2003年，在英国威尔士梅尔帝亚纳魔法学校学习魔法并以第一名毕业的涅吉·史普林菲尔德(ネギ·スプリングフィールド)(虚岁10岁)，目标是成为像他爸爸一样的“伟大的魔法师”(Magister Magi)。毕业的修业课程是“a teacher in Japan”——被指派到日本埼玉县麻帆良学园担任实习教师。想不到，他竟然被分配到“女子中学”，到有31个人的问题班级“2年A班”(2-A)担任班导师……

上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

对音乐一窍不通的孔却却是以唱作全能见称的偶像歌手，原因是背后为之代唱的胡历。胡历有着极高的音乐天赋，但由于脸上的伤疤导致无法站在台前。为了赚钱治疗住院的母亲，情愿放弃自己的音乐梦想，签下巨额的契约站在幕后做孔却的代唱。正当一切事情风平浪静的时候，却被一个神秘人揭露了代唱的秘密。巨额的违约金和社会的众多舆论，将胡历逼上绝路。这时孔却的对手纪鹤天的出现改变了胡历悲惨的命运。在自己的努力和朋友的帮助下，最终胡历勇敢地站上了舞台，重拾回自己的梦想。然而这美好的一幕背后却隐藏更大的阴谋。

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