日本各地出现了异空间「魔都」──

由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，

因此便由女兵组成了「魔防队」。

某一天，过着抑郁生活的男高中生──和仓优希不小心闯进了突发性产生的魔都入口，

在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，　而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」

高町奈叶(田村由香里 配音)是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺(水桥香织 配音)相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。

某日，一位名叫菲特(水树奈奈 配音)的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗?对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢?