星元122年――
在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代，
有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。
她名为苏莱塔·墨丘利。
内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。
机械设定
制作方公开的本系列作品中登场MS采用了与以往作品中出现的机动战士所不同的设计，有着独特的腿部构造，使其在动作表现上较以往更为出色。
风灵高达（ガンダム?エアリアル，Gundam Aerial）
主角机动战士风灵高达采用与历代高达一样的三色配色，有着圆润的腰部、前卫的装甲以及醒目的腰身。在万代公开的HG模型中，该机在头部、胸部和腿部都使用了透明部件，胸部则有着如预告片中一样的类似发光的部分。头部下巴位置线条干净给人以女性的感觉，在模型SD化后，比HG和设定图稿更明显地体现出了头顶天线部位半透明结构，以及双眼间白色面具上类似鼻子的设计。大腿部的装甲在直立时遮蔽住的膝关节，在活动时才会显露。
采用了“GUND型”的机动战士“GUND手臂”的其中一机，装备了由十一个GUND单元组成的盾牌，亦可以用作全方位攻击，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。
魔灵高达（ガンダム?ルプリス，Gundam Lfrith）
与正片主角风灵高达不同，魔灵高达在同样前卫的设计下较少显现透明部分。该机在胸口黑色部分呈现出本作系列机械设计的感觉，且在双肩开口部展现出类似管状设计。
采用了革新技术“GUND型”的机动战士“GUND手臂”，装备了由七个GUND单元组成的盾牌，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。
魔灵高达 量产试作型（ガンダム?ルブリス 量産試作モデル，Gundam Lfrith Pre-production model）
魔灵高达的量产试作型，背包装备了收纳GUND单元的大型发射器。
异端审判者（ベギルベウ，Beguir-Beu）
异端审判者在机体各处凸显了半球状设计的部件。投入了最新技术的高性能机体，搭载了两颗有线式兵器“非动力炉”，可射出攻击。
永远本来与妹妹刹那生活在战国时代的森林中，4岁时森林发生大火，两姊妹失散，永远在寻找刹那的途中遭时代树传送到令和时代，被日暮草太收养。转眼间十年过去，在战国时代担任赏金猎人的诸叶与除妖师刹那，为了拿下妖怪三目上臈互相较劲，却被三目上臈夺去二人分别拥有的珍珠，混战中她们也被时代树传送到现代，永远和刹那重逢，但刹那却因为幻梦蝴蝶的咒术失去对永远的记忆。为了夺回刹那的梦境和记忆，永远跟着诸叶、刹那回到动荡不安的战国时代，展开冒险。
永远、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们。
幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永远与刹那。永远穿过时代树的穿越时空之隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇的家族日暮家养育长大，成长为精通武道的女中学生。另一方面，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿，作为赏金猎人得到了「妖怪杀手诸叶」这一别名，每天都在进行除妖的工作。
自从永远与刹那分离以来过了10年。时代树的穿越时空之隧道再度开启。永远与出现在现代的刹那重逢，但刹那不知为何忘记了永远的事情。
包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永远她们这些「半妖的夜叉姬」，开始在现代以及战国时代尽情大闹!