说出“前往不太高的山也不错（高くない山ならば行ってもいい）”这话。

虽然知道与日向一起登山，但因担心可能在山上遇难并有生命危险，令葵相当不安。就这样日向就选择了标高197米的天览山，作为与葵第一次登上的山。就在沿山径上山时看到穿着普通服装的小孩时，葵的不安感一扫而空，后来更在山顶欣赏到远方的美景。葵在知道日向了解自己不习惯登山而选择了天览山后，开始对与日向登山的看法有所转变。而开始对登山有兴趣的葵，这时在下课回家途中就逛了逛登山用品店。与日向进入了店内的葵，遇上了一位穿着相同校服的女学生。这女学生正为选择睡袋的事而犹豫不决，但后来在跟葵谈话，终于确定了自己想购买的睡袋。这位女孩就为齐藤枫，在跟葵说自己也喜欢登山后，两人就交换了电邮地址，而枫亦为葵在日向以外的第一个朋友。

接着，日向就提议登另一座山，但这次让葵去选择。但因葵没有任何山岳知识，所以对如何选择感到迷惘，这时只好跟枫商量。后来枫就列举出秩父、丹泽、八岳、谷川岳等这些位于关东内并适合新手登上的山，而葵最后选择了自己最有兴趣，在山道中拥有能量景点（power spot）的高尾山。为了准备前往登山，日向就陪伴葵去购买之前从没拥有过的登山用背囊，葵亦很欣赏日向不害怕与别人相处的态度。就这样就到了登山当日，在葵心中，日向虽然有时会强人所难，却十分为自己着想，因此葵很想送件礼物给日向，但对找不到时机而非常烦恼，不过无论怎样，葵与日向一起在高尾山登山确实十分快乐，最后葵亦成功在山顶将礼物送给日向。在下山时，日向提议取道高尾山中难道最高的登山道下山，途中，2人就遇上了一名因鞋破损而相当苦恼的少女可可奈。可可奈前来高野山的原因是为寻找鼯鼠，其后葵与日向就和这位带有“天然”气味的女孩共3人一起回到登山口，最后看到可可奈发现松鼠时露出的笑容，感到十分快乐。